<div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Hello All,</span><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I have at hand a stack of projection images and the projection geometry defined in a .cal file of digisens. I am trying to use RTK to do the reconstruction.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I used <a href="http://www.openrtk.org/Doxygen/classrtk_1_1DigisensGeometryReader.html" target="_blank">rtk::DigisensGeometryReader</a> to read the .cal file and generate the geometry.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Then i call <a href="http://www.openrtk.org/Doxygen/classrtk_1_1FDKConeBeamReconstructionFilter.html" target="_blank">rtk::FDKConeBeamReconstructionFilter</a> to do the reconstruction by supplying to it as Inputs -- the geometry, a dummy reference image of the reconstructed volume (with origin, spacing, size, direction etc), and the stack of projection images.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">But i am getting a blank volume as reconstruction.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I suspect the problem is with positioning the reconstructed volume (specified via the dummy reference image).</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">As a sample attached is the digisens .cal file that RTK uses for testing purposes which looks very similar to mine.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">In lines 642-656, it seems to define the postion, size, and spacing of the reconstructed volume via the following schema:</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">---------------------------------------------------------------------</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><div> <Grid></div><div>  <rotation>0 0 0.705858 0.708353</rotation></div><div>  <center>-1.23119 -16.6554 10.2144</center></div><div>  <scale>0.2 0.2 0.2</scale></div><div>  <resolution>289 399 360</resolution></div><div>  <autoRotation>true</autoRotation></div><div>  <cylinderConstraint>false</cylinderConstraint></div><div>  <cylinderConstraintFromGrid>false</cylinderConstraintFromGrid></div><div>  <name>C:/Documents/2011_02_14_15-15-12_FenteAl/reconstruction.vol</name></div><div>  <format>2</format></div><div>  <beamHardening>0</beamHardening></div><div>  <background>0</background></div><div>  <colorscaling>1 0</colorscaling></div><div>  <rawOutput></rawOutput></div><div> </Grid></div></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">-----------------------------------------------------------------------</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I understand the <scale> (spacing in mm) and <resolution> (size) elements. These can be used to SetSize() and SetSpacing() of the dummy reconstructed volume provided as input to the reconstruction filter.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I dont know how to translate the <rotation> and <center> to SetOrigin(), and SetDirection() of the dummy reconstructed volume.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Does anyone know how to do this?</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Or alternatively, is there a way to automatically set these to reconstruct the maximum possible extent of the object positioned in between the source and detector?</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Regards,</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Deepak</div>
</div>