<div dir="ltr">Hi Jean,<div><br></div><div>Glad you solved this. I found it to be faster and less work to build the right h5py instead of recompiling ParaView.</div><div>See <a href="https://github.com/Exteris/paraview-python-file-reader">https://github.com/Exteris/paraview-python-file-reader</a> for instructions (copied below for convenience).</div><div><br></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><div><font face="monospace, monospace"># run this script in ParaView-5.4.1-Qt5-OpenGL2-MPI-Linux-64bit or equivalent or set PV_DIR</font></div><div><font face="monospace, monospace">export PV_DIR=$(pwd)</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"># Install python2 with ucs2 <a href="https://stackoverflow.com/questions/38928942/build-python-as-ucs-4-via-pyenv">https://stackoverflow.com/questions/38928942/build-python-as-ucs-4-via-pyenv</a></font></div><div><font face="monospace, monospace">export PYTHON_CONFIGURE_OPTS=--enable-unicode=ucs2</font></div><div><font face="monospace, monospace">pyenv install -v 2.7.11</font></div><div><font face="monospace, monospace">pyenv local 2.7.11</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"># Install pip</font></div><div><font face="monospace, monospace">wget <a href="https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py">https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py</a> && ~/.pyenv/shims/python get-pip.py</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"># Install the same numpy paraview uses (as of writing)</font></div><div><font face="monospace, monospace">~/.pyenv/versions/2.7.11/bin/pip install --user numpy==1.8.1</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"># Install hdf5 of the same version as paraview (not enough files included in binary paraview distribution to build against)</font></div><div><font face="monospace, monospace"># Paraview 5.2 - 5.4.1 are using 1.8.13, I have not checked the rest</font></div><div><font face="monospace, monospace"># We then take the install summary </font></div><div><font face="monospace, monospace">cd ~</font></div><div><font face="monospace, monospace">wget <a href="https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.8/hdf5-1.8.13/src/hdf5-1.8.13.tar.bz2">https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.8/hdf5-1.8.13/src/hdf5-1.8.13.tar.bz2</a></font></div><div><font face="monospace, monospace">tar jxf hdf5-1.8.13.tar.bz2</font></div><div><font face="monospace, monospace">cd hdf5-1.8.13</font></div><div><font face="monospace, monospace">./configure</font></div><div><font face="monospace, monospace">make -j</font></div><div><font face="monospace, monospace">make install # in ~/hdf5-1.8.13/hdf5</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"># Install h5py against the paraview hdf5 libraries</font></div><div><font face="monospace, monospace">export HDF5_DIR=~/hdf5-1.8.13/hdf5</font></div><div><font face="monospace, monospace">~/.pyenv/versions/2.7.11/bin/pip install --no-binary=h5py --user h5py</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"># Copy it to your paraview folder to make a portable version, or leave it in your local site-packages</font></div><div><font face="monospace, monospace">mv ~/.local/lib/python2.7/site-packages/h5py $PV_DIR/lib/python2.7/site-packages/</font></div><div><font face="monospace, monospace"># Create symlinks to the paraview library files (since we built against slightly different hdf5 the name is different)</font></div><div><font face="monospace, monospace">cd $PV_DIR/lib/paraview-*</font></div><div><font face="monospace, monospace">ln -s libhdf5.so.8.0.2 libhdf5.so.8</font></div><div><font face="monospace, monospace">ln -s libhdf5_hl.so.8.0.2 libhdf5_hl.so.8</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"># Clean up</font></div><div><font face="monospace, monospace">rm -r ~/hdf5-1.8.13.tar.bz2 ~/hdf5-1.8.13</font></div></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Daan</font></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 15, 2018 at 10:45 AM, Favre  Jean <span dir="ltr"><<a href="mailto:jfavre@cscs.ch" target="_blank">jfavre@cscs.ch</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt"><br>
I have resolved the issue.<br>
<br>
PV5.4 uses HDF5 1.8.13 in VTK/ThirdParty/hdf5<br>
PV5.5 uses HDF5 1.10.1<br>
<br>
recompiling ParaView with -DVTK_USE_SYSTEM_HDF5:BOOL=ON ensures that I pick up a version of HDF5 compatible with what h5py imports.<br>
<br>
Thanks for listening. :-)<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
Jean<br>
</font></span></div>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Search the list archives at: <a href="http://markmail.org/search/?q=Paraview-developers" rel="noreferrer" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=<wbr>Paraview-developers</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="https://public.kitware.com/mailman/listinfo/paraview-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/paraview-<wbr>developers</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>