<div dir="ltr"><div>Hi Gabriele,</div><div>I ran your line codes. You're projections are not truncated so you can just work on one acquisition at a time. For the first simulation, I think that there is not enough data. That's unfortunate that RTK does not issue a warning, I have opened an <a href="https://github.com/SimonRit/RTK/issues/393">issue</a>. For the second one, I think that the problem is that RTK detects both a short scan and a displaced detector. The second weighting can be disabled with ---nodisplaced and you obtain then an accurate fdk2.mha.</div><div>I think it's difficult to combine the two acquisitions because the two fan-beam are from different source positions... I think your best chance is to reconstruct each acquisition separately.</div><div>Simon<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Nov 20, 2020 at 10:32 AM <<a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="overflow-wrap: break-word;" lang="IT"><div class="gmail-m_1364401493337470086WordSection1"><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Dear Simon & RTK users,<br><br>I’m picking up again the two complementary short scan reconstructions as this time I’m interested in investigating source offset with panel (proj_iso) offsets.<br>Early this year, Simon suggested me a clever solution to deal with my issue of a complex scan and after that I was able to properly reconstruct (see end notes from previous email).<br>However, by applying the same logic I get strange results:<br><br>rtksimulatedgeometry -v -o geometry_sx_220_600.xml -a 220 -f -110 -n 300 --sid 1172.2 --sdd 1672.2 --proj_iso_x 60 --source_x 60<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">rtksimulatedgeometry -v -o geometry_dx_220_600.xml -a -220 -f 110 -n 300 --sid 1172.2 --sdd 1672.2 --proj_iso_x -60 --source_x -60<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">rtkprojectshepploganphantom -g geometry_sx_220_600.xml -o proj1.mha --dimension 512,3<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">rtkprojectshepploganphantom -g geometry_dx_220_600.xml -o proj2.mha --dimension 512,3<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">rtkfdk --dimension 256,1,256 -p . -r proj1.mha -o fdk1.mha -g geometry_sx_220_600.xml<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">rtkfdk --dimension 256,1,256 -p . -r proj2.mha -o fdk2.mha -g geometry_dx_220_600.xml<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">plastimatch add --average fdk1.mha fdk2.mha --output fdk.mha<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I used a SheppLogan to recreate my complex acquisition:<br>- First rotation (-110 to 110) with a positive shift in source and detector<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">- Second rotation (110 to -110) with a negative shift in source and detector<br><br>I tried this with several different images and small changes, but the result is pretty much summed up in the attached picture. By comparing a standard image with the one I’m reconstructing we can see how the values in the top part of the image are lower and those at the bottom are greater than the expected values.<br>PS: Maybe the shepplogan isn’t the best way to show this, but this way you can recreate the issue directly. Using a CT to project and recontruct I’m looking up to </span><span lang="EN-US">±</span><span lang="EN-US">200HU differences<br><br>What do you think about this? I was thinking that the PSSF weighting may not be suited for this specific condition, but I’m really up looking forward for your opinion.<br>Extra: To support my instance, I tried to make a comparison between a 360° (positive shift in source and detector) reconstruction and one which is a sum of two 220° (-110to110to330) reconstructions with the same positive offset parameters and I got weird shadowing in the final image.<br><br>Thank you in advance!<br><br>Best regards,<br>Gabriele<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p><div style="border-color:rgb(225,225,225) currentcolor currentcolor;border-style:solid none none;border-width:1pt medium medium;padding:3pt 0cm 0cm"><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><u></u> <u></u></span></p></div><p><span lang="EN-US">Thanks. </span>Why not just split the projection stack in two and apply the displaced detector filter without modifications on each substack separately? Doesn't this work? Here is a sample code with command lines<u></u><u></u></p><pre><code>head -2705 geometry_hf_dual_220_300.xml >rot1.xml<u></u><u></u></code></pre><pre><code>tail -1 geometry_hf_dual_220_300.xml >>rot1.xml<u></u><u></u></code></pre><pre><code>  <u></u><u></u></code></pre><pre><code>head -5 geometry_hf_dual_220_300.xml >rot2.xml<u></u><u></u></code></pre><pre><code>tail -2701 geometry_hf_dual_220_300.xml >>rot2.xml<u></u><u></u></code></pre><pre><code><u></u> <u></u></code></pre><pre><code>rtkprojectshepploganphantom -g rot1.xml -o proj1.mha --dimension 512,3<u></u><u></u></code></pre><pre><code>rtkprojectshepploganphantom -g rot2.xml -o proj2.mha --dimension 512,3<u></u><u></u></code></pre><pre><code>rtkfdk --dimension 256,1,256 -p . -r proj1.mha -o fdk1.mha -g rot1.xml<u></u><u></u></code></pre><pre><code>rtkfdk --dimension 256,1,256 -p . -r proj2.mha -o fdk2.mha -g rot2.xml<u></u><u></u></code></pre><pre><code>clitkImageArithm -i fdk1.mha -j fdk2.mha -o fdk.mha<u></u><u></u></code></pre><p>This works perfectly without <a href="https://github.com/SimonRit/RTK/commit/1a20fb42acd640d4c1f7e00fdac226174eb3884e" target="_blank"><tt><span style="font-size:10pt">1a20fb4</span></tt></a> so it seems that this patch is not required. There must be something wrong in your input data?<u></u><u></u></p><p><span style="font-size:12pt;color:rgb(102,102,102)">—<br><br><u></u><u></u></span></p></div></div>_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="https://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
</blockquote></div>