<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>I had some geometric questions about the CBCT reconstruction, but this time it is the orientation of the reconstructed CBCT.</div><div><br></div><div>I attempted to reconstruct CBCT with rtkfdk using the Gate generated Monte Carlo projection data, but after the reconstruction the axial view becomes a coronal view. Something is wrong in my reconstruction, either with rtksimulatedgeometry or with rtkfdk. Here is the detail about the geometry and the reconstruction commands.</div><div><br></div><div>1) Simulation set up:</div><div><div><br></div><div>a cylindrical phantom (radius=8mm, height=20mm) sitting on a turntable</div><div>X-ray source to isocenter (center of the cylindrical phantom) = 80mm (SAD)</div><div>Flat panel imager (60mm x 60mm) to isocenter = 80mm (SDD=160mm)</div><div><br></div><div>x direction: perpendicular to y direction which is the direction from detector to X-ray source;</div><div>z direction: turntable rotation axis and pointing upward</div><div><br>2) rtksimulatedgeometry was used to generate the geometry xml file following the simulation geometry:<div>rtksimulatedgeometry -n 360 -o geo.xml --sid 80 -sdd 160 --proj_iso_x -30 --proj_iso_y -30</div><div><br></div><div>3) rtkfdk was used to reconstruct the CBCT image:</div><div>rtkfdk -g geo.xml -p . -r proj_360.mha -o test.mha --spacing 0.1,0.1,0.2 --dimension 160,160,100 --origin -8,-8,-10</div><div><br></div><div>The projection data and reconstructed CBCT are attached for your info. Could anyone help spot what was wrong? Any suggestions or comments are appreciated.</div><font color="#888888"><div><br></div><div>Howard</div></font></div></div></div>