<div dir="ltr">You might like to try an <span style="color:rgb(0,0,0);font-family:sans-serif;font-size:12.7px;line-height:19.05px"> indexed lookup table along with a</span> banded contour filter as in this example:<div><a href="http://www.vtk.org/Wiki/VTK/Examples/Cxx/Visualization/CurvatureBandsWithGlyphs">http://www.vtk.org/Wiki/VTK/Examples/Cxx/Visualization/CurvatureBandsWithGlyphs</a><br></div><div>This example also shows you how to generate a frequency table of the curvatures which would be useful in this case.</div><div>Regards</div><div>    Andrew</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">From: akashlad <<a href="mailto:akash.milan22@gmail.com">akash.milan22@gmail.com</a>><br>To: <a href="mailto:vtk-developers@vtk.org">vtk-developers@vtk.org</a><br>Cc: <br>Date: Fri, 20 May 2016 06:52:57 -0700 (MST)<br>Subject: [vtk-developers] problem using vtkcurvatures<br>Hi everybody!<br>
i'm new to VTK and i'm trying to segment the brain sulci and gyri. i am<br>
using vtk on 3D slicer.<br>
the code that i wrote so far is :<br>
<br>
node=slicer.util.getNode('grey')<br>
vol=node.GetPolydata()<br>
curve=vtk.vtkCurvatures()<br>
curve.SetCurvatureTypeToMean()<br>
curve.SetInputData(vol)<br>
curve.Update()<br>
curved_vol=curve.GetOutput()<br>
<br>
th=vtk.vtkThreshold()<br>
th.SetInputData(curved_vol)<br>
th.thresholdByupper(0)<br>
th.Update()<br>
<br>
surf=vtk.vtkDataSetSurfaceFilter()<br>
surf.SetInputData(th.GetOutput())<br>
surf.Update()<br>
output_volume=surf.GetOutput()<br>
<br>
after applying the curvature my idea was to use a threshold filter to cut<br>
out the sulci from the model and obtain only the gyri.<br>
the problem is that the curvatures filter does not work very well with my<br>
model and i don't know why. the result that i get is this<br>
<<a href="http://vtk.1045678.n5.nabble.com/file/n5738159/13275218_10208217634112196_787516635_o.png" rel="noreferrer" target="_blank">http://vtk.1045678.n5.nabble.com/file/n5738159/13275218_10208217634112196_787516635_o.png</a>><br>
<br>
the problem is that the filter seems to not recognize well the gyri in<br>
respect to the sulci<br>
here you can find my model:<br>
<a href="https://www.dropbox.com/s/z99x7s7tj5is01a/grey.ply?dl=0" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/z99x7s7tj5is01a/grey.ply?dl=0</a><br>
So, basically, now the idea is to make the filter work on a major number of<br>
triangles of the model mesh, so that it won't recognise the small dips on<br>
the gyri. How could I do that?<br>
Thanks for any help!<br>
<br>
best regards<br>
<br>
Akash Lad<br>
<br> -- <br></blockquote></div><div class="gmail_signature">___________________________________________<br>Andrew J. P. Maclean<br><br>___________________________________________</div>
</div></div>