Joachim,<div><br></div><div>I agree with your analysis. That caffeine file is not a valid PDB file. I think your patch is a good one. I tried in on several valid PDB files and it worked great.</div><div><br></div><div>Thanks,</div>
<div><br></div><div>Bill<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 16, 2012 at 3:58 AM, Joachim Pouderoux <span dir="ltr"><<a href="mailto:joachim.pouderoux@kitware.com" target="_blank">joachim.pouderoux@kitware.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Bill,<br><br>I am not an expert of this domain at all but here is what I understood of the situation.<br>I also suspect the caffeine file not being a valid PDB file. According the<a href="http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html#ATOM" target="_blank"> latest 2011 file format specification</a> but also the <a href="http://www.wwpdb.org/documentation/format23/sect9.html" target="_blank">1998 one,</a> the <i>element </i>symbol of an atom should be specified at columns 77-78, while the caffeine file does not provide it. The previous PDB reader used to take the 2 first chars of the <i>name</i> field (columns 13-16) to get the atom symbol (through the method <span style="font-family:courier new,monospace">vtkMoleculeReaderBase::MakeAtomType()</span>) while this field use a very specific nomenclature - <i>"described in the Chemical Component Dictionary"</i> and this caused a misinterpretation of most PDB files I fetched on the PDB database.<br>

So to get the atom symbol with "official" PDB files and with this old and may be singular caffeine.pdb file, the latest patch I committed try to use the <i>element </i>field first and use <i>name</i> only of the element field is empty.<br>

<br>Regards,<br>Joachim<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br><div class="gmail_quote"><br>2012/10/14 Bill Lorensen <span dir="ltr"><<a href="mailto:bill.lorensen@gmail.com" target="_blank">bill.lorensen@gmail.com</a>></span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Ooops. I wrote this e-mail before I saw that you had updated the gerrit topic: <a href="http://review.source.kitware.com/#/t/1451/" target="_blank">http://review.source.kitware.com/#/t/1451/</a><div><br></div><div>I just tried your patch and caffeine.tcl produces the correct image.</div>


<div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Bill<div><div><br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Oct 14, 2012 at 8:40 AM, Bill Lorensen <span dir="ltr"><<a href="mailto:bill.lorensen@gmail.com" target="_blank">bill.lorensen@gmail.com</a>></span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Joachim,
<div><br></div><div>I noticed that you have a gerrit topic for the caffeine.tcl regression.</div><div><br></div><div>It seems that the file VTKData/Data/caffeine.pdb is not a valid pdb file. The file has been there since 2003, but I suspect it did not come from the official PDB. It may have come from here: <a href="http://elchem.kaist.ac.kr/jhkwak/okanaganpdb97/molecule/molecule.html" target="_blank">http://elchem.kaist.ac.kr/jhkwak/okanaganpdb97/molecule/molecule.html</a></div>



<div>The author says "I use a commercial programme to obtain x,y,z coordinates and use these in a format usable by RasMol."</div><div><br></div><div>1) I suggest we add the missing element symbols to caffeine.pdb.</div>



<div>2) Since the new PDB code ignores hydrogen (I assume they is some chemistry reason for this), I suggest we add a new baseline that shows caffeine without hydrogen.</div><div><br></div><div>With these 2 changes, there is no need to modify the current PDB reader.</div>


<span><font color="#888888">
<div><br></div><div>Bill</div><div><br></div>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div></div></div><span><font color="#888888">-- <br>Unpaid intern in BillsBasement at noware dot com<br><br>
</font></span></div>
</blockquote></div><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Unpaid intern in BillsBasement at noware dot com<br><br>
</div>