<div dir="ltr">Thanks for your answers!<div><br></div><div><div>For the case <b>2)</b> I have one more question: How can I add the scalar values from the intensity ('Field 3') to the data? </div><div><br></div><div>I have added those two lines to your code:</div><div><br></div><div>scalar = probeFilter.GetOutput().<wbr>GetPointData().GetArray('Field 3') </div><div>probeFilter.GetOutput().<wbr>GetPointData().SetScalars(<wbr>scalar)</div><div><br></div><div>But when I render the volume, nothing is displayed in the render window.</div><div><br></div><div>Thanks</div><div><br></div><div>Lizeth</div><div><br></div><div><br></div><div><span style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px;background-color:rgb(255,255,255);text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial;float:none;display:inline"><br></span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 24, 2018 at 11:29 PM, kenichiro yoshimi <span dir="ltr"><<a href="mailto:rccm.kyoshimi@gmail.com" target="_blank">rccm.kyoshimi@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
1)  You need to specify PYTHON_INCLUDE_DIR and PYTHON_LIBRARY to suit<br>
your own system in the 'advanced options' in cmake.<br>
<br>
PYTHON_INCLUDE_DIR will be the name of the directory containing the Python.h:<br>
 e.g. /usr/include/python2.7<br>
PYTHON_LIBRARY will be the full path to <a href="http://libpython2.7.so" rel="noreferrer" target="_blank">libpython2.7.so</a> (or.a):<br>
 e.g. /usr/lib64/<a href="http://libpython2.7.so" rel="noreferrer" target="_blank">libpython2.7.so</a><br>
<br>
2) For example, if you apply vtkProbeFilter to sample.csv in the<br>
previous my post, script is something like below.<br>
<span><br>
---<br>
import vtk<br>
<br>
<br>
def main():<br>
<br>
</span><span>    reader = vtk.vtkDelimitedTextReader()<br>
    reader.SetFileName('sample.csv<wbr>')<br>
    reader.DetectNumericColumnsOn(<wbr>)<br>
    reader.SetFieldDelimiterCharac<wbr>ters(' ')<br>
    reader.MergeConsecutiveDelimit<wbr>ersOn()<br>
<br>
    tableToPoints = vtk.vtkTableToPolyData()<br>
    tableToPoints.SetInputConnecti<wbr>on(reader.GetOutputPort())<br>
    tableToPoints.SetXColumn('Fiel<wbr>d 0')<br>
    tableToPoints.SetYColumn('Fiel<wbr>d 1')<br>
    tableToPoints.SetZColumn('Fiel<wbr>d 2')<br>
<br>
</span>    imageData = vtk.vtkImageData()<br>
    imageData.SetDimensions(3, 3, 3)<br>
    imageData.SetOrigin(0.0, 0.0, 0.0)<br>
    imageData.SetSpacing(1.0, 1.0, 1.0)<br>
<br>
    probeFilter = vtk.vtkProbeFilter()<br>
    probeFilter.SetSourceConnectio<wbr>n(tableToPoints.GetOutputPort(<wbr>))<br>
    probeFilter.SetInputData(image<wbr>Data)<br>
    probeFilter.Update()<br>
<br>
    writer = vtk.vtkXMLImageDataWriter()<br>
    writer.SetInputData(probeFilte<wbr>r.GetOutput())<br>
    writer.SetFileName('out.vti')<br>
<span>    writer.Write()<br>
<br>
<br>
if __name__ == '__main__':<br>
    main()<br>
---<br>
<br>
</span>For your reference.<br>
2018年7月25日(水) 4:10 Lizeth Castellanos <<a href="mailto:castellanoslizan@gmail.com" target="_blank">castellanoslizan@gmail.com</a>>:<br>
<div class="m_8125756870513336567HOEnZb"><div class="m_8125756870513336567h5">><br>
> Thanks for your help Kenichiro Yoshimi<br>
><br>
> I was able to reproduce some part of your code. However, I encountered new issues.<br>
><br>
