<div dir="auto"><div>Hi,</div><div dir="auto">1) I think I would divide the measured projection by the flood field, no reason to limit it to one scalar. The rest seems correct.</div><div dir="auto">2) yes! But with a spectrum, it's hard to anticipate the ref value due to beam hardening. </div><div dir="auto">3) It's "normal" to have negative values due to scatter,  not beam hardening. But one should try to correct for scatter.</div><div dir="auto">Simon<br><div dir="auto"><br></div><br><br><div class="gmail_quote" dir="auto"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jun 28, 2022, 05:50 Howard <<a href="mailto:lomahu@gmail.com">lomahu@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear RTK Users,</div><div><br></div><div>I am having some questions on the correct way of normalizing/calibrating the projection images. My projections were generated using GATE (geant4 simulation for those who may not know what GATE is) with cone beam X-ray and flat panel detector. Here are the steps I followed.</div><div><br></div><div>1. generate projections (proj) with a full rotation (360 degree, say 1 projection/degree) with the imaging object in the X-ray beam path<br></div><div>2. remove the imaging object to generate an air projection (flood field)</div><div>3. Get the maximum intensity (maxInt_air) of the air projection obtained in step 2</div><div>4. Correct the projections obtained in step 1 with the formula proj_corr = -log(proj / maxInt_air) (I did see before some discussions using the maximum intensity to correct projection images.)<br></div><div>5. Reconstruct the CBCT using rtkfdk with the corrected projections obtained in step 4</div><div><br></div><div>So here are my questions: <br></div><div><br></div><div>1)  Is the above procedure the correct way of reconstructing CBCT?</div><div>2) Are the grayscale values in the reconstructed CBCT correspond to the attenuation coefficients of those materials?</div><div>3) There are some negative grayscale values in the reconstructed CBCT due to artifacts such as the beam hardening. Is this normal?</div><div><br></div><div>Many thanks for any feedback or suggestions.</div><div><br></div><div>Howard<br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div>
_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank" rel="noreferrer">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="https://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
</blockquote></div></div></div>