<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div>Good! Please stay on the mailing list. This code should work:<br></div><div><span style="font-family:monospace">reader = rtk.ThreeDCircularProjectionGeometryXMLFileReader.New()</span></div><span style="font-family:monospace">reader.SetFilename('g')<br>reader.GenerateOutputInformation()<br></span><div><span style="font-family:monospace">geometry = reader.GetOutputObject()</span></div><div>Simon<br></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jul 18, 2022 at 5:48 PM Rupesh Gupta <<a href="mailto:grupesh@umich.edu">grupesh@umich.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Simon,<div>Thanks, this works. Could you please also describe how to read geometry from the xml file into a geometry variable?</div><div>Thanks a lot.</div><div><br></div><div><br></div><div>Best,</div><div>Rupesh</div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Jul 18, 2022 at 2:08 AM Simon Rit <<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div>To read in the projections, you should create an array with the filenames (name <span style="font-family:monospace">filenames</span> below) and then</div><div><span style="font-family:monospace">ImageType = itk.Image[itk.F, 3] </span></div><div><span style="font-family:monospace">proj = rtk.ProjectionsReader[ImageType].New()<br>proj.SetFileNames(filenames)</span></div><div><span style="font-family:monospace">proj.Update()</span></div><div><span style="font-family:monospace">nparray = itk.GetArrayFromImage(proj.GetOutput())</span></div><div>This should work.</div><div>Simon<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jul 14, 2022 at 9:34 PM Rupesh Gupta <<a href="mailto:grupesh@umich.edu" target="_blank">grupesh@umich.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi all,<div>I want to be able to read the CBCT projection frames in .his format available on this page - <a href="https://wiki.openrtk.org/index.php/RTK/Examples/MCCBCTReconstruction#Projection_images" target="_blank">https://wiki.openrtk.org/index.php/RTK/Examples/MCCBCTReconstruction#Projection_images</a><br clear="all"><div><br></div><div>How can I do this using RTK python code that reads the .his images and stores them into a numpy array?</div><div><br></div><div><br></div><div>Best,</div><div>Rupesh</div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Rupesh Gupta<br></div><div>Graduate Student</div><div>Department of Electrical and Computer Engineering,</div><div>University of Michigan-Ann Arbor</div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="https://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
</blockquote></div>
</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Rupesh Gupta<br></div><div>Graduate Student</div><div>Department of Electrical and Computer Engineering,</div><div>University of Michigan-Ann Arbor</div></div></div>
</blockquote></div>