> 1)I have all my project under VTK 5.10.1 with python 2.7.12 in linux. I got this error: 'module' object has no attribute 'vtkResampleToImage'.<br>
>  So I guess that the vtkResampleToImage class is not avaliable for my VTK version.<br>
>  I tried to build a newer VTK version but I didn't get success. I tried with VTK 7.1.1 and I got  errors related to the python libs Could NOT find PythonLibs (missing: PYTHON_LIBRARIES PYTHON_INCLUDE_DIRS).<br>
><br>
> 2) I read that  vtkResampleToImage  samples a dataset on a uniform grid and it internally uses vtkProbeFilter to do the probing. So,  Is there any way to use vtkProbeFilter instead of vtkResampleToImage?<br>
> I have tested some examples from vtkProbeFilter  but I am confused about how use it  in my specific problem.<br>
><br>
> Thanks,<br>
><br>
> Lizeth<br>
><br>
> On Thu, Jul 19, 2018 at 12:38 AM, kenichiro yoshimi <<a href="mailto:rccm.kyoshimi@gmail.com" target="_blank">rccm.kyoshimi@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Hi Lizeth,<br>
>><br>
>> Because vtkDelimitedTextReader outputs a vtkTable, you firstly need to<br>
>> convert it to a vtkPolyData using vtkTableToPolyData. And then you can<br>
>> use vtkResampleToImage to map the polyData to vtkImageData.<br>
>><br>
>> ---sample.csv---<br>
>> 0 0 0 60.7635<br>
>> 1 0 0 107.555<br>
>> 2 0 0 80.5241<br>
>> 0 1 0 85.9694<br>
>> 1 1 0 156.706<br>
>> 2 1 0 105.73<br>
>> 0 2 0 37.3531<br>
>> 1 2 0 84.1445<br>
>> 2 2 0 57.1137<br>
>> 0 0 1 100.634<br>
>> 1 0 1 171.37<br>
>> 2 0 1 120.395<br>
>> 0 1 1 149.785<br>
>> 1 1 1 260<br>
>> 2 1 1 169.546<br>
>> 0 2 1 77.2238<br>
>> 1 2 1 147.96<br>
>> 2 2 1 96.9844<br>
>> 0 0 2 60.7635<br>
>> 1 0 2 107.555<br>
>> 2 0 2 80.5241<br>
>> 0 1 2 85.9694<br>
>> 1 1 2 156.706<br>
>> 2 1 2 105.73<br>
>> 0 2 2 37.3531<br>
>> 1 2 2 84.1445<br>
>> 2 2 2 57.1137<br>
>><br>
>> ---<br>
>> import vtk<br>
>><br>
>><br>
>> def main():<br>
>>     colors = vtk.vtkNamedColors()<br>
>><br>
>>     reader = vtk.vtkDelimitedTextReader()<br>
>>     reader.SetFileName('sample.cs<wbr>v')<br>
>>     reader.<wbr>DetectNumericColumnsOn()<br>
>>     reader.SetFieldDelimiterChara<wbr>cters(' ')<br>
>>     reader.MergeConsecutiveDelimi<wbr>tersOn()<br>
>><br>
>>     tableToPoints = vtk.vtkTableToPolyData()<br>
>>     tableToPoints.SetInputConnect<wbr>ion(reader.GetOutputPort())<br>
>>     tableToPoints.SetXColumn('Fie<wbr>ld 0')<br>
>>     tableToPoints.SetYColumn('Fie<wbr>ld 1')<br>
>>     tableToPoints.SetZColumn('Fie<wbr>ld 2')<br>
>><br>
>>     resample = vtk.vtkResampleToImage()<br>
>>     resample.SetInputConnection(t<wbr>ableToPoints.GetOutputPort())<br>
>>     resample.SetSamplingDimension<wbr>s(3, 3, 3)<br>
>>     resample.Update()<br>
>><br>
>>     scalar = resample.GetOutput().GetPointD<wbr>ata().GetArray('Field 3')<br>
>>     resample.GetOutput().GetPoint<wbr>Data().SetScalars(scalar)<br>
>><br>
>>     writer = vtk.vtkMetaImageWriter()<br>
>>     writer.SetInputData(resample.<wbr>GetOutput())<br>
>>     writer.SetFileName('out.mha')<br>
>>     writer.SetCompression(True)<br>
>>     writer.Write()<br>
>><br>
>><br>
>> if __name__ == '__main__':<br>
>>     main()<br>
>> ---<br>
>><br>
>> Best<br>
>> 2018年7月19日(木) 3:43 Lizeth Castellanos <<a href="mailto:castellanoslizan@gmail.com" target="_blank">castellanoslizan@gmail.com</a>>:<br>
