<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>No. They are not DICOM files. They are all .tif files. Is there any solution to follow in this case? I checked the examples page but could not find a very related one. </div><div><br></div>
<div>Burak</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div dir="ltr"><i style="font-family:arial"><font>Kind Regards</font></i><div style="font-family:arial"><i><font>-----------------------------------------------------</font></i></div>
<div style="font-family:arial"><i><font>Burak Uzkent</font></i></div><div style="font-family:arial"><i><font>PhD Student</font></i></div><div style="font-family:arial"><i><font>Graduate Research Assistant</font></i></div>
<div style="font-family:arial"><font><i>Imaging Science </i><i><br></i></font></div><div style="font-family:arial"><i><font>Rochester Institute of Technology</font></i></div><div style="font-family:arial"><i><font>Web: <a href="http://people.rit.edu/bxu2522/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">http://people.rit.edu/bxu2522/</a> </font></i></div>
</div></div>
<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 30, 2014 at 4:27 AM, Wright James (NHS Greater Glasgow & Clyde) <span dir="ltr"><<a href="mailto:jamie.wright@nhs.net" target="_blank">jamie.wright@nhs.net</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div>
<div style="FONT-FAMILY:Tahoma;DIRECTION:ltr;COLOR:#000000;FONT-SIZE:x-small">
<div>Hi Burak, </div>
<div><font face="tahoma"></font> </div>
<div><font face="tahoma">Are the 2d MRI slices a series of dicom files? If so you could read them into VTK using vtkDICOMImageReader, see
<a href="http://www.vtk.org/Wiki/VTK/Examples/Cxx/IO/ReadDICOM" target="_blank">http://www.vtk.org/Wiki/VTK/Examples/Cxx/IO/ReadDICOM</a>, then you could extract the necessary isosurface using vtkContourFilter, e.g.
<a href="https://github.com/Kitware/VTK/blob/master/Examples/Medical/Cxx/Medical2.cxx" target="_blank">
https://github.com/Kitware/VTK/blob/master/Examples/Medical/Cxx/Medical2.cxx</a></font></div>
<div><font face="tahoma"></font> </div>
<div><font face="tahoma">The vtk examples have a series of medical examples that could be useful for what you are trying to achieve</font></div>
<div>
<div><font>
<div><br>
Jamie Wright | Clinical Scientist | Nuclear Medicine | NHSGGC (Southern General and Glasgow Royal Infirmary)<br>
<a href="mailto:jamie.wright@nhs.net" target="_blank">jamie.wright@nhs.net</a></div>
</font></div>
</div>
<div dir="ltr"><font color="#000000" face="Tahoma"></font> </div>
<div style="DIRECTION:ltr">
<hr>
<font color="#000000" face="Tahoma"><b>From:</b> vtkusers [<a href="mailto:vtkusers-bounces@vtk.org" target="_blank">vtkusers-bounces@vtk.org</a>] On Behalf Of BURAK UZKENT (RIT Student) [<a href="mailto:bxu2522@rit.edu" target="_blank">bxu2522@rit.edu</a>]<br>

<b>Sent:</b> 27 June 2014 23:32<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:vtkusers@vtk.org" target="_blank">vtkusers@vtk.org</a><br>
<b>Subject:</b> [vtkusers] 3-D plot using a series of 2-D MRIs<br>
</font><br>
</div><div><div class="h5">
<div></div>
<div>
<div dir="ltr">
<div>Hello everyone,</div>
<div><br>
</div>
<div>I have a series of short-axis MRI images of human heart. I want to stack all the 2-D images in a 3-D matrix and display it in C++ in 3-D. Basically, what I am looking for is a function like isosurface and patch in Matlab.  I will deeply appreciate any
 help. </div>
<br clear="all">
<div>
<div dir="ltr"><i style="FONT-FAMILY:arial"><font size="+0">Kind Regards</font></i>
<div style="FONT-FAMILY:arial"><i><font size="+0">-----------------------------------------------------</font></i></div>
<div style="FONT-FAMILY:arial"><i><font size="+0">Burak Uzkent</font></i></div>
<div style="FONT-FAMILY:arial"><i><font size="+0">PhD Student</font></i></div>
<div style="FONT-FAMILY:arial"><i><font size="+0">Graduate Research Assistant</font></i></div>
<div style="FONT-FAMILY:arial"><font size="+0"><i>Imaging Science </i><i><br>
</i></font></div>
<div style="FONT-FAMILY:arial"><i><font size="+0">Rochester Institute of Technology</font></i></div>
<div style="FONT-FAMILY:arial"><i><font size="+0">Web: <a style="COLOR:rgb(17,85,204)" href="http://people.rit.edu/bxu2522/" target="_blank">http://people.rit.edu/bxu2522/</a> </font></i></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>
<br>
<font face="Courier New" color="Black">********************************************************************************************************************<br>
<br>
This message may contain confidential information. If you are not the intended recipient please inform the<br>
sender that you have received the message in error before deleting it.<br>
Please do not disclose, copy or distribute information in this e-mail or take any action in reliance on its contents:<br>
to do so is strictly prohibited and may be unlawful.<br>
<br>
Thank you for your co-operation.<br>
<br>
NHSmail is the secure email and directory service available for all NHS staff in England and Scotland<br>
NHSmail is approved for exchanging patient data and other sensitive information with NHSmail and GSi recipients<br>
NHSmail provides an email address for your career in the NHS and can be accessed anywhere<br>
<br>
********************************************************************************************************************<br>
</font>
</div>

</blockquote></div><br></div>