<div dir="ltr">Please keep the discussion on the mailing list for all to contribute to and benefit from.<div><br></div><div>Yes libXDMF depends on libHDF5, for both I tend to use the version in VTK, especially on windows where HDF5 wasn't available until recently.</div><div><br></div><div>It looks like you are doing that, but still the linker isn't finding the things it needs from libHDF5 for some unknown reason.</div><div><br></div><div>I see in your cache that cmake finds some parts of an installed HDF5 but for the most part it seems it should be using VTKs version.</div><div><br></div><div>Two things to try:</div><div>1) a new build in a different directory in case stale information in the build system is not getting cleared somewhere.</div><div>2) If you are using cmake 3.6.0, back off to 3.5.2 to avoid a regression introduced with the improved cmake find_system_hdf5 that unfortunately wasn't detected in the release candidates.</div><div><br></div><div>hope that helps</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">David E DeMarle<br>Kitware, Inc.<br>R&D Engineer<br>21 Corporate Drive<br>Clifton Park, NY 12065-8662<br>Phone: 518-881-4909</div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 21, 2016 at 2:56 AM, Magnus Elden <span dir="ltr"><<a href="mailto:magnus_elden@hotmail.com" target="_blank">magnus_elden@hotmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">HI,<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">I am terribly sorry to bother you again, but after I followed your advice I checked to use XDMF3 and NOT use system xdmf. Please see this link: <a href="http://puu.sh/q93fT/511bf104c8.png" target="_blank">http://puu.sh/q93fT/511bf104c8.png</a><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">I left the HDF5 settings set to default values as well. Please see this link: <a href="http://puu.sh/q93iy/774b9d6563.png" target="_blank">http://puu.sh/q93iy/774b9d6563.png</a><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">It configured and generated the files with no problem, but when building I get linker errors saying that H5open, amongst others,  are unresolved external symbols. Please refer to this link: <a href="http://pastebin.com/JymvyWwx" target="_blank">http://pastebin.com/JymvyWwx</a><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">I looked through the settings of the project XdmfCore and found some libraries that had something to do with HDF5. I tried doing a complete search through the VTK folders to see if I could find a library with a name that might refer to the HDF5 standard that was not included, but I was unable to do so. <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">The libraries that were included are:<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">kernel32.lib<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">user32.lib<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">gdi32.lib<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">winspool.lib<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">shell32.lib<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">ole32.lib<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">oleaut32.lib<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">uuid.lib<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">comdlg32.lib<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">advapi32.lib<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">D:\Libraries\VTK\Build\lib\Release\vtkhdf5_hl-7.1.lib<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">D:\Libraries\VTK\Build\lib\Release\vtkhdf5-7.1.lib<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">D:\Libraries\VTK\Build\lib\Release\vtklibxml2-7.1.lib<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">D:\Libraries\VTK\Build\lib\Release\vtkzlib-7.1.lib<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">The only thing I find suspicious is the lack of a CPP library. When I used the HDF5 library by itself I had to include the HDF5 library and HDF5_CPP.lib in order to get it to work. Is this a similar situation?<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">I am not sure if it might help, but I attached the complete cache so that you have all the information that CMake uses. <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Once again, I am terribly sorry for bothering you again.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Yours,<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Magnus Elden<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> David E DeMarle [mailto:<a href="mailto:dave.demarle@kitware.com" target="_blank">dave.demarle@kitware.com</a>] <br><b>Sent:</b> Wednesday, 20 July, 2016 16:53<br><b>To:</b> Magnus Elden <<a href="mailto:magnus_elden@hotmail.com" target="_blank">magnus_elden@hotmail.com</a>></span></p><div><div class="h5"><br><b>Subject:</b> Re: [vtkusers] How to enable the xdmf module and read xdmf files.<u></u><u></u></div></div><p></p><div><div class="h5"><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">Welcome!<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><br clear="all"><u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal">David E DeMarle<br>Kitware, Inc.<br>R&D Engineer<br>21 Corporate Drive<br>Clifton Park, NY 12065-8662<br>Phone: <a href="tel:518-881-4909" value="+15188814909" target="_blank">518-881-4909</a><u></u><u></u></p></div></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">On Wed, Jul 20, 2016 at 10:30 AM, Magnus Elden <<a href="mailto:magnus_elden@hotmail.com" target="_blank">magnus_elden@hotmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in"><div><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">That solved it. </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">I have no idea why it failed the first time. That was the reason for why I tried compiling the XDMF library by itself and link to it. </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Thank you for your help.