<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi,<br></div>I don't have a tutorial for you but you can start by reading the ITK doc:<br></div><a href="https://itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1RegularExpressionSeriesFileNames.html">https://itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1RegularExpressionSeriesFileNames.html</a><br></div>There are tons of tutorials on the web (and I don't know a specifically good one), the important part to remember is that there are several formats for regular expressions and ITK uses one of them.<br></div><div>Note that you don't have to use them in most cases. For example, Christoph could have use "-r his" to match all filenames containing "his". <br></div>Simon<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 23, 2016 at 4:41 PM, Ana Vaniqui <span dir="ltr"><<a href="mailto:ana.vaniqui@maastro.nl" target="_blank">ana.vaniqui@maastro.nl</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">

<div style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Hi,</p>
<p><br>
</p>
<p>I just want to add that a tutorial on regular expressions for beginners would be very much appreciated..</p>
<p><br>
</p>
<p>Kind regards,</p>
<p>Ana<br>
</p>
<p><br>
</p>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div dir="ltr"><font style="font-size:11pt" face="Calibri, sans-serif" color="#000000"><b>From:</b> Rtk-users <<a href="mailto:rtk-users-bounces@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users-bounces@public.kitware.com</a>> on behalf of Cyril Mory <<a href="mailto:cyril.mory@uclouvain.be" target="_blank">cyril.mory@uclouvain.be</a>><br>
<b>Sent:</b> Thursday, June 23, 2016 4:22:39 PM<br>
<b>To:</b> Christoph Zöllner; <a href="mailto:rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [Rtk-users] rtksubselect</font>
<div> </div>
</div><div><div class="h5">
<div>Hi Christoph,<br>
<br>
The error lies in the regular expression: replace the "*.his" with ".*.his" and it should work.<br>
<br>
By the way: does anyone know have a tutorial on regular expressions for beginners to recommend ?
<br>
<br>
Cyril<br>
<br>
<div>On 06/23/2016 03:48 PM, Christoph Zöllner wrote:<br>
</div>
<blockquote type="cite">Dear all,<br>
<br>
I want to use rtksubselect to create single geometryfiles for every projection for parallelization purposes. When using the following command:<br>
<br>
<blockquote>rtksubselect -g geometryfilename.xml --out_proj subsettest.mha --out_geometry subsettestgeom.xml -f 1 -l 2 -p projectionfolder -r *.his
<br>
</blockquote>
<br>
I get this error:<br>
<br>
<blockquote>ExceptionObject caught with paste->Update() in file /scratch-local/rauscher/rtk/RTK/applications/rtksubselect/rtksubselect.cxx line 113<br>
<br>
itk::InvalidRequestedRegionError (0x1818600)<br>
Location: "unknown" <br>
File: /scratch-local/rauscher/itk/InsightToolkit-4.8.2/Modules/Core/Common/src/itkDataObject.cxx<br>
Line: 393<br>
Description: Requested region is (at least partially) outside the largest possible region.<br>
<br>
<br>
Invalid requested region error triggered by ProjectionsReader<br>
img->GetRequestedRegion() = [ ImageRegion (0x180ea40)<br>
  Dimension: 3<br>
  Index: [4, 4, 1]<br>
  Size: [504, 504, 1]<br>
 ]<br>
img->GetLargestPossibleRegion() = [ ImageRegion (0x180ea08)<br>
  Dimension: 3<br>
  Index: [4, 4, 0]<br>
  Size: [504, 504, 1]<br>
 ]<br>
</blockquote>
it works for the first file though when using -f 0 -l 1<br>
<br>
regards,<br>
Christoph<br>
<br>
<fieldset></fieldset> <br>
<pre>_______________________________________________
Rtk-users mailing list
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a>
</pre>
</blockquote>
<br>
</div>
</div></div></div>

<br>_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>