<div dir="ltr"><div>Hi Estelle,</div><div>Forward projection simply takes the line integrals of your volume. So 3D images have to represent the physical quantity you want to integrate. For x-ray imaging, you generally want to have linear attenuation coefficient. But for PET or SPECT, that would be the emission map in counts per voxel. In your case, if you want to compute I0*exp(-projection), then it seems that you're dealing with x-rays and the projection should be the line integral of the linear attenuation coefficient.</div><div>As we point out on the wiki page, integrating HUs makes no physical sense so you need to convert the input volume or the output projections (since the operation is linear) before taking the exp.</div><div>For the Shepp Logan, be aware that the densities in the text file is to be understood in the additive sense. So if you have a -0.1 ellipsoid in a larger 1. ellipsoid, then its density will be 0.9. Use rtkdrawshepploganphantom to verify what are the actual densities.<br></div><div>Best regards,</div><div>Simon<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Fri, Oct 19, 2018 at 2:19 PM MORIN Estelle <<a href="mailto:estelle.morin@thalesgroup.com" target="_blank">estelle.morin@thalesgroup.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="FR" link="blue" vlink="purple">
<div class="m_4928448406681336567m_-7201865859042175082m_1136895346480810627WordSection1">
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">Dear RTK users,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;font-family:"Arial","sans-serif""><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">I would like to do projections of volumes stored in 3D images. However, I do not understand what the voxel values of my 3D images should
 represent physically speaking. Should they represent attenuation coefficients, densities or something else? Should they be normalized?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;font-family:"Arial","sans-serif""><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">On the wiki page “RTK/Scripts/ForwardProjection”, it is highlighted that the image used for the projection is in Hounsfield units. However,
 computing a projection on the image given in example gives me an output image with very high negative values which I can’t interpret. Moreover, as the output values are so big and negative, I cannot compute the attenuated image with the formula: attenuatedImage
 = I0 * exp(-projection). Indeed, this results in an image with a lot of pixel values equal to infinity.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;font-family:"Arial","sans-serif""><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">I also looked at the file “rtkSheppLoganPhantom.cxx” and its header in order to understand what should be my input image. It seems that
 the Shepp Logan Phantom is composed of 10 ellipsoids whose “densities” are included in the interval [-1,1]. Moreover, the sum of those densities is equal to one. Does this mean that the coefficients of my 3D images should be normalized between -1 et 1? What
 is the physical meaning of this?<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;font-family:"Arial","sans-serif""><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">I thank you in advance for your answer,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">Best wishes,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;font-family:"Arial","sans-serif""><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify"><span lang="EN-US" style="font-size:12.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">Estelle Morin<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="https://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
</blockquote></div>