<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hi VTK experts,</div><div>   I am trying to using vtkLandmarkTransform  to align two nii volumes and am getting puzzling results. I identify the landmarks in the two 3D volumes by visualizing the volumes in VTK and using the GetPickPosition method. The coordinates I get are in units of mm with the origin being one corner of 3D volume.</div><div>    I then use vtkLandmarkTransform to get an affine transformation to align the points. The points align great, but when I apply that same transform to the analogous nii volume via vtkImageReslice, the results are wildly off (e.g., the volume is flipped upside down). <br></div><div>   Is the qform matrix of each nii file somehow causing this? Do I need to first apply the qform matrix to the landmark points to get them in scanner coordinates before using vtkLandmarkTransform?</div><div>       thank you for any advice you can provide,</div><div>            -Ms. Merps</div><div><br></div></div></div>