</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Yours,</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Magnus Elden</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> David E DeMarle [mailto:<a href="mailto:dave.demarle@kitware.com" target="_blank">dave.demarle@kitware.com</a>] <br><b>Sent:</b> Wednesday, 20 July, 2016 14:35<br><b>To:</b> Magnus Elden <<a href="mailto:magnus_elden@hotmail.com" target="_blank">magnus_elden@hotmail.com</a>><br><b>Cc:</b> <a href="mailto:vtkusers@vtk.org" target="_blank">vtkusers@vtk.org</a><br><b>Subject:</b> Re: [vtkusers] How to enable the xdmf module and read xdmf files.</span><u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal">On Wed, Jul 20, 2016 at 8:06 AM, Magnus Elden <<a href="mailto:magnus_elden@hotmail.com" target="_blank">magnus_elden@hotmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt"><div><div><p class="MsoNormal">HI,<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">I downloaded and built the XDMF source from <a href="http://www.xdmf.org" target="_blank">www.xdmf.org</a> by cloning <code><span style="font-size:9.0pt;color:black">git clone git://<a href="http://xdmf.org/Xdmf.git" target="_blank">xdmf.org/Xdmf.git</a>.</span></code><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">I then went to CMake and enabled Module_vtkxdmf2 and VTK_USE_SYSTEM_XDMF2 and set the directory path. I tried building it and after some hassle I managed to get it done. However, I was unable to include any XDMF reader headers so I guessed that I also needed to enable the Module_vtkIOXdmf2 so I did that. Configured and built again, but not I was not able to build the IO module because XDMFArray was ambiguous and several functions and types were not defined. <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div></div></blockquote><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">I recommend against VTK_USE_SYSTEM_XDMF* since that capability is largely unproven/untested. Instead, let VTK use the version of XDMF in XDMF. As of a month ago the version in VTK is the same as the tip of the master branch of xdmf with extraneous things that VTK doesn't use removed. Prior to that there was much more divergence.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt"><div><div><p class="MsoNormal">I am building this on windows 10 using Visual Studio 2015. I am using Cmake 3.6.0. <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">What is the difference between XDMF, XDMF2 and XDMF3?<u></u><u></u></p></div></div></blockquote><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">Different revisions of the same library/format. See <a href="http://xdmf.org" target="_blank">xdmf.org</a> for details. VTK has two revisions of the same library because of technical differences between them the most important of which is that 3 requires boost headers which VTK does not provide. <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt"><div><div><p class="MsoNormal">How can I read an .xdmf file to volume render it?<u></u><u></u></p></div></div></blockquote><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">You might want to just download a ParaView binary and open the xdmf file. But you can do the same from VTK starting with any volume rendering example and switching the source/reader to vtkXdmf*Reader.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt"><div><div><p class="MsoNormal">What version of VTK do I need?<u></u><u></u></p></div></div></blockquote><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">XDMF was promoted from ParaView to VTK in VTK version 5.10 as I recall. Anything after that should be fine.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt"><div><div><p class="MsoNormal">What version of XDMF do I need?<u></u><u></u></p></div></div></blockquote><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">I recommend xdmf3, which is as of a few months ago the tip of the one true xdmf repo. Xdmf2 is back in the history if you need it.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt"><div><div><p class="MsoNormal">Where can I get these libraries?<u></u><u></u></p></div></div></blockquote><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">See <a href="http://xdmf.org" target="_blank">xdmf.org</a> for instructions on how to get and build any of the versions. But as I said, just use VTK's version for simplicity.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt"><div><div><p class="MsoNormal">Anything else I should know?<u></u><u></u></p></div></div></blockquote><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">For xdmf3 you need to download and untar boost somewhere on your system and tell cmake where it is.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt"><div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">I have been wrestling with this for about a week now and I must be doing something wrong. <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">I was also unable to find any tutorials or guides on how to achieve this. If there are any, please point me in the right direction.<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">Yours,<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">Magnus Elden<u></u><u></u></p></div></div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></blockquote><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">good luck<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt"><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">_______________________________________________<br>Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br><br>Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br><br>Please keep messages on-topic and check the VTK FAQ at: <a href="http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ" target="_blank">http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ</a><br><br>Search the list archives at: <a href="http://markmail.org/search/?q=vtkusers" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=vtkusers</a><br><br>Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br><a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/vtkusers" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/vtkusers</a><u></u><u></u></p></blockquote></div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div></div></div></div></div></div></blockquote></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div></div></div></div></blockquote></div><br></div>