<div dir="ltr"><div>Dear Gabriele,</div><div>Sounds great! Can you create a pull request? See <a href="https://guides.github.com/introduction/flow/">here</a> for some information if you need some.</div><div>Simon<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Nov 21, 2019 at 5:38 PM <<a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div lang="IT"><div class="gmail-m_-4690222987686349233WordSection1"><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB">Dear Simon,<br><br>I have forked RTK and pushed a <a href="https://github.com/GabrieleBelotti/RTK/commit/cd8ef6dc31a987925949da01f4340810f3b85710" target="_blank">commit</a> which took all major changes from this </span><a href="https://github.com/SimonRit/RTK/commit/dc987fca11ae283b07547af19efcd26ad377a4da" target="_blank"><span lang="EN-GB">commit</span></a> <span lang="EN-GB">and I hope I correctly added a RTK_USE_BUNZIP2 preprocessor option in rtkConfiguration.h, and in the HncImageIO files.<br>I hope this is fine, I can’t test it with my current ITK build, but if there’s something I missed or got wrong please let me know (I’m just a newbie).<br><br>Gabriele</span><span lang="EN-GB"><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt"><b>Da:</b> Simon Rit <<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>> <br><b>Inviato:</b> mercoledì 20 novembre 2019 11.37<br><b>A:</b> <a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com" target="_blank">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</a><br><b>Cc:</b> rtk-users <<a href="mailto:rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users@public.kitware.com</a>><br><b>Oggetto:</b> Re: [Rtk-users] HNC reader<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt"><u></u> <u></u></p><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt">I think I would first check if there is some code to bunzip on ITK's side (it's not very clear from a quick search in the repo).<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt">If not, then I'll indeed create a cmake option (e.g., RTK_USE_BUNZIP2) and include the code when activated. You can avoid compiling the cxx files from cmake but you'll probably need a preprocessor option in <a href="https://github.com/SimonRit/RTK/blob/master/rtkConfiguration.h.in" target="_blank">rtkConfiguration.h</a> (as e.g. RTK_USE_CUDA). <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt">Don't hesitate to submit a work in progress as a PR if you need some help.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt">Thanks!<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt">Simon<u></u><u></u></p></div></div><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt"><u></u> <u></u></p><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt">On Wed, Nov 20, 2019 at 11:26 AM <<a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com" target="_blank">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p></div><blockquote style="border-color:currentcolor currentcolor currentcolor rgb(204,204,204);border-style:none none none solid;border-width:medium medium medium 1pt;padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm"><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt">Thanks Simon!<br><span lang="EN-GB">I’m able to retrieve those codes for a start and that’s good! Currently I’m using 1.4.0 so I don’t have to fiddle around too much.<br>How would you go for making the bzip2 dependency optional? Maybe creating an option flag in CMake and editing the reader accordingly?<br>Gabriele </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt"><span lang="EN-GB"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt"><b>Da:</b> Simon Rit <<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>> <br><b>Inviato:</b> mercoledì 20 novembre 2019 10.49<br><b>A:</b> <a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com" target="_blank">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</a><br><b>Cc:</b> rtk-users <<a href="mailto:rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users@public.kitware.com</a>><br><b>Oggetto:</b> Re: [Rtk-users] HNC reader<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt"> <u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt"><span lang="EN-GB">Hi,</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt"><span lang="EN-GB">I think there's been a confusion on my side when writing the release notes of RTK 1.4. I merged a pull request from Andreas Gravgaard who implemented the Xim reader based on the Hnc reader. There is a </span><a href="https://github.com/SimonRit/RTK/commit/dc987fca11ae283b07547af19efcd26ad377a4da" target="_blank"><span lang="EN-GB">commit</span></a><span lang="EN-GB"> which includes Hnc but this other </span><a href="https://github.com/SimonRit/RTK/commit/9a1754f6e9f7d0257702fc9b48be724c74750990" target="_blank"><span lang="EN-GB">commit</span></a><span lang="EN-GB"> deleted it before merging.</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt"><span lang="EN-GB">See the related </span><a href="https://github.com/SimonRit/RTK/pull/72" target="_blank"><span lang="EN-GB">PR</span></a><span lang="EN-GB"> and </span><a href="https://public.kitware.com/pipermail/rtk-users/2016-September/010334.html" target="_blank"><span lang="EN-GB">mailing list conversation</span></a><span lang="EN-GB">.</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt"><span lang="EN-GB">We can probably include the reader in RTK if we can make the bzip2 dependency optional using Geoff's code.</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt"><span lang="EN-GB">Sorry for the mess,</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt"><span lang="EN-GB">Simon</span><u></u><u></u></p></div></div><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt"><span lang="EN-GB"> </span><u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt"><span lang="EN-GB">On Wed, Nov 20, 2019 at 10:11 AM <</span><a href="mailto:gabriele.belotti.bergamo@gmail.com" target="_blank"><span lang="EN-GB">gabriele.belotti.bergamo@gmail.com</span></a><span lang="EN-GB">> wrote:</span><u></u><u></u></p></div><blockquote style="border-color:currentcolor currentcolor currentcolor rgb(204,204,204);border-style:none none none solid;border-width:medium medium medium 1pt;padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin:5pt 0cm 5pt 4.8pt"><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt"><span lang="EN-GB">Dear RTK users,<br><br>There is mentions of a .hnc reader in the 1.4.0 release (</span><a href="https://www.openrtk.org/RTK/news/201802_release1.4.php" target="_blank"><span lang="EN-GB">https://www.openrtk.org/RTK/news/201802_release1.4.php</span></a><span lang="EN-GB">) but I can’t find it linked in any version I tried (1.4.0 and 2.0.0/1).<br>I think this may be a mistake so I wanted to raise the issue.<br><br>I hope this is useful for anyone other than me!<br><br>Gabriele</span><u></u><u></u></p></div></div><p class="MsoNormal" style="margin-left:35.4pt"><span lang="EN-GB">_______________________________________________<br>Rtk-users mailing list<br></span><a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank"><span lang="EN-GB">Rtk-users@public.kitware.com</span></a><span lang="EN-GB"><br></span><a href="https://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" target="_blank"><span lang="EN-GB">https://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</span></a><u></u><u></u></p></blockquote></div></div></div></blockquote></div></div></div></blockquote></div>