<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">3D Slicer uses RAS coordinate system, unlike DICOM which uses LPS. Thus x and y coordinates are inverted. Slicer takes care of this inversion for volume images, but not for polygonal meshes. In other words, you cannot have a mesh which appears correctly in both Slicer and ParaView.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">HTH</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 17, 2015 at 7:17 AM, David Gobbi <span dir="ltr"><<a href="mailto:david.gobbi@gmail.com" target="_blank">david.gobbi@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Jacky,<div><br></div><div>Can you attach the code that you use to read the image, to create the transform, and to apply the transform?</div><div><br></div><div>Also note that, for vtk-dicom, there is a method vtkDICOMReader::SetMemoryRowOrderToFileNative() that will ensure that the layout of pixels in memory is identical to the layout of pixels in the file.  And the class vtkDICOMToRAS allows conversion of the image to the NIfTI coordinate system, though I'm guessing that you want to work in DICOM coordinates.</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div> - David</div></font></span><div><div class="h5"><div> <br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 17, 2015 at 3:44 AM, Jacky Ko <span dir="ltr"><<a href="mailto:jackkykokoko@gmail.com" target="_blank">jackkykokoko@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I am using  vtkDICOMImageReader  to  read  dicom  series.  I  need to  export  the  rendered  surface  in stl format  for  further  analysis.  However,  I  found  that the exported  surface 's  orientation  is  different  from the  dicom  one  (e.g. loading both  dicom  series and  STL surfaces in 3D slicer).  But  the  case  doesn't  happen in Paraview. </div><div><br></div><div>I noticed that  there are two options for  extracting scanning  positions and  orientations by  GetImagePositionPatient() and  GetImageOrientationPatient() under  vtkDICOMImageReader class.</div><div><br></div><div>I also  read  the  code  in  vtk-dicom  as an extension.  However,  some problem occurs  when I am  using the package (I am developing in python).  I need to write  my  own transformation matrix and apply  to the image volume to get a spatial corrected surfaces. The problem is ,  how to get  the correct transformation matrix ?</div><div><br></div><div>Thanks.</div></div>
<br></blockquote></div><br></div></div></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" rel="noreferrer" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the VTK FAQ at: <a href="http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ</a><br>
<br>
Search the list archives at: <a href="http://markmail.org/search/?q=vtkusers" rel="noreferrer" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=vtkusers</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/vtkusers" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/vtkusers</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>