<div dir="ltr"><div><div>Hi All,<br><br></div>Was having trouble creating and placing sources/detectors in a standard slab mesh using NIRFAST-9.0 on a linux system (Ubuntu 16.04.4 LTS; 4.4.0-122-generic x86_64 kernel). My MATLAB version is R2017a. <br><br>I've listed sequence of steps with the messages in the workspace window shown and the fixes I attempted (in blue text) <br><br>==============================<wbr>====================<br><br></div><div>>> nirfast<br></div><div>Selected menu in GUI: Mesh->Create Mesh ->Simple Shapes -> Standard<br></div><div>Selected slab and set L/W/H to 20mm and click Done<br><br><div style="margin-left:40px"><span style="color:rgb(255,0,0)">Error using textscan<br>Unknown parameter 'bufsize'.<br><br>Error in read_nod_elm (line 45)<br>        data = textscan(fid,'%u32 %f %f %f%*[^\n]','bufsize',409500);<br><br>Error in checkerboard3d_mm (line 109)<br>    [telem tnode] = read_nod_elm(fnprefix,1);<br><br>Error in make_slab (line 89)<br>    mesh = checkerboard3d_mm(fullfile(<wbr>outputdir,'test_node_ele.ele')<wbr>,...<br><br><br>Error in create_mesh (line 25)<br>    eval(['mesh = make_' lower(shape) '(sizevar);']);<br><br>Error in gui_create_mesh>done_Callback (line 532)<br>    mesh = evalin('base',content{end});<br><br>Error in gui_mainfcn (line 95)<br>        feval(varargin{:});<br><br>Error in gui_create_mesh (line 42)<br>    gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});<br><br>Error in<br>matlab.graphics.internal.<wbr>figfile.FigFile/read>@(<wbr>hObject,eventdata)gui_create_<wbr>mesh('done_Callback',hObject,<wbr>eventdata,guidata(hObject))<br>Error while evaluating UIControl Callback.</span><br></div><br><br>==============================<wbr>====================<br><span style="color:rgb(0,0,255)"><br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,255)">Changed line 45 in "toolbox/meshing/tools/read_<wbr>nod_elm.m" to: data = textscan(fid,'%u32 %f %f %f%*[^\n]')<br></span></div><div><br>Selected menu in GUI: Mesh->Create Mesh ->Simple Shapes -> Standard<br></div><div>Selected slab and set L/W/H to 20mm and click Done</div><div><br><br><div style="margin-left:40px">Added Shield: 0.0010 s<br>Delaunay Triangulation Time: 0.7141 s<br>Connectivity Time: 0.0359 s<br>Circumcenters Time: 0.0129 s<br>  47 th level was reached<br>100.0000 % of Tetraedroms were checked<br>Walking Time: 0.0399 s<br>Manifold extraction Time: 0.4239 s<br>Total Time: 1.2299 s<br>Writing data to file...Done writing mesh to:<br>    Path: /home/karthik/Research/Matlab/<wbr>lib/nirfast<br>    Filename: test_node_ele.node/.ele<br><br><br>--> Beginning mesh generation process, please wait...<br>    Done with sub-volume separation.<br>==============================<wbr>=============<br>    Calculating desired length at boundary nodes.. done.<br>    Calculating prism normals and bounding boxes.. done.<br>    Sealing boundary buffer zone.. done.<br><br>     Tagging interior nodes... done<br>-----> Running BSP tree to filter out nodes.<br><br>-----> done.<br>Writing data to file.Done writing the nodes to:<br>    Path: /tmp<br>    Filename: input4delaunay.a.node<br><br>Writing data to file... Done writing surface to a poly file:<br>    Path: /tmp<br>    Filename: input4delaunay.poly<br><br>---------> Running Delaunay, please wait.../bin/bash: /home/karthik/Research/Matlab/<wbr>lib/nirfast/NIRFAST-9.0/<wbr>toolbox/meshing/bin/<wbr>delaunaygen-linux64.exe: Permission denied<br>Warning:  Delaunay Generator failed. Trying again... <br><span style="color:rgb(255,0,0)">> In checkerboard3d (line 181)<br>  In checkerboard3d_mm (line 167)<br>  In make_slab (line 89)<br>  In create_mesh (line 25)<br>  In gui_create_mesh>done_Callback (line 532)<br>  In gui_mainfcn (line 95)<br>  In gui_create_mesh (line 42)<br>  In matlab.graphics.internal.