<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div>I think the current RTK package on pypi is outdated wrt to ITK's. Either you use ITK v5.0.1 or you use the RTK package compiled by the CI. I think <a href="https://dev.azure.com/simonrit/RTK/_build/results?buildId=621&view=artifacts&type=publishedArtifacts" target="_blank">this one</a> for example works. We will upload a new version after the ITK v5.1.1 release planned for the end of this week.<br></div><div>Simon<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jul 14, 2020 at 5:49 PM Andrew Mark <<a href="mailto:amark@magneticinsight.com">amark@magneticinsight.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">





<div lang="EN-US">
<div class="gmail-m_3781349452301690811WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Hello,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">I am an ITK and RTK beginner. I am trying to use itk-rtk (Python). Before attempting to build from source, I decided to try the precompiled binaries. I set up a clean environment with python3.7 installed (via
 Miniconda) on Windows 10 and ran the following:<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Python -m pip install itk <u></u>
<u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Python -m pip install itk-rtk<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">I verified I could import both packages, and I then attempted to run FirstReconstruction.py, which is part of the RTK repo.
<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">I got a lazy loading error:<br>
```<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">itkPointSetD3 not loaded from module ITKRegistrationCommon because of exception:<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">module 'itk.ITKRegistrationCommonPython' has no attribute 'itkPointSetD3'<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Traceback (most recent call last):<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">  File "FirstReconstruction.py", line 19, in <module><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">    geometry = rtk.ThreeDCircularProjectionGeometry.New()<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">  File "C:\Users\amark\Miniconda3\envs\mi\lib\site-packages\itkLazy.py", line 52, in __getattribute__<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">    itkBase.LoadModule(module, namespace)<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">  File "C:\Users\amark\Miniconda3\envs\mi\lib\site-packages\itkBase.py", line 99, in LoadModule<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">    module = loader.load(swig_module_name)<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">  File "C:\Users\amark\Miniconda3\envs\mi\lib\site-packages\itkBase.py", line 220, in load<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">    module.__loader__.exec_module(module)<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">  File "<frozen importlib._bootstrap_external>", line 728, in exec_module<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 219, in _call_with_frames_removed<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">  File "C:\Users\amark\Miniconda3\envs\mi\lib\site-packages\itk\RTKPython.py", line 119, in <module><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">    from itkFixedArrayRTKPython import *<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">  File "C:\Users\amark\Miniconda3\envs\mi\lib\site-packages\itk\Configuration\..\itkFixedArrayRTKPython.py",<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">line 106, in <module><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">    import pyBasePython<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">  File "C:\Users\amark\Miniconda3\envs\mi\lib\site-packages\itk\Configuration\..\pyBasePython.py", line 8, in<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><module><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">    from . import _ITKPyBasePython<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">ImportError: attempted relative import with no known parent package<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">```<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Does anyone have any insight? Once I get this working, could I expect the precompiled binaries to allow me to run the CUDA accelerated version of this example?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Thanks!<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11pt">Andrew<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="https://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
</blockquote></div>