<div dir="ltr"><div><div>Hi Jean,<br><br></div>I'm curious why this doens't work.  In VTK/ParaView we mangle all the HDF5 symbols so that it shouldn't conflict with an external HDF5 (like the one from h5py).  In theory you should be able to load both with nothing conflicting, and the VTK list has helped us find conflicting symbols and write scripts for symbol mangling so none are missed.  Was there a symbol conflict or was the OS being "smart" and refusing to load two versions of the same library even though they have completely different symbols?<br><br></div>Shawn<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 15, 2018 at 8:29 AM, Daan van Vugt <span dir="ltr"><<a href="mailto:daanvanvugt@gmail.com" target="_blank">daanvanvugt@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Jean,<div><br></div><div>Glad you solved this. I found it to be faster and less work to build the right h5py instead of recompiling ParaView.</div><div>See <a href="https://github.com/Exteris/paraview-python-file-reader" target="_blank">https://github.com/<wbr>Exteris/paraview-python-file-<wbr>reader</a> for instructions (copied below for convenience).</div><div><br></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><div><font face="monospace, monospace"># run this script in ParaView-5.4.1-Qt5-OpenGL2-<wbr>MPI-Linux-64bit or equivalent or set PV_DIR</font></div><div><font face="monospace, monospace">export PV_DIR=$(pwd)</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"># Install python2 with ucs2 <a href="https://stackoverflow.com/questions/38928942/build-python-as-ucs-4-via-pyenv" target="_blank">https://stackoverflow.com/<wbr>questions/38928942/build-<wbr>python-as-ucs-4-via-pyenv</a></font></div><div><font face="monospace, monospace">export PYTHON_CONFIGURE_OPTS=--<wbr>enable-unicode=ucs2</font></div><div><font face="monospace, monospace">pyenv install -v 2.7.11</font></div><div><font face="monospace, monospace">pyenv local 2.7.11</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"># Install pip</font></div><div><font face="monospace, monospace">wget <a href="https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py" target="_blank">https://bootstrap.pypa.io/get-<wbr>pip.py</a> && ~/.pyenv/shims/python get-pip.py</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"># Install the same numpy paraview uses (as of writing)</font></div><div><font face="monospace, monospace">~/.pyenv/versions/2.7.11/bin/<wbr>pip install --user numpy==1.8.1</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"># Install hdf5 of the same version as paraview (not enough files included in binary paraview distribution to build against)</font></div><div><font face="monospace, monospace"># Paraview 5.2 - 5.4.1 are using 1.8.13, I have not checked the rest</font></div><div><font face="monospace, monospace"># We then take the install summary </font></div><div><font face="monospace, monospace">cd ~</font></div><div><font face="monospace, monospace">wget <a href="https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.8/hdf5-1.8.13/src/hdf5-1.8.13.tar.bz2" target="_blank">https://support.hdfgroup.org/<wbr>ftp/HDF5/releases/hdf5-1.8/<wbr>hdf5-1.8.13/src/hdf5-1.8.13.<wbr>tar.bz2</a></font></div><div><font face="monospace, monospace">tar jxf hdf5-1.8.13.tar.bz2</font></div><div><font face="monospace, monospace">cd hdf5-1.8.13</font></div><div><font face="monospace, monospace">./configure</font></div><div><font face="monospace, monospace">make -j</font></div><div><font face="monospace, monospace">make install # in ~/hdf5-1.8.13/hdf5</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"># Install h5py against the paraview hdf5 libraries</font></div><div><font face="monospace, monospace">export HDF5_DIR=~/hdf5-1.8.13/hdf5</font></div><div><font face="monospace, monospace">~/.pyenv/versions/2.7.11/bin/<wbr>pip install --no-binary=h5py --user h5py</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"># Copy it to your paraview folder to make a portable version, or leave it in your local site-packages</font></div><div><font face="monospace, monospace">mv ~/.local/lib/python2.7/site-<wbr>packages/h5py $PV_DIR/lib/python2.7/site-<wbr>packages/</font></div><div><font face="monospace, monospace"># Create symlinks to the paraview library files (since we built against slightly different hdf5 the name is different)</font></div><div><font face="monospace, monospace">cd $PV_DIR/lib/paraview-*</font></div><div><font face="monospace, monospace">ln -s libhdf5.so.8.0.2 libhdf5.so.8</font></div><div><font face="monospace, monospace">ln -s libhdf5_hl.so.8.0.2 libhdf5_hl.so.8</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"># Clean up</font></div><div><font face="monospace, monospace">rm -r ~/hdf5-1.8.13.tar.bz2 ~/hdf5-1.8.13</font></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Daan</font></div></font></span></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Thu, Mar 15, 2018 at 10:45 AM, Favre  Jean <span dir="ltr"><<a href="mailto:jfavre@cscs.ch" target="_blank">jfavre@cscs.ch</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5">




<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt"><br>
I have resolved the issue.<br>
<br>
PV5.4 uses HDF5 1.8.13 in VTK/ThirdParty/hdf5<br>
PV5.5 uses HDF5 1.10.1<br>
<br>
recompiling ParaView with -DVTK_USE_SYSTEM_HDF5:BOOL=ON ensures that I pick up a version of HDF5 compatible with what h5py imports.<br>
<br>
Thanks for listening. :-)<span class="m_4468676856653806150HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
Jean<br>
</font></span></div>
</div>

<br></div></div><span class="">______________________________<wbr>_________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/opensou<wbr>rce/opensource.html</a><br>
<br>
Search the list archives at: <a href="http://markmail.org/search/?q=Paraview-developers" rel="noreferrer" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=<wbr>Paraview-developers</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="https://public.kitware.com/mailman/listinfo/paraview-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/mai<wbr>lman/listinfo/paraview-develop<wbr>ers</a><br>
<br></span></blockquote></div><br></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/<wbr>opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Search the list archives at: <a href="http://markmail.org/search/?q=Paraview-developers" rel="noreferrer" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=<wbr>Paraview-developers</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="https://public.kitware.com/mailman/listinfo/paraview-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/paraview-<wbr>developers</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>