Unfortunately, there's no way to read a .tre into Slicer - that's something we've always wanted to do.<div><br></div><div>Stephen has a program to visualize .tre's - perhaps he can copy it for you, or perhaps there's a more generic ITK spatial object viewer.</div>
<div><br></div><div>-Danielle</div><div><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 24, 2012 at 2:11 PM, Matt McCormick <span dir="ltr"><<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com" target="_blank">matt.mccormick@kitware.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">On Tue, Jul 24, 2012 at 5:44 PM, Stephen Aylward<br>
<<a href="mailto:stephen.aylward@kitware.com">stephen.aylward@kitware.com</a>> wrote:<br>
> Michael extended his vacation by one day.   He should be back in the<br>
> office tomorrow.<br>
<br>
</div>OK, great.<br>
<div class="im"><br>
><br>
> Thanks for looking at this.   My understanding is that the 2 classes<br>
> are the correct ones; however, I really hate the "2" suffix.   If the<br>
> old ones were broken, they should be replaced - instead of using a<br>
> numbering system.<br>
><br>
> Perhaps beging by looking for the differences in the code and see if<br>
> the "" versions can be replaced by the "2" version (nearly the same<br>
> APIs, etc).<br>
<br>
</div>As far as I can tell, the Registration classes are nearly the same<br>
apart from some cleanup.  The Metric class underwent refactoring.  The<br>
best hint as to what is going on appears to be:<br>
<br>
 * The improvment implemented here is about<br>
 * the precomputation of the internal kernels proposed by Lange et al.:<br>
 * \link <a href="http://www.zib.de/lamecker/publications/cars2007.pdf" target="_blank">http://www.zib.de/lamecker/publications/cars2007.pdf</a><br>
<br>
Comparing the output of the tests, the registered tube resampled onto<br>
an image, the "2" result does not resemble the input image (as far as<br>
I can tell).<br>
<br>
Is there a way to visualize the tube spatial object directly?  It is a<br>
MetaIO ".tre" file containing a Scene, Group, and Tube ObjectType.  I<br>
assume Slicer should recognize it as a "Model", but it seems to think<br>
it is a "Volume".<br>
<br>
Thanks,<br>
Matt<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
><br>
> s<br>
><br>
> On Tue, Jul 24, 2012 at 1:04 PM, Matt McCormick<br>
> <<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com">matt.mccormick@kitware.com</a>> wrote:<br>
>> The test output of the "2" classes does not appear to be correct?<br>
>><br>
>> On Tue, Jul 24, 2012 at 4:18 PM, Matt McCormick<br>
>> <<a href="mailto:matt.mccormick@kitware.com">matt.mccormick@kitware.com</a>> wrote:<br>
>>> Hi Michael,<br>
>>><br>
>>> I am looking at the TubeTK itkImageToTubeRigidRegistration,<br>
>>> itkImageToTubeRigidRegistration2, itkImageToTubeRigidMetric,<br>
>>> itkImageToTubeRigidMetric2, and I am wondering if we replace the<br>
>>> original classes with the "2" version, and concentrate on development<br>
>>> there?<br>
>>><br>
>>> Thanks,<br>
>>> Matt<br>
>> _______________________________________________<br>
>> Tubetk-developers mailing list<br>
>> <a href="mailto:Tubetk-developers@tubetk.org">Tubetk-developers@tubetk.org</a><br>
>> <a href="http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/tubetk-developers" target="_blank">http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/tubetk-developers</a><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
><br>
> ==============================<br>
> Stephen R. Aylward, Ph.D.<br>
> Senior Director of Operations - North Carolina<br>
> Kitware, Inc. - North Carolina Office<br>
> <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">http://www.kitware.com</a><br>
> stephen.aylward (Skype)<br>
> <a href="tel:%28919%29%20969-6990%20x300" value="+19199696990">(919) 969-6990 x300</a><br>
_______________________________________________<br>
Tubetk-developers mailing list<br>
<a href="mailto:Tubetk-developers@tubetk.org">Tubetk-developers@tubetk.org</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/tubetk-developers" target="_blank">http://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/tubetk-developers</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Danielle Pace, M.ESc.<br>Research and Development Engineer<br>Kitware Inc.,<br>North Carolina Office<div><br></div><div><a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a></div>
<div>919-969-6990 X 319</div><br>
</div>