<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>Congratulations on great progress!</div><div><br></div><div>Please confirm that you are using ITK version 5.1rc01 or later (e.g., compile from github master).<br></div><div><br></div><div>If you are using pip, the command is <br></div><div>
<pre><code>> pip install --pre itk</code></pre>

</div><div>Versions of ITK prior to 5.1rc01 contained a bug when reading SpatialObjects.</div><div><br></div><div>Once you have confirmed that you are using that release of ITK, if the problem persists, please try converting the tubes to an image and then displaying both images in ParaView.  Example code for converting tubes to images is given here: <br></div><div>   <a href="https://github.com/KitwareMedical/ITKTubeTK/blob/master/examples/ConvertTubesToImage.ipynb">https://github.com/KitwareMedical/ITKTubeTK/blob/master/examples/ConvertTubesToImage.ipynb</a></div><div><br></div><div>The reason to try converting to an image instead of using discrete points is that ParaView and ITK use different spaces (RAS versus LPS, I believe), so rendering images and points from ITK may require a coordinate transform to keep them aligned.<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jan 13, 2020 at 9:12 PM 吴松雄 via Tubetk-developers <<a href="mailto:tubetk-developers@public.kitware.com">tubetk-developers@public.kitware.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>Dear</div><div>    Thanks so much for response . I tried to convert the tre file to a vtp file using the following code. The vtp files were read using ParaView software. But we found that the <span id="gmail-m_-11034177655007046pos_placeholder" style="width:0px;height:0px;margin:0px;padding:0px"></span>center line of this vessel did not correspond to the original picture, did we miss something?I'm grateful if I could hear from you in your spare time.</div><div>Best regards</div><div>songxiong wu</div><div><br></div><div>this is the code:</div><div><div>import itk</div><div>file_name = 'VascularNetwork.tre'</div><div>Dimension = 3</div><div>reader = itk.SpatialObjectReader[Dimension].New()</div><div>reader.SetFileName(file_name)</div><div>reader.Update()</div><div>tubes = reader.GetGroup()</div><div>print(tubes)</div><div>writer = itk.SpatialObjectWriter[Dimension].New()</div><div>writer.SetInput(tubes)</div><div>writer.SetFileName('VascularNetwork.vtp')</div><div>writer.Update()</div><div><br></div></div><div>this is the result showed in ParaView software:</div><div><img src="cid:16fa20640b6ab30955f1" style="width: 470px; height: 294px;"></div><div><u></u><u></u></div>_______________________________________________<br>
Tubetk-developers mailing list<br>
<a href="mailto:Tubetk-developers@public.kitware.com" target="_blank">Tubetk-developers@public.kitware.com</a><br>
<a href="https://public.kitware.com/mailman/listinfo/tubetk-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/mailman/listinfo/tubetk-developers</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Stephen R. Aylward, Ph.D.<br></font></div><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Senior Director of Strategic Initiatives</span></div><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"></span><img src="https://drive.google.com/a/kitware.com/uc?id=13Yj6vK68QRM-44YB93QqeYc7P1bCK2sJ&export=download" width="420" height="63"><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>