<div dir="ltr"><div>Congratulations! Glad to here it worked out. From your attachment, I have the feeling that something is wrong since there is an artefact at the center. Do you know what that could be?</div><div>Maybe you can read the Knaup's paper in the 13th fully 3D meeting proceedings (available <a href="http://www.fully3d.org/uploadfile/2017/0112/20170112020253842.pdf">here</a>): A General Projection Weight for Feldkamp–Type Cone–Beam Image Reconstruction from Arbitrary CT Scan Trajectories.</div><div>Defining optimal weights is difficult because you have two competing criteria: best use of the dose to minimize dose and a smooth weighting (as described by Parker).</div><div>It might be worth being included but the best would be to do it with minimal code copy. You can share the current code if you want us to have a look.</div><div>Cheers,</div><div>Simon<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jan 21, 2020 at 5:11 PM <<a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Simon and Rtk users,<br>
<br>
I picked this topic up again after some time.<br>
I was able to properly weight my projections stack in order to accommodate<br>
for two different detector displacement in a dual-rotation configuration ( I<br>
modified both CPU and GPU implementations of DisplacedDetectorImageFilter )<br>
under the same geometry.xml file.<br>
Following, it was possible to directly use ParkerShortScanFilter to<br>
compensate for the short scan conditions of two successive incomplete<br>
rotations.<br>
<br>
The resulting reconstruction can be superimposed on a single-rotation<br>
Half-Fan reconstruction with no difference except for a cylindrical artefact<br>
which is centred and extends along the Y axis of the reconstructed volume<br>
(figure attached).<br>
I suspect the weighting I’m using (which is a transposition of the one<br>
currently implemented) is not ideal for dual-rotation reconstruction<br>
whenever the detector is not fully displaced.<br>
However I struggle to find literature on this topic! If you have any<br>
suggestion I would be interested in investigating further on this topic, as<br>
limited Range of Motion is a key factor in my project.<br>
<br>
<br>
Of course if you feel this feature could be merged into Rtk tree I would be<br>
glad to open a pull request on git and dive more into details.<br>
<br>
Best regards,<br>
Gabriele<br>
<br>
<br>
<br>
Da: Simon Rit <<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>> <br>
Inviato: giovedì 31 ottobre 2019 00.22<br>
A: <a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com" target="_blank">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</a><br>
Cc: rtk-users <<a href="mailto:rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users@public.kitware.com</a>><br>
Oggetto: Re: [Rtk-users] Half Fan dataset<br>
<br>
<br>
<br>
Hi,<br>
<br>
with --proj_iso_x, you only move the detector, not the source. If you also<br>
want to move the source, --source_x needs to be used. Hopefully the drawing<br>
on the  <<a href="http://www.openrtk.org/Doxygen/DocGeo3D.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.openrtk.org/Doxygen/DocGeo3D.html</a>> doc page helps to<br>
understand this. So since you don't have any source offset in your geometry<br>
file, you are in the first line and last line situation of your drawing<br>
image.<br>
<br>
Now, on the last line, what you're actually doing is imaging with the same<br>
source arc but actually shifting the detector. This is equivalent to a 180°<br>
source rotation with a larger rotation. You only need a weighting function<br>
to account for the redundancy but this is not going to be the same one as<br>
the one implemented because it needs to be on different side of the<br>
detector/projections (as on the first line of your projections). In any<br>
case, 180° is not enough, you need at least 180+fan angle and to combine<br>
this with a short scan Parker weighting.<br>
<br>
Simon<br>
<br>
<br>
<br>
On Wed, Oct 30, 2019 at 6:00 PM <<br>
<mailto:<a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com" target="_blank">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</a>><br>
<a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com" target="_blank">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
Hi Simon,<br>
<br>
Sorry for the late reply.<br>
I drew a sketch in two part to explain my doubts.<br>
First I drew 3 configurations for the geometry, representing my doubt<br>
towards what exactly is achieved by Isocenter Projection translation in the<br>
RTK geometry; i.e. does it result in a source translation or in a cone beam<br>
rotation (in XZ plane) to accommodate for the panel displacement? (I’m<br>
expecting the latter but I couldn’t properly check).<br>
<br>
The last two sketches represent the same concept with two of the possible<br>
geometries(of course I’d prefer the latter):<br>
The idea is to first rotate with the detector displaced on one side by 180°<br>
and then displace in the opposite direction and rotate of additional 180°<br>
(always clockwise rotation).<br>
Any comment or suggestion would be highly appreciated and eventually I will<br>
try to impose weights according to improve the reconstruction.<br>
<br>
PS: zoom in on the sketch, the resolution should be sufficient to read<br>
PPS: I’m also attaching a screenshot of a reconstruction achieved with the<br>
exotic geometry :^] and the xml I generated for it (beware that my detector<br>
is 298 mm wide and the displacement is of +/-120 mm)<br>
<br>
Best regards,<br>
Gabriele<br>
<br>
<br>
<br>
Da: Simon Rit < <mailto:<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>><br>
<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>> <br>
Inviato: martedì 29 ottobre 2019 18.21<br>
A:  <mailto:<a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com" target="_blank">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</a>><br>
