<div dir="ltr">A small add-on (copied from ITK document):<div><br><div>ExtractImageFilter also collapses dimensions so that the input image may have more dimensions than the output image (i.e. 4-D input image to a 3-D output image). To specify what dimensions to collapse, the ExtractionRegion must be specified. For any dimension dim where ExtractionRegion.Size[dim] = 0, that dimension is collapsed. The index to collapse on is specified by ExtractionRegion.Index[dim]. For example, we have a image 4D = a 4x4x4x4 image, and we want to get a 3D image, 3D = a 4x4x4 image, specified as [x,y,z,2] from 4D (i.e. the 3rd "time" slice from 4D). The ExtractionRegion.Size = [4,4,4,0] and ExtractionRegion.Index = [0,0,0,2].<br></div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Chao</div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-05-04 13:27 GMT+02:00 Cyril Mory <span dir="ltr"><<a href="mailto:cyril.mory@uclouvain.be" target="_blank">cyril.mory@uclouvain.be</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hi Amjad,<br>
    <br>
    You can use an ITK extract filter to extract a region that
    corresponds to one of your slices (along the axis you want). The 
    output of the extract filter will be 3D, so you will need to cast it
    into a 2D images using an ITK cast filter. <br>
    <br>
    Cyril<div><div class="h5"><br>
    <br>
    <div>On 05/04/2016 11:04 AM, AMJAD N wrote:<br>
    </div>
    </div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">
      
      <div dir="ltr">Hi all,
        <div><br>
        </div>
        <div>I have wrote code for saving output volume stack as *.tiff.
          Currently I am getting output of XY axis. What should I do in
          order to get the other axes. </div>
        <div>My code is shown below.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>
          <div>        typedef
            itk::StreamingImageFilter<FloatImageType,
            FloatImageType> StreamerType;</div>
          <div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>StreamerType::Pointer
            streamerBP = StreamerType::New();</div>
          <div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>streamerBP->SetInput(feldkampCUDA->GetOutput());</div>
          <div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>streamerBP->SetNumberOfStreamDivisions(8);</div>
          <div><br>
          </div>
          <div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>typedef
            itk::Image< float, 2 >     Image2DType;</div>
          <div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>typedef
            itk::ImageSeriesWriter< FloatImageType, Image2DType >
            WriterType;</div>
          <div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>WriterType::Pointer
            writer = WriterType::New();</div>
          <div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>writer->SetInput(streamerBP->GetOutput());</div>
          <div><br>
          </div>
          <div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>typedef
            itk::NumericSeriesFileNames    NameGeneratorType;</div>
          <div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>NameGeneratorType::Pointer
            nameGenerator = NameGeneratorType::New();</div>
          <div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>nameGenerator->SetSeriesFormat("Reconstructed_%06d.tif");</div>
          <div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>nameGenerator->SetStartIndex(0);</div>
          <div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>nameGenerator->SetEndIndex(sizeOutput[2]
            - 1); // sizeOutput[2] is the Z-axis value of
            //reconstructed volume</div>
          <div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>nameGenerator->SetIncrementIndex(1);</div>
          <div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>writer->SetFileNames(nameGenerator->GetFileNames());</div>
          <div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>writer->SetUseCompression(true);</div>
          <div><span style="white-space:pre-wrap">        </span>writer->Update();</div>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>PS: My reconstruction works fine.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thanks and Regards</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>AMJAD N</div>
        <div><br>
        </div>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      </div></div><pre>_______________________________________________
Rtk-users mailing list
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>