<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div>I think the issue is that your projection images are given in the TIFF file format which does not contain important meta information such as the origin and the spacing of the projections. You should use <a href="https://itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ChangeInformationImageFilter.html" target="_blank">ChangeInformationFilter</a> to set these. I'm guessing that the origin is currently (0,0) and since you do not set any offsets when using AddProjection, it comes down to having the corner of your projection aligned with the central ray (line defined by the source and the center of rotation).</div><div>You can share projections or a subset of them if you'd like us to give it a try with your code.</div><div>Good luck!</div><div>Simon<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jan 4, 2021 at 4:35 PM Lai Yao Hao <<a href="mailto:yao_hao777@hotmail.com" target="_blank">yao_hao777@hotmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Hi,</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
The code is as attached. Just for further reference, I am given images as attached, and there are 800 of them, with 0.45 degrees separating each frame. The naming of the screenshots depicts the frame that it is in.
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Thanks in advance for the advice and help!! I really appreciate this community <span id="gmail-m_-9043481848435839607gmail-m_4926400425546106679🙂">
🙂</span><br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Regards</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
lyh<br>
</div>
<div id="gmail-m_-9043481848435839607gmail-m_4926400425546106679appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="gmail-m_-9043481848435839607gmail-m_4926400425546106679divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>From:</b> Simon Rit <<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>><br>
<b>Sent:</b> Wednesday, December 30, 2020 9:35 PM<br>
<b>To:</b> Lai Yao Hao <<a href="mailto:yao_hao777@hotmail.com" target="_blank">yao_hao777@hotmail.com</a>><br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users@public.kitware.com</a> <<a href="mailto:rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users@public.kitware.com</a>><br>
<b>Subject:</b> Re: [Rtk-users] FirstReconstruction questions</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>Hi,</div>
<div>RTK cone beam reconstruction filters expect line integrals but the projection that you are showing seems to have the highest value in air. RTK automatically processes such projections with log and normalization if the pixels are unsigned short. Otherwise,
 you need to do it yourself.<br>
</div>
<div>It is not clear if the geometry is correct from the reconstruction screen shot. The best would be to share your code if you want us to have a look.</div>
<div>Simon<br>
</div>
</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">On Mon, Dec 28, 2020 at 8:34 AM Lai Yao Hao <<a href="mailto:yao_hao777@hotmail.com" target="_blank">yao_hao777@hotmail.com</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:white">Dear Simon and the RTK community</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:white"><br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:white">Really thank you for the answer, and really sorry for the late reply. I am trying to reconstruct a 3d model using 800 images, rotating an object 360 degrees using rtk::ThreeDCircularProjectionGeometry,
 rtk::ConstantImageSource and rtk:: FDKConeBeamReconstructionFilter from the FirstReconstruction example as well as itk::ImageSeriesReader.</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:white"><br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:white">However, the reconstruction created is shown above in the screenshot and after checking all the parameters, I have no idea on how to move forward from here. From reading the forums,
 I think that I should do one more image filter before applying the cone beam reconstruction? However, I am not too sure. Please advise on the next steps that can enable me to get the 3d reconstruction.</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:white"><br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:white">Thanks so much in advance and look forward to everyone's reply!!</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:white"><br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:white">PS: the tif file is just 1 of the 800 images I am given to reconstruct the object</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:white"><br>
</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:white">Regards</div>
<div style="margin:0px;font-size:12pt;color:black;background-color:white">lyh</div>
<br>
</div>
<div id="gmail-m_-9043481848435839607gmail-m_4926400425546106679x_gmail-m_-2603944410746494337appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="gmail-m_-9043481848435839607gmail-m_4926400425546106679x_gmail-m_-2603944410746494337divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>From:</b> Simon Rit <<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>><br>
<b>Sent:</b> Wednesday, December 9, 2020 4:23 PM<br>
<b>To:</b> Lai Yao Hao <<a href="mailto:yao_hao777@hotmail.com" target="_blank">yao_hao777@hotmail.com</a>><br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users@public.kitware.com</a> <<a href="mailto:rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users@public.kitware.com</a>><br>
<b>Subject:</b> Re: [Rtk-users] FirstReconstruction questions</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>Hi,</div>
<div>constantImageSource creates a constant volume. In the example, one is used as input of the simulation of projections of an ellipsoid (rei) and one as input of the reconstruction algorithm (feldkamp). fieldofview masks out (i.e., set to 0) voxels which
 are not in the field of view.</div>
<div>I don't understand your screenshot either but if you use the tiff format, make sure you use a viewer capable of dealing with 3D tiff images (e.g.,
<a href="http://vv.creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">vv</a> or ImageJ).</div>
<div>Simon<br>
</div>
</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">On Wed, Dec 9, 2020 at 8:59 AM Lai Yao Hao <<a href="mailto:yao_hao777@hotmail.com" target="_blank">yao_hao777@hotmail.com</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Hi to all the rtk-users</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I am a new user of rtk, and I have some questions regarding the FirstReconstruction example given in github. I have generated an image as attached, with 4 tiny ball-like drawing hanging from the top. Can anyone explain to me why do I get such image and what
 are the implications of constantImageSource, rei, constantImageSource2, feldkamp and fieldofview?</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Your explanation will be much appreciated. Thanks in advance!</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Regards</div>
<div style="font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
lyh<br>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="https://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div>