<div dir="ltr">Just to clarify my previous email, all CT and PET DICOM images have<div>RescaleIntercept/RescaleSlope, but for CT, it is not uncommon to have</div><div>RescaleIntercept = 0 and RescaleSlope = 1.  In any case, these fields</div><div>cannot be ignored if you plan to use WindowCenter and WindowWidth.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 21, 2016 at 2:47 PM, David Gobbi <span dir="ltr"><<a href="mailto:david.gobbi@gmail.com" target="_blank">david.gobbi@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Pedro,<div><br></div><div>I recommend using vtkImageMapToColors to apply a greyscale lookup table.</div><div>In python, for example, it would look like this:</div><div><br></div><div>from vtk import *</div><div><br></div><div>greymap = vtkScalarsToColors()</div><div>greymap.SetRange(wl - 0.5*ww, wl + 0.5*ww)</div><div><br></div><div>applymap = vtkImageMapToColors()</div><div>applymap.SetInputConnection(...)</div><div>applymap.SetLookupTable(greymap)</div><div>applymap.SetOutputFormatToRGB() # or use SetOutputFormatToLuminance()</div><div>applymap.Update()</div><div><br></div><div>Be careful, though, because according to the DICOM standard the</div><div>VOI LUT (i.e. window/level) should only be applied after the Modality LUT</div><div>(i.e. the RescaleIntercept/RescaleSlope).  Probably around half of the</div><div>CT images and nearly all PET images have RescaleIntercept/RescaleSlope,</div><div>so if you do not take these into account, you'll get an incorrect result.  You'd</div><div>be safe with MRI, which does not have RescaleIntercept/Slope.</div><div><br></div><div>So, of course, I'd suggest that you use my vtk-dicom package ;-)</div><div><a href="https://github.com/dgobbi/vtk-dicom" target="_blank">https://github.com/dgobbi/vtk-dicom</a><br></div><div>It has a filter called vtkDICOMApplyRescale that will correctly apply the</div><div>rescale information.</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div> - David</div></font></span><span class=""><div><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 21, 2016 at 2:22 PM, Pedro Paulo <span dir="ltr"><<a href="mailto:pedropaulobmjr@hotmail.com" target="_blank">pedropaulobmjr@hotmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;background-color:rgb(255,255,255)">
<p></p>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px">
Hi people, I want to convert a DICOM image to a png, but, before converting, I would like to set the parameters of Window Width and Window Center, to that the png image looks like if the parameters of ww/wl were seen in a viewer, does anyone know how could
 I do this?</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:16px">
Thanks!</div>
</div></div></blockquote></div><br></div></div></span></div>
</blockquote></div><br></div>