<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">Hi Chao,</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">Thanks very much for your kind help. i see, now i know there is no upsampling at all.</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">But i am still a little confused about "<span style="font-size:12.8px;font-family:arial,sans-serif;color:rgb(34,34,34)">then you do not even need to use the newspacing flag</span>" . Since if i want to use same geometry(sid, sdd, fixed detector size) after dowmsampling (from P1 to P2).</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">The size of each projection image changes from 256^2 to 128^2. so to maintain the same detector size, the spacing must be 2, i.e, the newspacing should set to 2. Is that correct???</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">Actually, the question i have now is that , if before the downsample, each image size is 256^2. and in forward projecting part in SART alglrothm, say the number of ray generated is 256^2.</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">Then after downsampling,i.e., when using P2 as input for rtkSART, what is the number of ray generated in forward projections part?? is it 128^2 since the number of pixel is 128^2 ???</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">Thanks very much!</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">Regards Guangming</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Feb 20, 2016 at 4:17 PM, Chao Wu <span dir="ltr"><<a href="mailto:wuchao04@gmail.com" target="_blank">wuchao04@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Guangming,<div><br></div><div>There is no upsampling at all. It simply overwrites the pixel size of the projection images stored in the image files. If for instance when you downsampled your P1 to P2 with a factor 2, you also changed the pixel size from 1 to 2 already, then you do not even need to use the newspacing flag.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Chao</div><div><br></div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-02-19 23:50 GMT+01:00 Guangming Zang <span dir="ltr"><<a href="mailto:guangming.zang@kaust.edu.sa" target="_blank">guangming.zang@kaust.edu.sa</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">Hi Simon,</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">Thanks for your kind reply and information provided.</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">Basically the problem i encountered is that without changing any geometry (i.e., sid, sdd, detector physical size), if i downsample my original projection images, how can i reconstruct corresponding volume correctly.</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">In RTK, it seems that i just need to change the input projection file  and newspacing parameter (as same as the factor of downsample), then i got promising results. but in my own application, i simulate the situation, but got some aliasing. So i really want to know how it work behind our RTK.</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">I thought that this parameter is to simulate the detector's spacing size.</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">And in my experiment, i set the detector physical size as 256mm*256mm, and i got projection images P1.mha with size of 256^2 , now i downsample these images with factor of 2( i.e., the images size change from 256^2 to 128^2 ), from which i got P2.mha</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">in our rtkfdk, after the dowmsample. i just need change input projections from P1.mha to P2.mha, besides, i need change flag newspacing from 1 to 2. both of the results from RTK  are pretty good. </div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">my questions are:</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">1) can i just regard the newspacing as the upsample operation with nearest neighbor filter??  </div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">2) how many rays RTK generated in forward projecion (i.e. ray tracing part ) for each image in P2.mha??? is it 256^2????</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">To sum up,in my own application, can i reproduce the result from RTK for flag "newspacing as 2"  by doing:</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">upsample image by factor of 2 (got a 256mm*256mm image ) and just generate half number of rays in raytracing (forward priject ) part???  </div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">Thanks for your time and help in advance,</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">-Regards Guangming </div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)"><br></div></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Feb 20, 2016 at 1:15 AM, Simon Rit <span dir="ltr"><<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>Hi Guangming,<br></div>The parameter is processed in <a href="https://github.com/SimonRit/RTK/blob/master/code/rtkGgoFunctions.h" target="_blank">rtkGgoFunctions</a>.h. It's passed to an <a href="http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1ChangeInformationImageFilter.html" target="_blank">itk::ChangeInformationFilter</a> at the beginning of the <a href="http://www.openrtk.org/Doxygen/classrtk_1_1ProjectionsReader.html" target="_blank">rtk::ProjectionsReader.h</a>. But in the end, there is nothing to explain, it's simply changes the spacing of the input projections.<br></div><div>I hope this helps,<br></div>Simon<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div>On Fri, Feb 19, 2016 at 8:52 PM, Guangming Zang <span dir="ltr"><<a href="mailto:guangming.zang@kaust.edu.sa" target="_blank">guangming.zang@kaust.edu.sa</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div><div><div><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;color:#0000ff"><br></div><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">Guangming Zang</b> <span dir="ltr"><<a href="mailto:guangming.zang@kaust.edu.sa" target="_blank">guangming.zang@kaust.edu.sa</a>></span><br>Date: Fri, Feb 19, 2016 at 10:49 PM<br>Subject: About the newspacing flag<br>To: <a href="mailto:rtk-users-request@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users-request@public.kitware.com</a>, Chao Wu <<a href="mailto:wuchao04@gmail.com" target="_blank">wuchao04@gmail.com</a>>, Simon Rit <<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>>, "<a href="mailto:rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users@public.kitware.com</a>" <<a href="mailto:rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">rtk-users@public.kitware.com</a>>, <a href="mailto:rtk-users@openrtk.org" target="_blank">rtk-users@openrtk.org</a><br><br><br><div dir="ltr"><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">Dear RTK community,</div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">i have a question about the parameter "newspacing " in rtkFDK and rtkSART algorithm.</div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">it says:--newspacing  new spacing of input projections (before pre-processing).</div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)"> I checked in the code, and it seems not  easy to find the correct part in the code about the newspacing .</div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">So could anyone  help me and explain about this parameter?? i want to simulate this preprocess step in my own project and compare to our RTK. </div><div style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">-best regards Guangming</div><span><font color="#888888"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font style="line-height:23.324px" color="#674ea7" face="arial, helvetica, sans-serif"><b><i>Guangming Zang (Alex)</i></b></font><div style="line-height:23.324px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><i><font color="#0b5394">King Abdullah University of Science and Technology</font><font color="#073763">(KAUST)</font></i></b></font></div><div style="line-height:23.324px"><span style="font-family:arial;font-size:13px;line-height:20.02px"><font color="#0b5394"><b><i>University of Chinese Academy of Sciences(UCAS)</i></b></font></span><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><i><font color="#073763"><br></font></i></b></font></div><div style="line-height:23.324px"><span style="font-family:arial;font-size:13px;line-height:20.02px"><font color="#0b5394"><b><i><br></i></b></font></span></div><div style="line-height:23.324px"><span style="font-family:arial;font-size:13px;line-height:20.02px"><font color="#0b5394"><b><i><br></i></b></font></span></div><div style="line-height:23.324px"><br></div></div></div></div></div>
</font></span></div>
</div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font style="line-height:23.32400131225586px" color="#674ea7" face="arial, helvetica, sans-serif"><b><i>Guangming Zang (Alex)</i></b></font><div style="line-height:23.32400131225586px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><i><font color="#0b5394">King Abdullah University of Science and Technology</font><font color="#073763">(KAUST)</font></i></b></font></div><div style="line-height:23.32400131225586px"><span style="font-family:arial;font-size:13px;line-height:20.020000457763672px"><font color="#0b5394"><b><i>University of Chinese Academy of Sciences(UCAS)</i></b></font></span><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><i><font color="#073763"><br></font></i></b></font></div><div style="line-height:23.32400131225586px"><span style="font-family:arial;font-size:13px;line-height:20.020000457763672px"><font color="#0b5394"><b><i><br></i></b></font></span></div><div style="line-height:23.32400131225586px"><span style="font-family:arial;font-size:13px;line-height:20.020000457763672px"><font color="#0b5394"><b><i><br></i></b></font></span></div><div style="line-height:23.32400131225586px"><br></div></div></div></div></div>
</div>

