<p dir="ltr">Indeed, the angular weighting resulting from the discretization of the back projection occurs in rtkfdktwodweights so skipping this might help.<br>
Simon<br>
</p>
<div class="gmail_quote">On 27 May 2016 5:32 p.m., "Shiras Abdurahman" <<a href="mailto:shiraska@gmail.com">shiraska@gmail.com</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Simon,<div><br></div><div>Thank you very much for the reply. I tried to reconstruct with only ramp filtering and back projection and the results are looking good without any weighting of the projections. I also reconstructed the volume with rtksart with 10 iterations and the results are better than rtkfdk. With these experiments, I also confirmed that my geometry file is accurate.</div><div><br></div><div>Thank you very much for your help.</div><div><br></div><div>With regards,</div><div>Shiras</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><div class="elided-text"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 26, 2016 at 6:04 PM, Simon Rit <span dir="ltr"><<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi Shiras,<br>I generated a volume to look at your problem:<br>rtkdrawshepploganphantom --like volume.mhd -o volume.mhd --phantomscale 32 --offset 0,0,1.7<br></div>Then I obtained the same issue as you. I think the problem is that rtkfdk is meant for circular CBCT and it includes pre-weighting for displaced detector and short scan. I'm not sure why you don't get a warning but these are probably responsible for the blank output. A simple solution is to do only the 3 FDK steps using in order the command tools:<br></div><div>rtktwodweights<br></div><div>rtkramp<br></div><div>rtkbackprojections<br></div>You can also try to shunt the preweighting by modifying rtkfdk.cxx.<br><br>It's interesting that you try out tomosynthesis but you'll encounter some problem. When I ran the above commands, I get very weird results because the first and the last projections get a lot more weight than the others since it looks at the angular weight with the previous and the next projections. A simple solution is to blank out these two projections.<br></div>Good luck and keep us posted if you get interesting results,<br></div>Simon<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div>On Thu, May 19, 2016 at 10:41 AM, Shiras Abdurahman <span dir="ltr"><<a href="mailto:shiraska@gmail.com" target="_blank">shiraska@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div><div dir="ltr">Dear all,<div><br></div><div>I am trying to simulate Tomosynthesis reconstruction with stationary flat panel detector where source rotates around Y axis to acquire 21 projections (system geometry diagram is attached). Geometry file geometry.xml is generated with <span style="color:rgb(0,0,0);white-space:pre-wrap">Reg23ProjectionGeometry. I generated projection images of a cube volume and then I tried to reconstruct with FDK algorithm. Even though I </span> am able to generate projections, FDK reconstruction yields the volume with all voxel values zero. The commands I used for generating projections and reconstructing volume are</div><div><br></div><div><div>rtkforwardprojections -g geometry.xml -o projections.mhd -i volume.mhd --spacing 0.1518,0.1518,1 --dimension 1420,1416,21 --fp=CudaRayCast</div><div>rtkfdk -p . -r projections.mhd -o fdk.mhd -g geometry.xml --spacing=0.25,0.25,0.25 --origin=-31.875,-31.875,25 --dimension=256,256,256 --hardware=cuda</div></div><div><br></div><div>I am also attaching geometry xml file, mhd header files of the original volume, projections and reconstructed volume.</div><div><br></div><div>With regards,</div><div>Shiras</div><div><br></div><div><br></div></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br></div>
</div></blockquote></div>