<div dir="ltr"><div><div>Use a writer to write out the input data set to a different file.</div></div><div>Are the two files the same size?</div><div><br></div>In paraview, how many arrays are there in each file?<div><br><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature">David E DeMarle<br>Kitware, Inc.<br>R&D Engineer<br>21 Corporate Drive<br>Clifton Park, NY 12065-8662<br>Phone: 518-881-4909</div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 10, 2015 at 6:15 PM, Stephen Hamilton <span dir="ltr"><<a href="mailto:stephenshamilton@gmail.com" target="_blank">stephenshamilton@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I'm fairly new to VTK, but I've been stuck for over a day on trying to figure out a fairly simple task.</div><div><br></div><div>I have a numpy array that I'm trying to convert to image data (structured grid), compute the vorticity, and use the cellderivatives to create an array of vorticity magnitude.  I can do this easily in Paraview, but in python the cell derivatives never seem to compute.  </div><div><br></div><div>Here is what I have so far:</div><div><div>vtkdata = numpy_support.numpy_to_vtk(h5file[i][:,:,:,:].ravel(), deep=True, array_type=vtk.VTK_FLOAT)</div><div>vtkdata.SetNumberOfComponents(3)<br></div></div><div><div>image = vtk.vtkImageData()</div><div>image.SetDimensions(xl, yl, zl)   #This is set above and matches the numpy array</div><div>image.GetPointData().AddArray(vtkdata)</div></div><div><br></div><div>At this point, if I write the vti file using vtkXMLImageDataWriter(), I get what I expect in Paraview when I load it.</div><div><br></div><div>Here is where I have problems:</div><div><br></div><div>vorticity = vtk.vtkCellDerivatives()</div><div><div>vorticity.SetVectorModeToComputeVorticity()</div><div>vorticity.SetInputData(image)</div><div>vorticity.Update()</div><div>vwriter = vtk.vtkXMLImageDataWriter()</div><div>vwriter.SetInputData(vorticity.GetOutput())</div><div>vwriter.SetFileName("vorticity.vti")</div></div><div><br></div><div>When I check the vorticity file, it is basically the same as if I never applied the cell derivative filter.  I've tried using the imagestreamer, and basically still get the same results.  I can't seem to find a good vtk6 example on the web that is close enough to what I'm trying.  I also tried the threshold function, and got the same thing, so I think I'm applying the filter incorrectly (not at all in the case).</div><div><br></div><div>Any help would be much appreciated!</div><div><br></div><div>Thanks.</div><div>Stephen</div><div>PhD Student, Johns Hopkins University</div><div><br></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the VTK FAQ at: <a href="http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ" target="_blank">http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ</a><br>
<br>
Search the list archives at: <a href="http://markmail.org/search/?q=vtkusers" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=vtkusers</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/vtkusers" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/vtkusers</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>