<a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com" target="_blank">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</a><br>
Cc: rtk-users < <mailto:<a href="mailto:rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users@public.kitware.com</a>><br>
<a href="mailto:rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users@public.kitware.com</a>><br>
Oggetto: Re: [Rtk-users] Half Fan dataset<br>
<br>
<br>
<br>
Hi Gabriele,<br>
<br>
Great that you moved forward.<br>
<br>
It's quite sure that the current implementation does not handle this new<br>
exotic geometry. So my suggestion would be to implement your own weights<br>
(e.g., using the python package).<br>
<br>
It's not clear to me what you're trying to achieve here but it seems to me<br>
that only the central part seen by all source positions has enough data<br>
(point of space which see at least 180° of source positions) to be<br>
reconstructible. Maybe you should draw your two cones at 90° and -90° to be<br>
sure of what you're doing? Don't hesitate to share such a drawing on which<br>
we could comment.<br>
<br>
Best regards,<br>
<br>
Simon<br>
<br>
<br>
<br>
On Tue, Oct 29, 2019 at 4:10 PM <<br>
<mailto:<a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com" target="_blank">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</a>><br>
<a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com" target="_blank">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
Dear Simon and RTK users,<br>
<br>
I’ve been experimenting on the generation of Half Fan CBCT images<br>
successfully from reprojections of CTs starting from Simon’s suggestions.<br>
So far I was able to reconstruct images by displacing the detector in the X<br>
direction (+ or -) and completing a single rotation. Results were good and<br>
the FOV was of course larger than the one obtained from using the same<br>
virtual detector without displacement.<br>
<br>
I’ve taken the simulation a step further and I’m currently creating a<br>
geometry which is similar to the combination of “rtksimulatedgeometry -n 180<br>
--proj_iso_x <displacement> -o g_1” and “rtksimulatedgeometry -n 180<br>
--proj_iso_x <(-1)*displacement> -o g_2 -f 180” (I’m rotating first between<br>
0° and 180° while displacing by half detector size on +X and then 180° and<br>
360° while displacing by half detector size on -X).<br>
With this single .xml I’m reprojecting a CT into a single .mha using<br>
rtkforwardprojections and then I’m using the output as input for rtkfdk.<br>
<br>
My results however suffer from a centered artifact, of semi-cylindrical<br>
shape, in my opinion caused by the superimposition of rays from the two<br>
beams around the isocenter.<br>
This is further supported by the fact that the more I displace the detector<br>
the smaller the artefact becomes (of course I can’t displace more than 50%<br>
of detector size).<br>
I guess a possible solution would be to have a perfect half-cone x-ray beam<br>
by shaping it using a collimator, but I’m not sure how to proceed on this in<br>
the simulated environment.<br>
Have you got any suggestions or observation on how to achieve a<br>
reconstruction based on this? (two rotations/acquistion given two opposite<br>
detector displacements)<br>
<br>
Thanks in advance,<br>
Gabriele<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
Da: Simon Rit < <mailto:<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>><br>
<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>> <br>
Inviato: venerdì 11 ottobre 2019 13.10<br>
A:  <mailto:<a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com" target="_blank">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</a>><br>
<a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com" target="_blank">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</a><br>
Cc: rtk-users < <mailto:<a href="mailto:rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users@public.kitware.com</a>><br>
<a href="mailto:rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users@public.kitware.com</a>><br>
Oggetto: Re: [Rtk-users] Half Fan dataset<br>
<br>
<br>
<br>
Hi,<br>
<br>
It's easy to generate, you need to offset your detector, either via the RTK<br>
geometry or by setting the first coordinate of the origin of your projection<br>
to something which makes the projection uncentered. For example, in the<br>
geometry :<br>
<br>
rtksimulatedgeometry -n 180 --proj_iso_x 100 -o g<br>
<br>
rtkprojectshepploganphantom -g g -o proj.mha<br>
<br>
rtkfdk -p . -g g -r proj.mha -o fdk.mha<br>
<br>
You can simulate from a CT image by following<br>
<<a href="http://wiki.openrtk.org/index.php/RTK/Scripts/ForwardProjection" rel="noreferrer" target="_blank">http://wiki.openrtk.org/index.php/RTK/Scripts/ForwardProjection</a>> this<br>
example.<br>
<br>
Simon<br>
<br>
<br>
<br>
On Fri, Oct 11, 2019 at 9:58 AM <<br>
<mailto:<a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com" target="_blank">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</a>><br>
<a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com" target="_blank">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
Dear RTK users and developers,<br>
<br>
I’m currently experimenting with FDK reconstruction and I’m struggling to<br>
find a Half-Fan projection dataset to fiddle around.. Do you know where I<br>
can find one? I’ve taken into consideration generating a set of DRRs from an<br>
existing phantom. Any help or advice you can give me would be greatly<br>
appreciated, thanks!<br>
<br>
Gabriele Belotti<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
 <mailto:<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a>> <a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
 <<a href="https://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a>><br>
<a href="https://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
<br>
</blockquote></div>