<wbr>figfile.FigFile/read>@(<wbr>hObject,eventdata)gui_create_<wbr>mesh('done_Callback',hObject,<wbr>eventdata,guidata(hObject)) <br><span style="color:rgb(0,0,0)">/bin/bash: /home/karthik/Research/Matlab/<wbr>lib/nirfast/NIRFAST-9.0/<wbr>toolbox/meshing/bin/<wbr>delaunaygen-linux64.exe: Permission denied</span><br>Error using checkerboard3d (line 186)<br> Delaunay Generator failed again. Check your input setting!<br><br>Error in checkerboard3d_mm (line 167)<br>[mesh.elements, mesh.nodes] = checkerboard3d(telem(:,1:3),<wbr>tnode,myargs);<br><br>Error in make_slab (line 89)<br>    mesh = checkerboard3d_mm(fullfile(<wbr>outputdir,'test_node_ele.ele')<wbr>,...<br><br><br>Error in create_mesh (line 25)<br>    eval(['mesh = make_' lower(shape) '(sizevar);']);<br><br>Error in gui_create_mesh>done_Callback (line 532)<br>    mesh = evalin('base',content{end});<br><br>Error in gui_mainfcn (line 95)<br>        feval(varargin{:});<br><br>Error in gui_create_mesh (line 42)<br>    gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});<br><br>Error in<br>matlab.graphics.internal.<wbr>figfile.FigFile/read>@(<wbr>hObject,eventdata)gui_create_<wbr>mesh('done_Callback',hObject,<wbr>eventdata,guidata(hObject)) <br>Error while evaluating UIControl Callback.<br><br></span></div>==============================<wbr>====================<br><br><span style="color:rgb(0,0,255)">In shell:<br></span></div><div><span style="color:rgb(0,0,255)">$ chmod +x /home/karthik/Research/Matlab/<wbr>lib/nirfast/NIRFAST-9.0/<wbr>toolbox/meshing/bin/<wbr>delaunaygen-linux64.exe</span><br></div><div><div><div><br><div>Selected menu in GUI: Mesh->Create Mesh ->Simple Shapes -> Standard<br></div><div>Selected slab and set L/W/H to 20mm and click Done</div><br><div style="margin-left:40px">Added Shield: 0.0003 s<br>Delaunay Triangulation Time: 0.4179 s<br>Connectivity Time: 0.0214 s<br>Circumcenters Time: 0.0032 s<br><span style="color:rgb(255,0,0)">Warning: Brute continuation necessary <br>> In MyRobustCrust>Marking (line 408)<br>  In MyRobustCrust (line 134)<br>  In make_slab (line 85)<br>  In create_mesh (line 25)<br>  In gui_create_mesh>done_Callback (line 532)<br>  In gui_mainfcn (line 95)<br>  In gui_create_mesh (line 42)<br>  In matlab.graphics.internal.<wbr>figfile.FigFile/read>@(<wbr>hObject,eventdata)gui_create_<wbr>mesh('done_Callback',hObject,<wbr>eventdata,guidata(hObject)) <br>Warning: 1000 th level was reached\n <br>> In MyRobustCrust>Marking (line 440)<br>  In MyRobustCrust (line 134)<br>  In make_slab (line 85)<br>  In create_mesh (line 25)<br>  In gui_create_mesh>done_Callback (line 532)<br>  In gui_mainfcn (line 95)<br>  In gui_create_mesh (line 42)<br>  In matlab.graphics.internal.<wbr>figfile.FigFile/read>@(<wbr>hObject,eventdata)gui_create_<wbr>mesh('done_Callback',hObject,<wbr>eventdata,guidata(hObject)) </span><br>99.7824 % of Tetraedroms were checked<br>Walking Time: 0.0985 s<br>Manifold extraction Time: 0.2470 s<br>Total Time: 0.7971 s<br>Writing data to file...Done writing mesh to:<br>    Path: /home/karthik/Research/Matlab/<wbr>lib/nirfast<br>    Filename: test_node_ele.node/.ele<br><br><br>--> Beginning mesh generation process, please wait...<br>    Done with sub-volume separation.<br>==============================<wbr>=============<br>    Calculating desired length at boundary nodes.. done.<br>    Calculating prism normals and bounding boxes.. done.<br>    Sealing boundary buffer zone.. done.<br><br>     Tagging interior nodes... done<br>-----> Running BSP tree to filter out nodes.<br><br>-----> done.<br>Writing data to file.Done writing the nodes to:<br>    Path: /tmp<br>    Filename: input4delaunay.a.node<br><br>Writing data to file... Done writing surface to a poly file:<br>    Path: /tmp<br>    Filename: input4delaunay.poly<br><br>---------> Running Delaunay, please wait... done. <---------<br><br><br><br>--> Finished mesh generation.<br><span style="color:rgb(255,0,0)">Undefined function or variable 'myflag'.