>> ><br>
>> > Hi!<br>
>> ><br>
>> > I'd like to copy image data from a textfile (csv) into vtkImageData.<br>
>> > The textfile have voxel values for x,y,z  and image intensity. I already have read the textfile into VTK with the vtkDelimitedTextReader class:<br>
>> ><br>
>> > Table loaded from CSV file:<br>
>> > +-----------+-----------+-----<wbr>------+------------+<br>
>> > | Field 0   | Field 1   | Field 2   | Field 3    |<br>
>> > +-----------+-----------+-----<wbr>------+------------+<br>
>> > | 510       | 291       | 0             | 32           |<br>
>> > | 511       | 291       | 0             | 128         |<br>
>> > | 510       | 292       | 0             | 104         |<br>
>> > | 511       | 292       | 0             | 104         |<br>
>> > | 510       | 293       | 0             | 40           |<br>
>> > | 511       | 293       | 0             | 240         |<br>
>> > | 510       | 294       | 0             | 104         |<br>
>> > | 511       | 294       | 0             | 96           |<br>
>> > | 506       | 295       | 0             | 64           |<br>
>> > | 507       | 295       | 0             | 16           |<br>
>> >  .....<br>
>> >  .....<br>
>> > The file is an exported segmented dataset.<br>
>> ><br>
>> > I am following the tips from this similar question  <a href="http://vtk.1045678.n5.nabble.com/importing-image-data-into-VTK-from-textfile-mimics-td1243332.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://vtk.1045678.n5.nabble.c<wbr>om/importing-image-data-into-V<wbr>TK-from-textfile-mimics-td1243<wbr>332.html</a><br>
>> > I have created an appropriate  vtkimagedata (volume):<br>
>> ><br>
>> > imageData = vtk.vtkImageData()<br>
>> > imageData.SetDimensions(512, 512, 192)<br>
>> > imageData.SetOrigin(0.0, 0.0, 0.0)<br>
>> > imageData.SetSpacing(1, 1, 1)<br>
>> > imageData.SetNumberOfScalarCom<wbr>ponents(1)<br>
>> > imageData.Update()<br>
>> ><br>
>> > However I don't know how to copy the data loaded from vtkDelimitedTextReader into vtkImageData. How do I copy the x,y,z voxel values into vtkImageData? How do I copy the intensity valuesVtkImageData?<br>
>> ><br>
>> > Any help provided for this would be greatly appreciated!<br>
>> ><br>
>> > Lizeth<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > ______________________________<wbr>_________________<br>
>> > Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
>> ><br>
>> > Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/opensou<wbr>rce/opensource.html</a><br>
>> ><br>
>> > Please keep messages on-topic and check the VTK FAQ at: <a href="http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FA<wbr>Q</a><br>
>> ><br>
>> > Search the list archives at: <a href="http://markmail.org/search/?q=vtkusers" rel="noreferrer" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=<wbr>vtkusers</a><br>
>> ><br>
>> > Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
>> > <a href="https://public.kitware.com/mailman/listinfo/vtkusers" rel="noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/mai<wbr>lman/listinfo/vtkusers</a><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
><br>
><br>
><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="m_8125756870513336567gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div></div></div></div></div>
</div></div>