<div dir="ltr"><span style="font-size:12.8000001907349px">Hi Utkarsh,</span><div><span style="font-size:12.8000001907349px">   Your fixes have worked perfectly. Thankyou for taking the time to look at Kamino for me. I owe you a beer!</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Seriously I would have never found the problems as all the resting on my machines was consistently clean. This is the strength of Kitware in that the testing environment is broad based and people are prepared to give up some time to look into issues and suggest fixes.</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">TestSetGet.py is now ready for review along with the changes to vtkOverlappingAMR, vtkStructuredAMRGridConnectivity, vtkPStructuredGridConnectivity, vtkView.</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Regards</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">    Andrew</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, May 3, 2015 at 1:04 AM, Utkarsh Ayachit <span dir="ltr"><<a href="mailto:utkarsh.ayachit@kitware.com" target="_blank">utkarsh.ayachit@kitware.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Andrew,<br>
<br>
Attached is a patch that fixes issues with<br>
'vtk-kamino-osx-shared-release+mpi+python+tbb' builder.<br>
<br>
Utkarsh<br>
<br>
<br>
On Fri, May 1, 2015 at 4:02 PM, Andrew Maclean<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><<a href="mailto:andrew.amaclean@gmail.com">andrew.amaclean@gmail.com</a>> wrote:<br>
> That would be perfect, thanks.<br>
><br>
> On 01/05/2015 11:17 PM, "Utkarsh Ayachit" <<a href="mailto:utkarsh.ayachit@kitware.com">utkarsh.ayachit@kitware.com</a>><br>
> wrote:<br>
>><br>
>> Andrew,<br>
>><br>
>> I can look at it over the weekend. Would that work?<br>
>><br>
>> Utkarsh<br>
>><br>
>> On Fri, May 1, 2015 at 1:20 AM, Andrew Maclean<br>
>> <<a href="mailto:andrew.amaclean@gmail.com">andrew.amaclean@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> > I am wondering whether tbb may be picking up something. Kamino is the<br>
>> > only<br>
>> > machine with tbb and it is the only one generating this error,<br>
>> > unfortunately<br>
>> > it runs in release mode:<br>
>> ><br>
>> > Process id 46048 Caught SIGSEGV at 0x0 address not mapped to object<br>
>> > Program Stack:<br>
>> > WARNING: The stack trace will not use advanced capabilities because this<br>
>> > is<br>
>> > a release build.<br>
>> > 0x7fff87b7acfa : _sigtramp [(libsystem_c.dylib) ???:-1]<br>
>> > 0x2 : ??? [(???) ???:-1]<br>
>> > 0x10f5e8f68 : _ZL27PyvtkView_SetRepresentationP7_objectS0_<br>
>> > [(libvtkViewsCorePython27D-6.3.1.dylib) ???:-1]<br>
>> ><br>
>> > Has someone got a debug build similar to Kamino using tbb?<br>
>> > If so I would really appreciate it if they could run this code on it.<br>
>> ><br>
>> > To reiterate it is the following merge request:<br>
>> > <a href="https://gitlab.kitware.com/vtk/vtk/merge_requests/151" target="_blank">https://gitlab.kitware.com/vtk/vtk/merge_requests/151</a><br>
>> ><br>
>> > Thanks<br>
>> >    Andrew<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > On Thu, Apr 30, 2015 at 10:09 AM, Andrew Maclean<br>
>> > <<a href="mailto:andrew.amaclean@gmail.com">andrew.amaclean@gmail.com</a>><br>
>> > wrote:<br>
>> >><br>
>> >> Hi David,<br>
>> >>    Thanks for this.<br>
>> >> I have just added vtkScatterPlotMatrix along with vtkChartMatrix back,<br>