<br>
</div></div><div><hr></div><font size="1" face="Arial">This message and its contents, including attachments are intended solely for the original recipient. If you are not the intended recipient or have received this message in error, please notify me immediately and delete this message from your computer system. Any unauthorized use or distribution is prohibited. Please consider the environment before printing this email.</font></div></div><br>_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font style="line-height:23.32400131225586px" face="arial, helvetica, sans-serif" color="#674ea7"><b><i>Guangming Zang (Alex)</i></b></font><div style="line-height:23.32400131225586px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><i><font color="#0b5394">King Abdullah University of Science and Technology</font><font color="#073763">(KAUST)</font></i></b></font></div><div style="line-height:23.32400131225586px"><span style="font-family:arial;font-size:13px;line-height:20.020000457763672px"><font color="#0b5394"><b><i>University of Chinese Academy of Sciences(UCAS)</i></b></font></span><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><i><font color="#073763"><br></font></i></b></font></div><div style="line-height:23.32400131225586px"><span style="font-family:arial;font-size:13px;line-height:20.020000457763672px"><font color="#0b5394"><b><i><br></i></b></font></span></div><div style="line-height:23.32400131225586px"><span style="font-family:arial;font-size:13px;line-height:20.020000457763672px"><font color="#0b5394"><b><i><br></i></b></font></span></div><div style="line-height:23.32400131225586px"><br></div></div></div></div></div>
</div>

<br>
<div><hr></div><font face="Arial" size="1">This message and its contents, including attachments are intended solely for the original recipient. If you are not the intended recipient or have received this message in error, please notify me immediately and delete this message from your computer system. Any unauthorized use or distribution is prohibited. Please consider the environment before printing this email.</font></div></div><br>_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font style="line-height:23.32400131225586px" face="arial, helvetica, sans-serif" color="#674ea7"><b><i>Guangming Zang (Alex)</i></b></font><div style="line-height:23.32400131225586px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><i><font color="#0b5394">King Abdullah University of Science and Technology</font><font color="#073763">(KAUST)</font></i></b></font></div><div style="line-height:23.32400131225586px"><span style="font-family:arial;font-size:13px;line-height:20.020000457763672px"><font color="#0b5394"><b><i>University of Chinese Academy of Sciences(UCAS)</i></b></font></span><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><i><font color="#073763"><br></font></i></b></font></div><div style="line-height:23.32400131225586px"><span style="font-family:arial;font-size:13px;line-height:20.020000457763672px"><font color="#0b5394"><b><i><br></i></b></font></span></div><div style="line-height:23.32400131225586px"><span style="font-family:arial;font-size:13px;line-height:20.020000457763672px"><font color="#0b5394"><b><i><br></i></b></font></span></div><div style="line-height:23.32400131225586px"><br></div></div></div></div></div>
</div>

<br>
<div><hr></div><font face="Arial" size="1">This message and its contents, including attachments are intended solely for the original recipient. If you are not the intended recipient or have received this message in error, please notify me immediately and delete this message from your computer system. Any unauthorized use or distribution is prohibited. Please consider the environment before printing this email.</font>