<div dir="ltr">Hi Simon,<div><br></div><div>I did run a full acquisition but with less projection views and it turned out that the streaks were due to short angles, ie, 180 degree is not sufficient. Thanks for your reply.</div><div><br></div><div>Howard</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Aug 1, 2019 at 10:42 PM Simon Rit <<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div>From what I see in your reconstruction screenshot, you have mainly one projection. 180° is too short for a short scan so I suggest to have at least 180°+cone angle. Don't you get a warning when launching the command line? It's hard to anticipate what happens if you don't use this amount of data.<br></div><div>Since it's a Gate simulation, I suggest to start with a full acquisition to check that everything else is correct (distances, rotation direction, etc).</div><div>Don't hesitate to share your Gate macro if you want us to check the geometry.</div><div>Note that your spacing and origin parameters need commas instead of spaces or quotes to be adequately interpreted<br></div><div>Simon<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Jul 28, 2019 at 5:15 PM Howard <<a href="mailto:lomahu@gmail.com" target="_blank">lomahu@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I tried to run the application rtkfdk to reconstruct CBCT from 180 projections (from 0 degree to 180 degree only) that were generated using Gate simulation. Here is the geometry of the simulation:</div><div><br></div><div>a cylindrical phantom (radius=8mm, height=20mm) sitting on a turntable</div><div>X-ray source to isocenter (center of the cylindrical phantom) = 80mm (SAD)</div><div>Flat panel imager (60mm x 60mm) to isocenter = 80mm (SDD=160mm)</div><div><br></div><div>x direction: perpendicular to y direction which is the direction from detector to X-ray source;</div><div>z direction: turntable rotation axis and pointing upward</div><div><br></div><div>I used rtksimulatedgeometry application to generate the geometry xml file following the simulation geometry with the command:</div><div>rtksimulatedgeometry -n 180 --arc 180 -o geo.xml --sid 80 -sdd 160 --proj_iso_x -30 --proj_iso_y -30 </div><div><br></div><div>Subsequently the CBCT was reconstructed with the rtkfdk application with the command:</div><div>rtkfdk -g geo.xml -p . -r proj.mha -o test.mha --spacing 0.1 0.1 0.2 --dimension 160,160,100 --origin -8 -8 -10</div><div><br></div><div>However, the reconstruction result does not look correct. Particularly the axial and sagittal views have a lot of streaks. For your reference, I am sharing the snapshots of the projections and the reconstructed CBCT in the following link:</div><div><br></div><div>projection screenshot:         <a href="https://ibb.co/PCTjzrt" target="_blank">https://ibb.co/PCTjzrt</a><br>reconstruction screenshot:  <a href="https://ibb.co/QCjjvQt" target="_blank">https://ibb.co/QCjjvQt</a><br></div><div><br></div><div>What did I do wrong or miss? Or streaks are due to partial projections, ie, only 180 views? Your help would be greatly appreciated.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Howard</div></div>
_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="https://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
</blockquote></div>
</blockquote></div>