<div dir="ltr"><div>Hi,</div><div>I think you should refer to the geometry documentation:</div><div><a href="http://www.openrtk.org/Doxygen/DocGeo3D.html">http://www.openrtk.org/Doxygen/DocGeo3D.html</a></div><div> In RTK, the rotation axis is y (whereas it's z in Dicom). So there is probably nothing wrong...</div><div>Simon<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, May 11, 2022 at 4:03 PM Howard <<a href="mailto:lomahu@gmail.com">lomahu@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi,</div><div><br></div><div>I had some geometric questions about the CBCT reconstruction, but this time it is the orientation of the reconstructed CBCT.</div><div><br></div><div>I attempted to reconstruct CBCT with rtkfdk using the Gate generated Monte Carlo projection data, but after the reconstruction the axial view becomes a coronal view. Something is wrong in my reconstruction, either with rtksimulatedgeometry or with rtkfdk. Here is the detail about the geometry and the reconstruction commands.</div><div><br></div><div>1) Simulation set up:</div><div><div><br></div><div>a cylindrical phantom (radius=8mm, height=20mm) sitting on a turntable</div><div>X-ray source to isocenter (center of the cylindrical phantom) = 80mm (SAD)</div><div>Flat panel imager (60mm x 60mm) to isocenter = 80mm (SDD=160mm)</div><div><br></div><div>x direction: perpendicular to y direction which is the direction from detector to X-ray source;</div><div>z direction: turntable rotation axis and pointing upward</div><div><br>2) rtksimulatedgeometry was used to generate the geometry xml file following the simulation geometry:<div>rtksimulatedgeometry -n 360 -o geo.xml --sid 80 -sdd 160 --proj_iso_x -30 --proj_iso_y -30</div><div><br></div><div>3) rtkfdk was used to reconstruct the CBCT image:</div><div>rtkfdk -g geo.xml -p . -r proj_360.mha -o test.mha --spacing 0.1,0.1,0.2 --dimension 160,160,100 --origin -8,-8,-10</div><div><br></div><div>The projection data and reconstructed CBCT are attached for your info. Could anyone help spot what was wrong? Any suggestions or comments are appreciated.</div><font color="#888888"><div><br></div><div>Howard</div></font></div></div></div>
_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="https://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://public.kitware.com/cgi-bin/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
</blockquote></div>