<div dir="ltr">Hi Andrew,<div><br></div><div>It should export all the points in the volume, as long as they are within the applied thresholds.  What is your evidence that it's only exporting the boundary?</div><div><br></div><div> - David</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 17, 2014 at 9:34 AM, Andrew Crozier <span dir="ltr"><<a href="mailto:andrew.crozier@medunigraz.at" target="_blank">andrew.crozier@medunigraz.at</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi David,<br>
    <br>
    Thanks for the suggestion. I looked at the vtkThreshold filer,
    however it appears to export the boundary of the thresholded volume,
    whereas I require all points inside the volume. Have you any idea of
    how to achieve that?<br>
    <br>
    BW,<br>
    Andrew<div><div class="h5"><br>
    <br>
    <div>On 17/11/14 17:16, David Gobbi wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      <div dir="ltr">Hi Andrew,
        <div><br>
        </div>
        <div>The vtkThreshold filter will extract only the cells with
          the desired</div>
        <div>scalar values, and will output them as an unstructured
          grid.  It</div>
        <div>isn't exactly what you want because it extracts cells,
          rather than</div>
        <div>points, but it might be worth a shot.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div> - David</div>
        <div>
          <div class="gmail_extra"><br>
            <div class="gmail_quote">On Mon, Nov 17, 2014 at 8:28 AM,
              Andrew Crozier <span dir="ltr"><<a href="mailto:andrew.crozier@medunigraz.at" target="_blank">andrew.crozier@medunigraz.at</a>></span>
              wrote:<br>
              <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
                <br>
                I am trying to evaluate the principal components of a
                strucutre in a 3D volume image, to determine its spatial
                alignment for use in an automatic processing pipeline.<br>
                <br>
                The input is a vtkImageData, with multiple integer
                values (say, 0, 1, 2 and 3), and I want to perform PCA
                on the positions of all voxels with value 2, for
                example.<br>
                <br>
                I have looked at vtkPCAAnalysisFilter, and this requires
                an input of vtkPointSet. vtkImageDataToPointSet converts
                a vtkImageData to a vtkStructuredGrid, however I expect
                this to include all points in the original image. At the
                moment I seem to be missing some way of filtering out
                the points other than those of value 2.<br>
                <br>
                Any help provided for this would be greatly appreciated!<br>
                <br>
                Best wishes,<br>
                Andrew Crozier<br>
                <br>
              </blockquote>
            </div>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    </div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div>-- <br>
      <hr>
      <b>Andrew Crozier</b><br>
      <a href="mailto:andrew.crozier@medunigraz.at" target="_blank">andrew.crozier@medunigraz.at</a><br>
      <br>
      Postdoctoral Researcher<br>
      Institute for Biophysics<br>
      Medical University of Graz</div>
  </font></span></div>

</blockquote></div><br></div>