<div dir="ltr">Dear Ben,<div><br></div><div>Thank you for your reply, but I get always the same error message for installing mayavi after setting PYTHONPATH as the sys.path:</div><div><br></div><div><div>  File "tvtk/code_gen.py", line 10, in <module></div><div>    import vtk</div><div>ImportError: No module named vtk</div></div><div><br></div><div>For the error of the terminal, I noticed that if I save .bash _profile with the terminal opened, the 'source ~/.bash_profile' will return the error "<span style="font-size:12.8000001907349px">a listing of the <u>current </u></span><span style="font-size:12.8000001907349px"><u>directory</u> and it is being used as a command", do you have any suggests about this?</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Thank you very much,</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Kim</span></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-08-24 16:52 GMT+02:00 Ben Boeckel <span dir="ltr"><<a href="mailto:ben.boeckel@kitware.com" target="_blank">ben.boeckel@kitware.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">On Mon, Aug 24, 2015 at 09:03:32 +0200, KIM TRAN DONG wrote:<br>
> 'sys.path' gives me this:<br>
...<br>
<span>> '/usr/local/VTKBuild/Wrapping/Python/vtk',<br>
> '/usr/local/VTKBuild/Wrapping/Python', '/usr/local/VTKBuild/bin',<br>
> '/usr/local/vtkpython/bin/vtk', '/usr/local/VTKBuild/lib',<br>
</span>...<br>
<br>
These look to be the paths you need.<br>
<span><br>
> and for the 'set -x':<br>
> + source /Users/kimtran/.bash_profile<br>
<br>
</span>This file seems to have the wrong commands (based on the '+' context<br>
used).<br>
<span><br>
> ++ set -x<br>
> ++ FSLDIR=/usr/fsl<br>
> ++ . /usr/fsl/etc/fslconf/fsl.sh<br>
> +++ FSLOUTPUTTYPE=NIFTI_GZ<br>
> +++ export FSLOUTPUTTYPE<br>
> +++ FSLMULTIFILEQUIT=TRUE<br>
> +++ export FSLMULTIFILEQUIT<br>
> +++ FSLTCLSH=/usr/fsl/bin/fsltclsh<br>
> +++ FSLWISH=/usr/fsl/bin/fslwish<br>
> +++ export FSLTCLSH FSLWISH<br>
> +++ FSLLOCKDIR=<br>
> +++ FSLMACHINELIST=<br>
> +++ FSLREMOTECALL=<br>
> +++ export FSLLOCKDIR FSLMACHINELIST FSLREMOTECALL<br>
> +++ FSLGECUDAQ=cuda.q<br>
> +++ export FSLGECUDAQ<br>
> +++ '[' -f /usr/local/etc/fslconf/fsl.sh ']'<br>
> +++ '[' -f /etc/fslconf/fsl.sh ']'<br>
> +++ '[' -f /Users/kimtran/.fslconf/fsl.sh ']'<br>
> ++ PATH=/usr/fsl/bin:/usr/local/VTKBuild/bin:/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin/Applications/freesurfer/bin:/Applications/freesurfer/fsfast/bin:/Applications/freesurfer/tktools:/usr/fsl/bin:/Applications/freesurfer/mni/bin:/usr/fsl/bin<br>
> ++ export FSLDIR PATH<br>
> ++ export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfer<br>
> ++ FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfer<br>
> ++ source /Applications/freesurfer/SetUpFreeSurfer.sh<br>
</span>...output from SetUpFreeSurfer.sh...<br>
<span>> ++ Desktop Documents Downloads Library Movies Music OSX-10.8.iso Pictures Public Qt5.2.1 bootdisk.sh build.log license.txt matlab perl5 stat.sh voxel_volume.txt<br>
> -bash: Desktop: command not found<br>
<br>
</span>Here's one problem.<br>
<span><br>
> ++ PERL_MB_OPT='--install_base "/Users/kimtran/perl5"'<br>
> ++ export PERL_MB_OPT<br>
> ++ PERL_MM_OPT=INSTALL_BASE=/Users/kimtran/perl5<br>
> ++ export PERL_MM_OPT<br>
> ++ Desktop Documents Downloads Library Movies Music OSX-10.8.iso Pictures Public Qt5.2.1 bootdisk.sh build.log license.txt matlab perl5 stat.sh voxel_volume.txt<br>
> -bash: Desktop: command not found<br>
<br>
</span>A second.<br>
<span><br>
> ++ export<br>
> PATH=/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin/Applications/freesurfer/bin:/Applications/freesurfer/fsfast/bin:/Applications/freesurfer/tktools:/usr/fsl/bin:/Applications/freesurfer/mni/bin:/usr/fsl/bin<br>
> ++<br>
> PATH=/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin/Applications/freesurfer/bin:/Applications/freesurfer/fsfast/bin:/Applications/freesurfer/tktools:/usr/fsl/bin:/Applications/freesurfer/mni/bin:/usr/fsl/bin<br>