>> >> oddly enough my windows machine never picked it up but one of the linux<br>
>> >> buildbots did once. Then I took it out and everything seemed ok, it's<br>
>> >> back<br>
>> >> in now.<br>
>> >><br>
>> >> I totally agree with you over the usefulness of Debug Visual Studio! It<br>
>> >> is<br>
>> >> my main bug catcher. I use a little utility called Path Editor to<br>
>> >> reorder<br>
>> >> the release and debug lib and bin paths in the environment variables<br>
>> >> (PYTHONPATH and PATH).<br>
>> >><br>
>> >> Regards<br>
>> >>     Andrew<br>
>> >><br>
>> >> On Wed, Apr 29, 2015 at 10:57 PM, David Cole <<a href="mailto:DLRdave@aol.com">DLRdave@aol.com</a>> wrote:<br>
>> >>><br>
>> >>> The call stack for the out of range subscript assertion is:<br>
>> >>><br>
>> >>>   msvcp120d.dll!00007fff4d2765d6() Unknown<br>
>> >>><br>
>> >>><br>
>> >>> vtkChartsCore-6.3.dll!std::vector<vtkSmartPointer<vtkChart>,std::allocator<vtkSmartPointer<vtkChart><br>
>> >>> > >::operator[](unsigned __int64 _Pos) Line 1202 C++<br>
>> >>>   vtkChartsCore-6.3.dll!vtkChartMatrix::GetChart(const vtkVector2i &<br>
>> >>> position) Line 223 C++<br>
>> >>>   vtkChartsCore-6.3.dll!vtkScatterPlotMatrix::SetActivePlot(const<br>
>> >>> vtkVector2i & pos) Line 402 C++<br>
>> >>> ><br>
>> >>> ><br>
>> >>> > vtkChartsCorePython27D-6.3.dll!PyvtkScatterPlotMatrix_SetActivePlot(_object<br>
>> >>> > * self, _object * args) Line 213 C++<br>
>> >>>   python27.dll!000000001e0c2199() Unknown<br>
>> >>><br>
>> >>> Looks like vtkScatterPlotMatrix_SetActivePlot can't be called from<br>
>> >>> this test because other stuff that it depends on for proper operation<br>
>> >>> is not usable as-initialized. This indicates to me that it may only be<br>
>> >>> luck when it succeeds on non-VS-Debug builds, since the uninitialized<br>
>> >>> variables, assuming that's what the cause is, will contain random<br>
>> >>> contents when the test runs.<br>
>> >>><br>
>> >>> When I add "vtkScatterPlotMatrix" as a Windows exception, the test<br>
>> >>> passes on this build.<br>
>> >>><br>
>> >>> I always love running Debug Visual Studio builds for catching easy<br>
>> >>> errors like uninitialized variables and out of subscript references...<br>
>> >>><br>
>> >>><br>
>> >>> HTH,<br>
>> >>> D<br>
>> >>><br>
>> >>><br>
>> >>> On Wed, Apr 29, 2015 at 8:38 AM, David Cole <<a href="mailto:DLRdave@aol.com">DLRdave@aol.com</a>> wrote:<br>
>> >>> > I ran a build on my machine, named trivet, a Debug 64-bit build from<br>
>> >>> > VS 2013, and the test fails with a single assertion failure and<br>
>> >>> > 10-20<br>
>> >>> > mem leaks:<br>
>> >>> ><br>
>> >>> > <a href="https://open.cdash.org/testDetails.php?test=331705794&build=3791568" target="_blank">https://open.cdash.org/testDetails.php?test=331705794&build=3791568</a><br>
>> >>> ><br>
>> >>> > Perhaps the "C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio<br>
>> >>> > 12.0\VC\INCLUDE\vector(1201) : Assertion failed: vector subscript<br>
>> >>> > out<br>
>> >>> > of range" report indicates the *real* cause of the problem on the<br>
>> >>> > Mac<br>
>> >>> > Release build. I'm not sure which class/method that comes from, but<br>
>> >>> > I'm about to run it and try to find out.<br>
>> >>> ><br>
>> >>> ><br>
>> >>> > David C.<br>
>> >>> ><br>
>> >>> ><br>
>> >>> ><br>
>> >>> > On Wed, Apr 29, 2015 at 2:23 AM, Andrew Maclean<br>
