<div dir="ltr">Alright, I will give it a try. Thank you for your guidance!</div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Le ven. 11 déc. 2020 à 11:44, Simon Rit <<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>> a écrit :<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>You can check <a href="https://doi.org/10.1088/0031-9155/47/14/311" target="_blank">https://doi.org/10.1088/0031-9155/47/14/311</a> which is not implemented in RTK (yet). But only one half of the field-of-view can be reconstructed exactly if you rate 180°. For the rest, there will be missing data.</div><div>With RTK, iterative reconstruction should achieve a decent result but will necessarily be limited by the missing data. I recommend the conjugate gradient algorithm which will require adjusting the regularization parameter Gamma and the number of iterations.<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Dec 11, 2020 at 11:26 AM Clément Mirabel <<a href="mailto:clement.mirabel@gmail.com" target="_blank">clement.mirabel@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Thank you both for your answer.</div><div>I managed to have a good reconstruction with 200° since my cone angle is about 20°. I didn't mention in my original email that I was already using Parker weightings, but as you mentioned I needed higher angles. Thank you for your help.</div><div>As a more general question, the machine I am using to acquire data can only rotate 180° around the patient but is still able to reconstruct (I don't have access to the projections, it generates a 3d volume as output). Are you aware of any algorithm that would be able to do so?</div><div><br></div><div>Clément</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Le ven. 11 déc. 2020 à 10:03, Simon Rit <<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>> a écrit :<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Clément,<div>To complement Gabriele's response and explains what goes on. FDK requires a 360° acquisition. RTK will calculate the angular gap between the current projection and the two neighbors. With your configuration, two projections take an angular weight (the delta when discretising the backprojection integral) of about 90°.</div><div>You can do a short scan with Parker weightings but, as stated by Gabriele, that necessitates at least 180° + the cone angle.</div><div>Simon</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Dec 11, 2020 at 9:23 AM <<a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com" target="_blank">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div lang="IT"><div><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hi Clément,<br><br>It seems likely that your geometry is not 180+fan-angle complete and therefore cannot lead to a proper reconstruction. From your attached geometry, you sweep from 0 to 178° (180-increment). <br><br>My suggestion would be to try some intermediate angles, so to recreate a complete ShortScan. I suggest you to try at least a 200/220 ° arc to check on your simulation pipeline.<br><br>I hope this is helpful,<br>Gabriele<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p><div style="border-color:rgb(225,225,225) currentcolor currentcolor;border-style:solid none none;border-width:1pt medium medium;padding:3pt 0cm 0cm"><p class="MsoNormal"><b>Da:</b> Rtk-users <<a href="mailto:rtk-users-bounces@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users-bounces@public.kitware.com</a>> <b>Per conto di </b>Clément Mirabel<br><b>Inviato:</b> venerdì 11 dicembre 2020 09:11<br><b>A:</b> <a href="mailto:rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users@public.kitware.com</a><br><b>Oggetto:</b> [Rtk-users] Trying to reconstruct with a 180 degrees circular projection geometry<u></u><u></u></p></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">Hi,<u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p style="margin-right:0cm;margin-bottom:12pt;margin-left:0cm;box-sizing:border-box"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Segoe UI",sans-serif;color:rgb(36,41,46)">I have been trying to set the geometry in ThreeDCircularProjectionGeometry with values between 0 and 180 degrees, to reproduce the motion of some acquisition systems, but reconstruction is far from the expected result when the gantry angle does not reach max value of (360-increment). (Attached is the geometry file generated)<u></u><u></u></span></p><p style="margin-right:0cm;margin-bottom:12pt;margin-left:0cm;box-sizing:border-box"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Segoe UI",sans-serif;color:rgb(36,41,46)">My workflow is the following :<u></u><u></u></span></p><ul type="disc"><li class="MsoNormal" style="color:rgb(36,41,46);box-sizing:border-box"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Segoe UI",sans-serif">Apply JosephForwardProjectionImageFilter on a 3D Volume<u></u><u></u></span></li><li class="MsoNormal" style="color:rgb(36,41,46);margin-top:3pt;box-sizing:border-box"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Segoe UI",sans-serif">Try to reconstruct using FDKConeBeamReconstructionFilter<u></u><u></u></span></li></ul><p style="margin:0cm;box-sizing:border-box"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Segoe UI",sans-serif;color:rgb(36,41,46)">Although, the result from JosephForwardProjectionImageFilter describes a 180 degrees rotation, the output of the reconstruction seems to display rays from opposite direction but not from rotated directions<u></u><u></u></span></p><p style="margin:0cm;box-sizing:border-box"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Segoe UI",sans-serif;color:rgb(36,41,46)"><u></u> <u></u></span></p><p style="margin:0cm;box-sizing:border-box"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Segoe UI",sans-serif;color:rgb(36,41,46)">Here is a view of what is supposed to be an axial slice:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="box-sizing:border-box"><img style="width: 3.6458in; height: 3.677in;" id="gmail-m_-2496578739831920161gmail-m_-3096487369735987800gmail-m_837091021700619924gmail-m_1842487635328772689gmail-m_-539193200364471108Immagine_x0020_1" src="cid:17651081b8c4cff311" width="350" height="353"><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><div><p class="MsoNormal">Thanks for your help!<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(136,136,136)"><u></u> <u></u></span></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(136,136,136)">Clément<u></u><u></u></span></p></div><p style="margin:0cm;box-sizing:border-box"><span style="font-size:10.5pt;font-family:"Segoe UI",sans-serif;color:rgb(36,41,46)"><u></u> <u></u></span></p></div></div></div></div></div>_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="https://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
</blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>