<br><br>Error in optimize_mesh_gui>optimize_<wbr>mesh_gui_OpeningFcn (line 78)<br>if myflag<br><br>Error in gui_mainfcn (line 220)<br>    feval(gui_State.gui_<wbr>OpeningFcn, gui_hFigure, [], guidata(gui_hFigure), varargin{:});<br><br>Error in optimize_mesh_gui (line 40)<br>    [varargout{1:nargout}] = gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});<br><br>Error in gui_create_mesh>done_Callback<br><br>Error in gui_mainfcn (line 95)<br>        feval(varargin{:});<br><br>Error in gui_create_mesh (line 42)<br>    gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});<br><br>Error in<br>matlab.graphics.internal.<wbr>figfile.FigFile/read>@(<wbr>hObject,eventdata)gui_create_<wbr>mesh('done_Callback',hObject,<wbr>eventdata,guidata(hObject)) <br>Error while evaluating UIControl Callback.<br></span></div><br><div>==============================<wbr>====================<br><span style="color:rgb(0,0,255)"><br>Added line 64 in toolbox/meshing/tools/<wbr>optimize_mesh_gui.m: <br><br>64 myflag='';<br>65 if(nargin > 3)<br></span><br>Selected menu in GUI: Mesh->Create Mesh ->Simple Shapes -> Standard<br></div><div>Selected slab and set L/W/H to 20mm and click Done</div><div><br><div>The mesh is generated and the figure dialog for "Place sources and detectors" comes up. <br><br></div><div>The mesh is viewable, can be rotated and panned using the tools in the figure window. However, clicking on the mesh generates the following error:<br><br></div><div style="margin-left:40px"><span style="color:rgb(255,0,0)">Error using matlab.graphics.axis.Axes/get</span><br><span style="color:rgb(255,0,0)">There is no x_RenderTransform property on the Axes class.</span><br><span style="color:rgb(255,0,0)"></span><br><span style="color:rgb(255,0,0)">Error in select3d>local_Data2PixelTransform (line 361)</span><br><span style="color:rgb(255,0,0)">xform = get(ax,'x_RenderTransform');</span><br><span style="color:rgb(255,0,0)"></span><br><span style="color:rgb(255,0,0)"></span><br><span style="color:rgb(255,0,0)">Error in select3d (line 208)</span><br><span style="color:rgb(255,0,0)">xvert = local_Data2PixelTransform(ax,vert)';</span><br><span style="color:rgb(255,0,0)"></span><br><span style="color:rgb(255,0,0)"></span><br><span style="color:rgb(255,0,0)">Error in gui_place_sources_detectors>figure1_WindowButtonDownFcn (line 386)</span><br><span style="color:rgb(255,0,0)">    p = select3d;</span><br><span style="color:rgb(255,0,0)"></span><br><span style="color:rgb(255,0,0)">Error in gui_mainfcn (line 95)</span><br><span style="color:rgb(255,0,0)">        feval(varargin{:});</span><br><span style="color:rgb(255,0,0)"></span><br><span style="color:rgb(255,0,0)">Error in gui_place_sources_detectors (line 42)</span><br><span style="color:rgb(255,0,0)">    gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});</span><br><span style="color:rgb(255,0,0)"></span><br><span style="color:rgb(255,0,0)">Error in</span><br><span style="color:rgb(255,0,0)">matlab.graphics.internal.figfile.FigFile/read>@(hObject,eventdata)gui_place_sources_detectors('figure1_WindowButtonDownFcn',hObject,eventdata,guidata(hObject)) </span><br><span style="color:rgb(255,0,0)">Error while evaluating Figure WindowButtonDownFcn.</span><br></div><br>==============================<wbr>====================</div><div><div><div><div class="gmail-m_8547369793935782120gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><br></div><div>Was not sure how to proceed from there. Let me know if there is any other information needed to help track/fix this. <br><br><br></div>Thanks,<br><br></div><div><div>--<br>Karthik Vishwanath, PhD<br>James C. & Carole E. Garland Professorship<br><div>Office: 109 Kreger Hall<br></div>Dept. of Physics, Miami University, Oxford OH<br></div><span></span>Tel: (513) 529-2315<br><div>Web: <a href="http://users.miamioh.edu/vishwak/" target="_blank">OSIM Lab</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div></div></div></div></div>