<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div>Please use the mailing list (cc).</div><div>1. The raw format is not directly understandable I believe, you need to have meta information passed, e.g. with a mhd. Since you know how to convert your projection images to line integral (for rtkfdk), just use the input of rtkfdk instead of using the rtk::ProjectionsReader.</div><div>2. The output of both rtk::CudaFDKConeBeamReconstructionFilter and rtk::FDKConeBeamReconstructionFilter is mu if the input projections are well pre-processed, i.e., if they contain the line integrals of mu.</div><div>Simon<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Nov 19, 2020 at 10:24 AM Febin P Alex <<a href="mailto:febin.p@panaceamedical.com">febin.p@panaceamedical.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><u></u>

<div>
<div><font face="Times New Roman" size="3">Dear Simon, <br></font></div><div><font face="Times New Roman" size="3"><br></font></div><div><font face="Times New Roman" size="3"><br></font></div><div><font face="Times New Roman" size="3">I'm using the RTK-C++ toolkit for our cbct reconstruction purpose and found it very helpful. I'm using the rtkFDK algorithm for reconstruction.</font></div><div><font face="Times New Roman" size="3">Currently I'm a facing a couple of issues which are illustrated<br></font></div><div><font face="Times New Roman" size="3"><br></font></div><div><font face="Times New Roman" size="3">1 . While going through the documentation, I have come across the use of water precorrection filter for cupping correction. It's said that we need to pass a set of coefficients for the filter to get activated. <br></font></div><div><font face="Times New Roman" size="3">     But we were not able to find a C++ test code detailing how to find the coefficients but rather got a python code in the below link.</font></div><div><font face="Times New Roman" size="3"><br></font></div><div><font face="Times New Roman" size="3">                   </font><a rel="nofollow" href="http://wiki.openrtk.org/index.php/WaterPreCorrection" target="_blank">http://wiki.openrtk.org/index.php/WaterPreCorrection</a></div><div><br></div><div><font face="Times New Roman" size="3">     So I tried to run that python code with my data. I have around 330 unsigned short projection in <i>.raw</i> format each of dimension 1536x1536 pixels. <br></font></div><div><font face="Times New Roman" size="3">     Since python itk.Image doesn't have support for unsigned short I have converted the data to float and given as input to rtk.ProjectioReader class. <br></font></div><div><font face="Times New Roman" size="3">     But on execution, it is getting aborted at <i>fdkFilter.Update()</i> command without throwing any exception. Attaching the modified python code. <br></font></div><div><font face="Times New Roman" size="3"><br></font></div><div><font face="Times New Roman" size="3"><br></font></div><div><font face="Times New Roman" size="3">2. The second issue is , after the reconstruction I want to convert the reconstructed grey level values into CT numbers. For this I'm using the equation </font><br></div><div><br></div><div><span><u></u><u></u><u></u>                            HU<u></u><u></u>=<u></u><u></u>1000<u></u><u></u>×<u></u><u></u><u></u><u></u>μ<u></u><u></u>−<u></u><u></u><u></u>μ<u></u><u></u><u></u>w<u></u><u></u>a<u></u><u></u>t<u></u><u></u>e<u></u><u></u>r<u></u><u></u><u></u><u></u><u></u><u></u><u></u>μ<u></u><u></u><u></u>w<u></u><u></u>a<u></u><u></u>t<u></u><u></u>e<u></u><u></u>r<u></u><u></u><u></u><u></u>−<u></u><u></u><u></u>μ<u></u><u></u><u></u>a<u></u><u></u>i<u></u><u></u>r<u></u><u></u><u></u><u></u><u></u><u></u>,  where  <u></u><u></u><u></u></span><u></u><u></u><u></u><br><u></u><u></u><u></u><span><u></u><u></u><u></u><span>μ is the linear attenuation coefficient of substance. <br></span><u></u><u></u><u></u></span></div><div><span><u></u><u></u><u></u><span><br></span><u></u><u></u><u></u></span></div><div><font face="Times New Roman" size="3"><u></u><u></u><u></u>    M <u></u><u></u><u></u><u></u><u></u><u></u>y doubt is whether the output from <u></u><u></u><u></u><u></u><u></u><u></u><br><u></u><u></u><u></u><u></u><u></u><u></u> rtk::CudaFDKConeBeamReconstructionFilter is same as the  μ defined above or any more conversion is required.<span><span> <br></span></span><u></u><u></u><u></u></font></div><div><font face="Times New Roman" size="3"><u></u><u></u><u></u><span><span><br></span></span><u></u><u></u><u></u></font></div><div><font face="Times New Roman" size="3"><u></u><u></u><u></u><span><span><br></span></span><u></u><u></u><u></u></font></div><div><font face="Times New Roman" size="3"><u></u><u></u><u></u><span><span>Kindly request you to suggest me a solution.<br></span></span><u></u><u></u><u></u></font></div><div><font face="Times New Roman" size="3"><u></u><u></u><u></u><span><span><br></span></span><u></u><u></u><u></u></font></div><div><font face="Times New Roman" size="3"><u></u><u></u><u></u><span><span>Thanks & Regards</span></span><u></u><u></u><u></u></font></div><div><u></u><u></u><u></u><span><span><font face="Times New Roman" size="3">Febin P Alex</font><br></span></span><u></u><u></u><u></u></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><br>
<br>
<div><a href="https://www.panaceamedical.com/ssl/" target="_blank"><img src="cid:175e239bf8fc204bfcc4" align="left"></a><font size="2"><font color="0000FF" size="3"><b>PANACEA MEDICAL TECHNOLOGIES PVT LTD</b></font><font color="3366FF"><font color="000000"><br><b>Web :</b> <a href="http://www.panaceamedical.com" target="_blank">www.panaceamedical.com</a> <br><b>Address :</b> Plot #35, Phase-IV, Malur Industrial Area, Kolar District, Karnataka, INDIA, PIN:563130<br></font></font></font></div><div><font size="2"><font color="3366FF"><font color="000000"><b>Location :</b> <a href="https://goo.gl/maps/doBkXNp3TRsUAqsc7http://" target="_blank">https://goo.gl/maps/doBkXNp3TRsUAqsc7</a><br></font></font></font></div><div><a href="https://www.facebook.com/PanaceaMedicalTechnologies/http://" target="_blank"><img src="cid:175e239bf8fc204bfcc2"></a><a href="https://twitter.com/panacea_medical" target="_blank"><img src="cid:175e239bf8fc204bfcc3"></a><a href="https://www.linkedin.com/company/panacea-medical-technology/" target="_blank"><img src="cid:175e239bf8ec204bfcc1"></a><a href="https://www.youtube.com/channel/UCwJ1DoSac5FT6VLVR6TJQ-A" target="_blank"><img src="cid:175e239bf90c204bfcc5"></a></div><div><br></div><div><a href="https://www.panaceamedical.com/ssl/all-products.php" target="_blank"><img src="cid:175e239bf90c204bfcc6"></a></div><div><font size="1"><b>EMAIL DISCLAIMER: </b>This communication (including any accompanying documents) is intended only for the use of the addressee(s) and contains information that is PRIVILEGED AND CONFIDENTIAL. Unauthorized reading, dissemination, distribution or copying of this communication is prohibited. If you have received this communication in error, please notify us immediately at <a href="mailto:pmtadmin@panaceamedical.com" target="_blank">pmtadmin@panaceamedical.com</a> and promptly destroy the original communication and all copies taken thereof. Thank you for your cooperation. Communicating through email is not secure and capable of interception, corruption and delays. Anyone communicating with Panacea Medical Technologies Pvt Ltd by email accepts the risks involved and their consequences.</font><br></div><br>
</div>

</blockquote></div></div>