<div dir="ltr"><div><div><div>Dear Faterme,<br></div>I don't know anyone who has done that before. I did not even know that the same database format was used for MV images. Looking at the file you've sent, the MyFRAME1.DBF has only zeros in the U_CENTRE and V_CENTRE columns which suggests that the system is not calibrated. This is consistent with the problem you describe, which indicates a geometry problem.<br></div>Good luck,<br></div>Simon<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Jul 16, 2017 at 11:11 AM, fateme shahedi via Rtk-users <span dir="ltr"><<a href="mailto:rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users@public.kitware.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:標楷體,dfkai-sb;font-size:16px"> Dear RTK users and developers<div id="m_-4763578818009847310yui_3_16_0_ym19_1_1500189221235_25566" style="color:#000;background-color:#fff;font-family:標楷體,dfkai-sb;font-size:16px" dir="ltr">I am new to RTK. I have some trouble getting a proper reconstruction. I want to use EPID mounted on Elekta linear accelerator to get MV-CBCT images. I have 120 projection images (in his format) scanned over (0-357) degree of the phantom. The phantom is containing 5 rods of different materials (titanium, aluminum, acrylic, air and polyethylene). The measurement geometry is as bellow;</div><div id="m_-4763578818009847310yui_3_16_0_ym19_1_1500189221235_25567" style="color:#000;background-color:#fff;font-family:標楷體,dfkai-sb;font-size:16px" dir="ltr">- detector size= 1024*1024 pixels</div><div id="m_-4763578818009847310yui_3_16_0_ym19_1_1500189221235_25568" style="color:#000;background-color:#fff;font-family:標楷體,dfkai-sb;font-size:16px" dir="ltr">- size of each pixel=0.4mm</div><div id="m_-4763578818009847310yui_3_16_0_ym19_1_1500189221235_25569" style="color:#000;background-color:#fff;font-family:標楷體,dfkai-sb;font-size:16px" dir="ltr">-size of each pixel at the isocenter=0.25mm</div><div id="m_-4763578818009847310yui_3_16_0_ym19_1_1500189221235_25570" style="color:#000;background-color:#fff;font-family:標楷體,dfkai-sb;font-size:16px" dir="ltr">-source-to-detector distance=157cm</div><div id="m_-4763578818009847310yui_3_16_0_ym19_1_1500189221235_25571" style="color:#000;background-color:#fff;font-family:標楷體,dfkai-sb;font-size:16px" dir="ltr">-source-to-isocenter distance=100cm</div><div id="m_-4763578818009847310yui_3_16_0_ym19_1_1500189221235_25572" style="color:#000;background-color:#fff;font-family:標楷體,dfkai-sb;font-size:16px" dir="ltr">I used the rtkfdk as bellow;</div><div id="m_-4763578818009847310yui_3_16_0_ym19_1_1500189221235_25573" style="color:#000;background-color:#fff;font-family:標楷體,dfkai-sb;font-size:16px" dir="ltr">[sn@localhost workspace]$ rtkelektasynergygeometry --image_db MyIMAGE1.DBF --frame_db MyFRAME1.DBF --dicom_uid 1 -o</div><div id="m_-4763578818009847310yui_3_16_0_ym19_1_1500189221235_25574" style="color:#000;background-color:#fff;font-family:標楷體,dfkai-sb;font-size:16px" dir="ltr">elektaGeometry</div><div id="m_-4763578818009847310yui_3_16_0_ym19_1_1500189221235_25575" style="color:#000;background-color:#fff;font-family:標楷體,dfkai-sb;font-size:16px" dir="ltr">[sn@localhost workspace]$ rtkfdk --lowmem --geometry elektaGeometry --path img_1/ --regexp '.*.his' --output slice50.0.mha --verbose<br id="m_-4763578818009847310yui_3_16_0_ym19_1_1500189221235_25576">--spacing 0.25,0.25,0.25 --dimension 1024,1,1024 --origin -127.875,50,-127.875.</div><div id="m_-4763578818009847310yui_3_16_0_ym19_1_1500189221235_25577" style="color:#000;background-color:#fff;font-family:標楷體,dfkai-sb;font-size:16px" dir="ltr">I display .mha images with VV , it just show the central rod (air) and doesn't show the others  ( although the projections are  megavoltage, I get result from some other open-source software for CBCT). I attached the geometry file (frame and image.DBF)  with the mail. I need your help to know what went wrong. </div><div id="m_-4763578818009847310yui_3_16_0_ym19_1_1500189221235_25578" style="color:#000;background-color:#fff;font-family:標楷體,dfkai-sb;font-size:16px" dir="ltr"><span id="m_-4763578818009847310yui_3_16_0_ym19_1_1500189221235_25579" style="line-height:16px">I really appreciate any help you can provide.</span></div><div id="m_-4763578818009847310yui_3_16_0_ym19_1_1500189221235_25580" style="color:#000;background-color:#fff;font-family:標楷體,dfkai-sb;font-size:16px" dir="ltr"><br id="m_-4763578818009847310yui_3_16_0_ym19_1_1500189221235_25581"></div><div id="m_-4763578818009847310yui_3_16_0_ym19_1_1500189221235_25582" style="color:#000;background-color:#fff;font-family:標楷體,dfkai-sb;font-size:16px" dir="ltr">best regards.</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div id="m_-4763578818009847310yiv3951132571yui_3_16_0_ym19_1_1500142672340_3650" style="color:#000;background-color:#fff;font-family:標楷體,dfkai-sb;font-size:16px" dir="ltr">fateme.</div></font></span></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/<wbr>mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>