<div dir="ltr">Well, that's just some guess.<div>I assume the central ray goes towards the center of your detector, so the origin should be denoted as somewhere near (- half_width, - half_height) in millimeter. Then I just fine-tune it manually a little bit to get a little bit better results...</div><div><br></div><div>Regards, Chao</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-10-26 19:44 GMT+01:00 Arvid Piehl Lauritsen Böttiger <span dir="ltr"><<a href="mailto:bottiger@gmail.com" target="_blank">bottiger@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Chao.<br>
<br>
I am very thankful for the help you provided me some days ago on the<br>
RTK mailing list. However, I have a quick followup question for you,<br>
which I have not been able to learn by reading the (very long) manual<br>
another user provided me with.<br>
<br>
I am now working on another dataset, and get similar artifact when<br>
reconstructing. Could you please help understand why you picked the<br>
parameters you did? I guess the "spacing" is pixel size, but why did<br>
why you pick "neworigin" to be -20,-20 ?<br>
<br>
best<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Arvid<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
On Fri, Oct 16, 2015 at 2:03 PM, Chao Wu <<a href="mailto:wuchao04@gmail.com">wuchao04@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi Arvid,<br>
><br>
> Since you know how important a correct geometry is, you should understand<br>
> why you need projection origin and spacing.<br>
> CT geometry has more parameters than sid and sdd. How big the detector pixel<br>
> size (spacing) and how the detector is places w.r.t. the central ray<br>
> (origin) also play a role in the geometry. And in-plane/out-of-plane<br>
> rotations etc.<br>
> In your dataset the correct spacing and origin information is not stored<br>
> correctly in the projection data, so the total geometry is wrong.<br>
><br>
> I have tested your data with the following command line and it gives<br>
> meaningful image. The newspacing and neworigin arguments force rtkfdk to<br>
> accept spacing and origin information of projections from command line<br>
> instead of from the data. Also I change the spacing of the volume from 2 to<br>
> 0.2 because your object is small.<br>
><br>
> rtkfdk -p c:\Work\out_dir\ -r cylinder-a.mha -o<br>
> c:\Work\out_dir\cylinder_a_recon.mha -g c:\Work\out_dir\geometry_real.xml<br>
> --spacing=0.2 --dimension=256  --newspacing=0.2 --neworigin=-20,-20<br>
><br>
> Apparently there is still some misalignment between this guessed geometry<br>
> and the real geometry, which you need to figure out with your own hardware.<br>
><br>
> Regards,<br>
> Chao<br>
><br>
><br>
> 2015-10-16 13:15 GMT+02:00 Arvid Piehl Lauritsen Böttiger<br>
> <<a href="mailto:bottiger@gmail.com">bottiger@gmail.com</a>>:<br>
>><br>
>> Hi Chao.<br>
>><br>
>> Thank you for the reply. However, I'm not quite sure what you mean by<br>
>> origin and spacing.<br>
>> A pixel on the detector is ~200 microns, and the sample is magnified<br>
>> around 1.3 times.<br>
>><br>
>> I do understand that having a correct geometry is important to get an<br>
>> output image with correct dimensions, but I do not understand it's so<br>
>> difficult for me to make a single successful reconstruction (possibly<br>
>> with a dummy geometry).<br>
>><br>
>> best<br>
>><br>
>> Arvid<br>
>><br>
>> PS: Just to validate the data I'm testing on I installed Octave and<br>
>> created a sinogram I then ran through its iradon implementation. It<br>
>> seemed to work quite nicely (see attachments).<br>
>><br>
>> On Fri, Oct 16, 2015 at 12:09 PM, Chao Wu <<a href="mailto:wuchao04@gmail.com">wuchao04@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> > Hi Arvid,<br>
>> ><br>
>> > Is the origin and spacing of your projection data correct? What is your<br>
>> > projection pixel size?<br>
>> ><br>
>> > Regards, Chao<br>
>> ><br>
>> > 2015-10-16 9:12 GMT+02:00 Arvid Piehl Lauritsen Böttiger<br>
>> > <<a href="mailto:bottiger@gmail.com">bottiger@gmail.com</a>>:<br>
>> >><br>
>> >> Dear all. Hello again.<br>
>> >><br>
>> >> I writing to you again because I need some help to understand how to<br>
>> >> declare the geometry of the system.<br>
>> >><br>
>> >> Cyril redirected me towards this document (<br>
>> >> <a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/~srit/geometry.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/~srit/geometry.pdf</a> ) which helped a<br>
>> >> lot, but unfortunately it has not been enough to make me reconstruct a<br>
>> >> tomogram.<br>
>> >><br>
>> >> I have attached a drawing of my setup (setup.jpg). The<br>
>> >> source-to-detector distance is around 1600 mm. I just rotate the<br>
>> >> sample instead of the source, and the sample-detector distance is 15<br>
>> >> cm which makes the isocenter distance 1450. The field of view is<br>
>> >> around 2 cm.<br>
>> >><br>
>> >> The aligned projections are located here:<br>
>> >> <a href="https://www.dropbox.com/s/ycg41qkeym61kec/cylinder-a.mha?dl=0" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/ycg41qkeym61kec/cylinder-a.mha?dl=0</a><br>
>> >> and the raw tiffs are here:<br>
>> >> <a href="https://www.dropbox.com/s/hb67pkueyb3zcc3/tiffs.zip?dl=0" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/hb67pkueyb3zcc3/tiffs.zip?dl=0</a><br>
>> >><br>
>> >> I would say the input data looks as nice, but when reconstructing I'm<br>
>> >> still just getting noise:<br>
>> >><br>
>> >> This is how I perform my "reconstruction"<br>
>> >><br>
>> >> # 361 projections from 0 to 360 degrees. The source-detector distance<br>
>> >> is 1.6 m and the<br>
>> >> # sample-detector distance is 15 cm<br>
>> >> # I have tried with many variations of --ssd and --sid but I think<br>
>> >> they all look the same<br>
>> >> rtksimulatedgeometry.exe -f 0 -n 361 -a 360 --sdd 1600 --sid 1450 -o<br>
>> >> c:\Work\out_dir\geometry_real.xml<br>
>> >><br>
>> >> # make a mha file out of the tiff files<br>
>> >> rtkprojections.exe --path c:\Work\tomography_data\tiffs\ --output<br>
>> >> c:\Work\out_dir\cylinder-a.mha --regexp .tif<br>
>> >><br>
>> >> # "Reconstruct" the data.<br>
>> >> rtkfdk.exe -p c:\Work\out_dir\ -r cylinder-a.mha -o<br>
>> >> c:\Work\out_dir\cylinder_a_recon.mha -g<br>
>> >> c:\Work\out_dir\geometry_real.xml --spacing 2 --dimension 256<br>
>> >><br>
>> >> The result can be viewed in the recon_result.PNG attachment.<br>
>> >> The reconstrcution can be found here:<br>
>> >> <a href="https://www.dropbox.com/s/cbwwnbbzvhqiyvy/cylinder_a_recon.mha?dl=0" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/cbwwnbbzvhqiyvy/cylinder_a_recon.mha?dl=0</a><br>
>> >><br>
>> >> Can someone please help me what I am doing wrong?<br>
>> >><br>
>> >> best<br>
>> >><br>
>> >> Arvid<br>
>> >><br>
>> >> _______________________________________________<br>
>> >> Rtk-users mailing list<br>
>> >> <a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
>> >> <a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
>> >><br>
>> ><br>
><br>
><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>