>> >>> > <<a href="mailto:andrew.amaclean@gmail.com">andrew.amaclean@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> >>> >> He Sean,<br>
>> >>> >><br>
>> >>> >> I should clarify this a bit more.<br>
>> >>> >> vtkDataEncoder invokes a thread pool which doesn't clean up after<br>
>> >>> >> use,<br>
>> >>> >> hence<br>
>> >>> >> the crashes after program execution, adding vtkDataEncoder to the<br>
>> >>> >> list<br>
>> >>> >> of<br>
>> >>> >> excluded classes "almost" fixed this.<br>
>> >>> >> However Windows was still crashing when the program was run again,<br>
>> >>> >> so,<br>
>> >>> >> adding vtkWebApplication (which is the only class that calls<br>
>> >>> >> vtkDataEncoder), to the list of excluded classes, fixed this issue.<br>
>> >>> >><br>
>> >>> >> Notwithstanding this, it is puzzling, as I said in the previous<br>
>> >>> >> e-mail<br>
>> >>> >> as to<br>
>> >>> >> why on Kamino we get a SIGSEGV at 0x0 address not mapped to object<br>
>> >>> >> since<br>
>> >>> >> vtkView is specifically excluded.<br>
>> >>> >><br>
>> >>> >> Regards<br>
>> >>> >>    Andrew<br>
>> >>> >><br>
>> >>> >><br>
>> >>> >><br>
>> >>> >> On Wed, Apr 29, 2015 at 1:32 PM, Andrew Maclean<br>
>> >>> >> <<a href="mailto:andrew.amaclean@gmail.com">andrew.amaclean@gmail.com</a>><br>
>> >>> >> wrote:<br>
>> >>> >>><br>
>> >>> >>> Hi Sean,<br>
>> >>> >>><br>
>> >>> >>> Yes, vtkDataEncoder and vtkWebApplication (which uses it) are<br>
>> >>> >>> excluded<br>
>> >>> >>> form TestSetGet.py and TestEmptyInput.py. This fixed the crashes<br>
>> >>> >>> and<br>
>> >>> >>> also<br>
>> >>> >>> the crash in windows when the program was run again. I think<br>
>> >>> >>> Windows<br>
>> >>> >>> was  a<br>
>> >>> >>> bit slow recovering memory. after program execution.<br>
>> >>> >>><br>
>> >>> >>> What is puzzling is that TestGetSet excludes vtkView so<br>
>> >>> >>> vtkView.SetRepresentation() is never tested, this only fails on<br>
>> >>> >>> Kamino<br>
>> >>> >>> (release). It passes on trey (osX release) and also on megas.<br>
>> >>> >>><br>
>> >>> >>> Regards<br>
>> >>> >>>    Andrew<br>
>> >>> >>><br>
>> >>> >>><br>
>> >>> >>> On Wed, Apr 29, 2015 at 12:58 PM, Sean McBride<br>
>> >>> >>> <<a href="mailto:sean@rogue-research.com">sean@rogue-research.com</a>><br>
>> >>> >>> wrote:<br>
>> >>> >>>><br>
>> >>> >>>> Did you fix the use-after-free we discussed on this list a few<br>
>> >>> >>>> weeks<br>
>> >>> >>>> ago?<br>
>> >>> >>>><br>
>> >>> >>>> Sean<br>
>> >>> >>>><br>
>> >>> >>>><br>
>> >>> >>>><br>
>> >>> >>>> On Wed, 29 Apr 2015 12:07:35 +1000, Andrew Maclean said:<br>
>> >>> >>>><br>
>> >>> >>>> >David,<br>
>> >>> >>>> >   Thanks for your insights.<br>
>> >>> >>>> >Just finished testing this code on my Macbook Pro OS X Yosemite,<br>
>> >>> >>>> > Python<br>
>> >>> >>>> >2.7.6 after building VTK in both Debug and Release mode.<br>
>> >>> >>>> > Everything<br>
>> >>> >>>> > runs<br>
>> >>> >>>> > Ok<br>
>> >>> >>>> >so I don't think it is a typedef or macro related to a release<br>
>> >>> >>>> > build on<br>
>> >>> >>>> > OS<br>
>> >>> >>>> >X.<br>
>> >>> >>>> ><br>
>> >>> >>>> >Has anyone else got any suggestions?<br>
>> >>> >>>> ><br>
>> >>> >>>> ><br>
>> >>> >>>> >Regards<br>
>> >>> >>>> >   Andrew<br>
>> >>> >>>> ><br>
>> >>> >>>> >On Wed, Apr 29, 2015 at 2:23 AM, David Gobbi<br>
>> >>> >>>> > <<a href="mailto:david.gobbi@gmail.com">david.gobbi@gmail.com</a>><br>