> ++ Desktop Documents Downloads Library Movies Music OSX-10.8.iso Pictures Public Qt5.2.1 bootdisk.sh build.log license.txt matlab perl5 stat.sh voxel_volume.txt<br>
> -bash: Desktop: command not found<br>
<br>
</span>Third.<br>
<span><br>
> ++ export PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin/Applications/freesurfer/bin:/Applications/freesurfer/fsfast/bin:/Applications/freesurfer/tktools:/usr/fsl/bin:/Applications/freesurfer/mni/bin:/usr/fsl/bin<br>
> ++ PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin/Applications/freesurfer/bin:/Applications/freesurfer/fsfast/bin:/Applications/freesurfer/tktools:/usr/fsl/bin:/Applications/freesurfer/mni/bin:/usr/fsl/bin<br>
> ++ Desktop Documents Downloads Library Movies Music OSX-10.8.iso Pictures Public Qt5.2.1 bootdisk.sh build.log license.txt matlab perl5 stat.sh voxel_volume.txt<br>
> -bash: Desktop: command not found<br>
<br>
</span>Fourth.<br>
<span><br>
> ++ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/VTKBuild/lib:/usr/lib/python2.7:/usr/local/VTKBuild/lib:/usr/lib/python2.7:/usr/local/VTKBuild/lib:/usr/lib/python2.7:<br>
> ++ LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/VTKBuild/lib:/usr/lib/python2.7:/usr/local/VTKBuild/lib:/usr/lib/python2.7:/usr/local/VTKBuild/lib:/usr/lib/python2.7:<br>
> ++ export DYLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/VTKBuild/lib:/usr/local/VTKBuild/lib:/usr/local/VTKBuild/lib:<br>
> ++ DYLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/VTKBuild/lib:/usr/local/VTKBuild/lib:/usr/local/VTKBuild/lib:<br>
> ++ export PYTHONPATH=/usr/local/VTKBuild/Wrapping/Python/vtk:/usr/local/VTKBuild/Wrapping/Python:/usr/local/VTKBuild/bin:/usr/local/vtkpython/bin/vtk:/usr/local/VTKBuild/lib:/usr/local/VTKBuild/Wrapping/Python/vtk:/usr/local/VTKBuild/Wrapping/Python:/usr/local/VTKBuild/bin:/usr/local/vtkpython/bin/vtk:/usr/local/VTKBuild/lib:/usr/local/VTKBuild/Wrapping/Python/vtk:/usr/local/VTKBuild/Wrapping/Python:/usr/local/VTKBuild/bin:/usr/local/vtkpython/bin/vtk:/usr/local/VTKBuild/lib:<br>
> ++ PYTHONPATH=/usr/local/VTKBuild/Wrapping/Python/vtk:/usr/local/VTKBuild/Wrapping/Python:/usr/local/VTKBuild/bin:/usr/local/vtkpython/bin/vtk:/usr/local/VTKBuild/lib:/usr/local/VTKBuild/Wrapping/Python/vtk:/usr/local/VTKBuild/Wrapping/Python:/usr/local/VTKBuild/bin:/usr/local/vtkpython/bin/vtk:/usr/local/VTKBuild/lib:/usr/local/VTKBuild/Wrapping/Python/vtk:/usr/local/VTKBuild/Wrapping/Python:/usr/local/VTKBuild/bin:/usr/local/vtkpython/bin/vtk:/usr/local/VTKBuild/lib:<br>
> ++ export PATH=/usr/local/VTKBuild/bin:/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin/Applications/freesurfer/bin:/Applications/freesurfer/fsfast/bin:/Applications/freesurfer/tktools:/usr/fsl/bin:/Applications/freesurfer/mni/bin:/usr/fsl/bin<br>
> ++ PATH=/usr/local/VTKBuild/bin:/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin/Applications/freesurfer/bin:/Applications/freesurfer/fsfast/bin:/Applications/freesurfer/tktools:/usr/fsl/bin:/Applications/freesurfer/mni/bin:/usr/fsl/bin<br>
> ++ Desktop Documents Downloads Library Movies Music OSX-10.8.iso Pictures Public Qt5.2.1 bootdisk.sh build.log license.txt matlab perl5 stat.sh voxel_volume.txt<br>
> -bash: Desktop: command not found<br>
<br>
</span>Fifth.<br>
<span><br>
> ++ update_terminal_cwd<br>
> ++ local 'SEARCH= '<br>
> ++ local REPLACE=%20<br>
> ++ local PWD_URL=file://Kims-Mac-2.local/Users/kimtran<br>
> ++ printf '\e]7;%s\a' file://Kims-Mac-2.local/Users/kimtran<br>
<br>
</span>It appears that some variable may contain a listing of your home<br>
directory and is being used as a command? I'd check what's around the<br>
SetUpFreeSurfer.sh line to see what variables are being used and see if<br>
the logs mention it being set or overridden inside that<br>
SetUpFreeSurfer.sh output section.<br>
<span><font color="#888888"><br>
--Ben<br>
</font></span></blockquote></div><br></div></div>