<div dir="ltr">All distances in the geometry file are in the same unit as the image spacing (i.e., mm in most cases).<br>I forgot to mention the geometry doc before<br><a href="http://www.openrtk.org/Doxygen/geometry.pdf">http://www.openrtk.org/Doxygen/geometry.pdf</a></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 18, 2017 at 4:03 PM, Samuel Gerber <span dir="ltr"><<a href="mailto:samuel.gerber@kitware.com" target="_blank">samuel.gerber@kitware.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div dir="ltr"><br><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">Samuel Gerber</b> <span dir="ltr"><<a href="mailto:samuel.gerber@kitware.com" target="_blank">samuel.gerber@kitware.com</a>></span><br>Date: Fri, Aug 18, 2017 at 10:01 AM<br>Subject: Re: [Rtk-users] Projection Geometry and Image Origins<br>To: Simon Rit <<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.<wbr>fr</a>><br><br><br><div dir="ltr">Thank you Simon.<div><br></div><div>One more clarification question Are the SID and SDD parameters measured in units of the input volume spacing in z?</div><div><br></div></div><div class="m_4599914071913842151HOEnZb"><div class="m_4599914071913842151h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 18, 2017 at 2:53 AM, Simon Rit <span dir="ltr"><<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.f<wbr>r</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Samuel,<br>
Here is how I'd explain it: there are two ITK images, a volume and a<br>
stack of projections. Each image has its own coordinate system,<br>
defined in ITK by the Origin, the Spacing and the Direction. The<br>
geometry links the volume coordinate system to each projection<br>
coordinate system (which is common for all projections) of the stack<br>
using 9 parameters per projection.<br>
In order to center the volume on the projections, you have different<br>
scenarios. Let's take one example:<br>
- the volume is centered around (0,0,0) (e.g.,<br>
origin=(-127,-127,-127), spacing=(2,2,2) and size=(128,128,128)),<br>
- the projection is centered around (0,0) (e.g., same values as for<br>
the volume. Note that the third coordinate is ignored by RTK).<br>
- then the projection is centered on the volume if all offsets are 0.<br>
If the projection had not been centered (e.g., origin=(0,0,0)), then<br>
you can create exactly the same geometry by setting<br>
ProjectionOffsetX=ProjectionOf<wbr>fsetY=127.<br>
I hope this helps,<br>
Simon<br>
<div><div class="m_4599914071913842151m_6023128722750413590h5"><br>
On Thu, Aug 17, 2017 at 3:45 PM, Samuel Gerber<br>
<<a href="mailto:samuel.gerber@kitware.com" target="_blank">samuel.gerber@kitware.com</a>> wrote:<br>
> Hi,<br>
><br>
> I'm curious about the settings for the different origins when setting up a<br>
> ProjectionGeometry, in particular ThreeDCircularProjectionGeomet<wbr>ry.<br>
><br>
> As far as I understand there is three origins:<br>
> - The projection geometry origin at (0, 0, 0)<br>
> - The input image origin<br>
> - The projection image origin<br>
><br>
> In order to center the projection on the input image I assume that I will<br>
> have to use the offset parameters to shift the source and detector so that<br>
> they are centered on the input image in physical coordinates.<br>
> How does the projection image origin come into play?<br>
><br>
> Thanks<br>
> Samuel<br>
><br>
> --<br>
> Samuel Gerber<br>
> R&D Engineer<br>
> Kitware, Inc.<br>
><br>
</div></div>> ______________________________<wbr>_________________<br>
> Rtk-users mailing list<br>
> <a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mail<wbr>man/listinfo/rtk-users</a><br>
><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="m_4599914071913842151m_6023128722750413590gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px;color:rgb(136,136,136)">Samuel Gerber</span><br style="font-size:12.8px;color:rgb(136,136,136)"><span style="font-size:12.8px;color:rgb(136,136,136)">R&D Engineer</span><br style="font-size:12.8px;color:rgb(136,136,136)"><span style="font-size:12.8px;color:rgb(136,136,136)">Kitware, Inc.</span><br></div></div>
</div>
</div></div></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="m_4599914071913842151gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px;color:rgb(136,136,136)">Samuel Gerber</span><br style="font-size:12.8px;color:rgb(136,136,136)"><span style="font-size:12.8px;color:rgb(136,136,136)">R&D Engineer</span><br style="font-size:12.8px;color:rgb(136,136,136)"><span style="font-size:12.8px;color:rgb(136,136,136)">Kitware, Inc.</span><br></div></div>
</div>
</div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>