>> >>> >>>> > wrote:<br>
>> >>> >>>> ><br>
>> >>> >>>> >> Hi Andrew,<br>
>> >>> >>>> >><br>
>> >>> >>>> >> The stack trace provides strong evidence that TestSetGet.py is<br>
>> >>> >>>> >> not<br>
>> >>> >>>> >> excluding vtkView on those dashboards, as ludicrous as that<br>
>> >>> >>>> >> sounds.<br>
>> >>> >>>> >><br>
>> >>> >>>> >>     c++filt -n _ZL27PyvtkView_SetRepresentationP7_objectS0_<br>
>> >>> >>>> >>     PyvtkView_SetRepresentation(_object*, _object*)<br>
>> >>> >>>> >><br>
>> >>> >>>> >> This method is only defined in vtkViewPython.cxx, and only<br>
>> >>> >>>> >> dir(vtk.vtkView) will return this method.  Calling dir() on<br>
>> >>> >>>> >> the<br>
>> >>> >>>> >> vtkView<br>
>> >>> >>>> >> subclasses will not return this method.  Hence, the only<br>
>> >>> >>>> >> reason<br>
>> >>> >>>> >> that<br>
>> >>> >>>> >> TestSetGet.py would be calling this method is if it was<br>
>> >>> >>>> >> testing<br>
>> >>> >>>> >> vtkView.<br>
>> >>> >>>> >><br>
>> >>> >>>> >> Perhaps someone added either a typedef or a macro that causes<br>
>> >>> >>>> >> an<br>
>> >>> >>>> >> additional reference to vtkView to appear in the vtk module<br>
>> >>> >>>> >> under<br>
>> >>> >>>> >> a<br>
>> >>> >>>> >> different name.<br>
>> >>> >>>> >><br>
>> >>> >>>> >>  - David<br>
>> >>> >>>> >><br>
>> >>> >>>> >> On Tue, Apr 28, 2015 at 1:42 AM, Andrew Maclean<br>
>> >>> >>>> >> <<a href="mailto:andrew.amaclean@gmail.com">andrew.amaclean@gmail.com</a><br>
>> >>> >>>> >> > wrote:<br>
>> >>> >>>> >><br>
>> >>> >>>> >>> Hi All,<br>
>> >>> >>>> >>>    I need some help here.<br>
>> >>> >>>> >>><br>
>> >>> >>>> >>> I have converted TestSetGet.tcl to Python but I get a crash<br>
>> >>> >>>> >>> on<br>
>> >>> >>>> >>> the<br>
>> >>> >>>> >>> dashboard for kamino building osx in release mode, here:<br>
>> >>> >>>> >>> <a href="https://open.cdash.org/buildSummary.php?buildid=3789971" target="_blank">https://open.cdash.org/buildSummary.php?buildid=3789971</a><br>
>> >>> >>>> >>> and here:<br>
>> >>> >>>> >>> <a href="https://open.cdash.org/buildSummary.php?buildid=3789950" target="_blank">https://open.cdash.org/buildSummary.php?buildid=3789950</a><br>
>> >>> >>>> >>><br>
>> >>> >>>> >>> In an earlier attempt, linux release on megas was also<br>
>> >>> >>>> >>> crashing<br>
>> >>> >>>> >>> in<br>
>> >>> >>>> >>> release mode:<br>
>> >>> >>>> >>><br>
>> >>> >>>> >>><br>
>> >>> >>>> >>> <a href="https://open.cdash.org/testDetails.php?test=331289192&build=3789418" target="_blank">https://open.cdash.org/testDetails.php?test=331289192&build=3789418</a><br>
>> >>> >>>> >>> Based on this I excluded vtkScatterPlotMatrix which fixed it<br>
>> >>> >>>> >>> on<br>
>> >>> >>>> >>> megas<br>
>> >>> >>>> >>> but<br>
>> >>> >>>> >>> not on Kamino.<br>
>> >>> >>>> >>> So I excluded vtkChartMatrix and I still have the same errors<br>
>> >>> >>>> >>> on<br>
>> >>> >>>> >>> Kamino.<br>
>> >>> >>>> >>> But there are no clues as to where the crash is happening.<br>
>> >>> >>>> >>> However in<br>
>> >>> >>>> >>> looking at:<br>
>> >>> >>>> >>><br>
>> >>> >>>> >>><br>
>> >>> >>>> >>> <a href="https://open.cdash.org/testDetails.php?test=331378847&build=3789950" target="_blank">https://open.cdash.org/testDetails.php?test=331378847&build=3789950</a><br>
>> >>> >>>> >>> I think it is in vtkView - which is already excluded.<br>
>> >>> >>>> >>> This could be the problem:<br>
