<div dir="ltr">Hi Trevor,<div><br></div><div>Your proposals sound like things that could be proposed to the MSDK and/or RDkit projects, both of which are part of OpenChemistry. You should reach out to those projects/mentors if you haven't done so already.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div><br></div><div>Adam</div><div><br><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Mon, Feb 5, 2018 at 2:46 PM Karol Langner <<a href="mailto:karol.langner@gmail.com">karol.langner@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Trevor,<div><br></div><div>Good to hear from you. CC'ing two lists that will also be interested in this thread.</div><div><br></div><div>1. I'm sure there's interest in non-QM programs, the main question is whether cclib is the best vehicle for such parsers (cclib targets electronic structure data primarily). That's something to discuss, but even if that would be better suited for a new project, we could re-use some of the code between projects. Also, have you checked out if those formats are supported by Open Babel? If it's just structure, adding a parser for these formats to that project would be faster.</div><div><br></div><div>2. I think there's interest in biological assays, but again I'm not sure that fits into the scope of cclib. There are probably projects out there better suited for that.</div><div><br></div><div>3. Definitely, did you have any specific analyses in mind? Based on reactants, or something like reaction path calculations?</div><div><br></div><div>Finally, I would point out you can propose a project of your own. Any of three things you mentioned would be well received by Open Chemistry, which is the umbrella project under cclib participates in GSOC. Check out the full list of ideas at <a href="http://wiki.openchemistry.org/GSoC_Ideas_2018" target="_blank">http://wiki.openchemistry.org/GSoC_Ideas_2018</a></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 5, 2018 at 2:31 PM, Trevor Tanner <span dir="ltr"><<a href="mailto:u0597274@utah.edu" target="_blank">u0597274@utah.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Dr. Langner,<br><br>As a huge cclib fan, I have been excited to read about its ideas for this year's GSoC.  I was just hoping to get some clarification on the different projects.<br><br>1. For "implementing new parsers", would cclib have any interest in supporting chemical data from non-QM computational chemistry programs?  For example, programs like SIRIUS 3 and MS-FINDER have separate schemes for predicting potential structures from tandem mass spectrometry experiments.  Additionally, databases like Metacyc that contain computationally-predicted metabolites from bacterial genomes store chemical structures in their own, otherwise hard-to-access formats.<br><br>2. For "discovering computational chemistry content online", would there be interest in biological assays and a lightweight machine learning component?  For example, many PubChem assays are simple binary classifications that can be predicted using fast decision trees and fingerprints.<br><br>3. For "advanced analysis of quantum chemistry data", would there be any interest in basic analysis of simple chemical reactions?  For example, it could be useful to easily batch screen compounds with a pre-defined reaction for their product favorability.<br><br>Thank you for your time.  I look forward to hearing back from you.<br><br>Thanks again,<br>Trevor Tanner<br><a href="tel:(801)%20742-5366" value="+18017425366" target="_blank">(801) 742-5366</a></div>
</blockquote></div><br></div></div>
_______________________________________________<br>
Openchemistry-developers mailing list<br>
<a href="mailto:Openchemistry-developers@public.kitware.com" target="_blank">Openchemistry-developers@public.kitware.com</a><br>
<a href="https://public.kitware.com/mailman/listinfo/openchemistry-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/mailman/listinfo/openchemistry-developers</a><br>
</blockquote></div></div></div>