<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 16, 2015 at 4:19 PM, Totte Karlsson <span dir="ltr"><<a href="mailto:totte@dunescientific.com" target="_blank">totte@dunescientific.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hello,<br>
I'm working on creating a simple visual model of small molecules. A first simple representation (simpler than a ball and stick representation) that I would like to create is to have a single surface enclosing all the atoms.<br>
This surface would be created such that 1) all atoms are found inside the surface and  2) the surface should resemble the "shape" of the molecule.<br>
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Any pointers on how one can create such a surface, from a set of 3D coordinates (the atoms)?<br>
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A first approximation could be to create a sphere, with a diameter large enough to enclose all atoms. However, if one have a molecule that is more like a tube, a tube would look better.<br>
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Perhaps there are some vtk algorithms one could use to get a custom shape, tailor made for any molecule??<br>
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tk<br></blockquote><div><br>Here are a few native VTK options:<br><br><a href="http://www.vtk.org/Wiki/VTK/Examples/Cxx/PolyData/ConvexHull_ShrinkWrap">http://www.vtk.org/Wiki/VTK/Examples/Cxx/PolyData/ConvexHull_ShrinkWrap</a><br><a href="http://www.vtk.org/Wiki/VTK/Examples/Cxx/PolyData/ConvexHull_vtkHull">http://www.vtk.org/Wiki/VTK/Examples/Cxx/PolyData/ConvexHull_vtkHull</a><br><a href="http://www.vtk.org/Wiki/VTK/Examples/Cxx/Modelling/Delaunay3D">http://www.vtk.org/Wiki/VTK/Examples/Cxx/Modelling/Delaunay3D</a><br><br>Or you could use Poisson Reconstruction:<br><br><a href="http://www.vtkjournal.org/browse/publication/718">http://www.vtkjournal.org/browse/publication/718</a><br><a href="https://github.com/daviddoria/PoissonReconstruction">https://github.com/daviddoria/PoissonReconstruction</a> <br><br></div><div>In both cases, I think your points will end up ON the surface, so you might need to do a little scaling/fudging after the fact if you truly want the points to be "inside".<br><br></div><div>David<br></div></div></div></div>