>> >>> >>>> >>> void SetRepresentation (vtkDataRepresentation *rep)<br>
>> >>> >>>> >>> vtkDataRepresentation * GetRepresentation (int index=0)<br>
>> >>> >>>> >>><br>
>> >>> >>>> >>> Can anyone help?<br>
>> >>> >>>> >>><br>
>> >>> >>>> >>> I guess I can try excluding all the *View classes as<br>
>> >>> >>>> >>> documented<br>
>> >>> >>>> >>> in:<br>
>> >>> >>>> >>> <a href="http://www.vtk.org/doc/nightly/html/classvtkView.html" target="_blank">http://www.vtk.org/doc/nightly/html/classvtkView.html</a><br>
>> >>> >>>> >>> Is there a less brute-force approach?<br>
>> >>> >>>> >>><br>
>> >>> >>>> >>><br>
>> >>> >>>> >>> The code is here:<br>
>> >>> >>>> >>> <a href="https://gitlab.kitware.com/vtk/vtk/merge_requests/151" target="_blank">https://gitlab.kitware.com/vtk/vtk/merge_requests/151</a><br>
>> >>> >>>> >>><br>
>> >>> >>>> >>> Thanks in advance for any help/guidance.<br>
>> >>> >>>><br>
>> >>> >>>><br>
>> >>> >>><br>
>> >>> >>><br>
>> >>> >>><br>
>> >>> >>> --<br>
>> >>> >>> ___________________________________________<br>
>> >>> >>> Andrew J. P. Maclean<br>
>> >>> >>><br>
>> >>> >>> ___________________________________________<br>
>> >>> >><br>
>> >>> >><br>
>> >>> >><br>
>> >>> >><br>
>> >>> >> --<br>
>> >>> >> ___________________________________________<br>
>> >>> >> Andrew J. P. Maclean<br>
>> >>> >><br>
>> >>> >> ___________________________________________<br>
>> >>> >><br>
>> >>> >> _______________________________________________<br>
>> >>> >> Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
>> >>> >><br>
>> >>> >> Visit other Kitware open-source projects at<br>
>> >>> >> <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
>> >>> >><br>
>> >>> >> Search the list archives at:<br>
>> >>> >> <a href="http://markmail.org/search/?q=vtk-developers" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=vtk-developers</a><br>
>> >>> >><br>
>> >>> >> Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
>> >>> >> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/vtk-developers" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/vtk-developers</a><br>
>> >>> >><br>
>> >>> >><br>
>> >><br>
>> >><br>
>> >><br>
>> >><br>
>> >> --<br>
>> >> ___________________________________________<br>
>> >> Andrew J. P. Maclean<br>
>> >><br>
>> >> ___________________________________________<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > --<br>
>> > ___________________________________________<br>
>> > Andrew J. P. Maclean<br>
>> ><br>
>> > ___________________________________________<br>
>> ><br>
>> > _______________________________________________<br>
>> > Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
>> ><br>
>> > Visit other Kitware open-source projects at<br>
>> > <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
>> ><br>
>> > Search the list archives at:<br>
>> > <a href="http://markmail.org/search/?q=vtk-developers" target="_blank">http://markmail.org/search/?q=vtk-developers</a><br>
>> ><br>
>> > Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
>> > <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/vtk-developers" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/vtk-developers</a><br>
>> ><br>
>> ><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">___________________________________________<br>Andrew J. P. Maclean<br><br>___________________________________________</div>
</div>