<div dir="ltr">Hi Arvid,<div><br></div><div>Is the origin and spacing of your projection data correct? What is your projection pixel size?</div><div><br></div><div>Regards, Chao</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-10-16 9:12 GMT+02:00 Arvid Piehl Lauritsen Böttiger <span dir="ltr"><<a href="mailto:bottiger@gmail.com" target="_blank">bottiger@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all. Hello again.<br>
<br>
I writing to you again because I need some help to understand how to<br>
declare the geometry of the system.<br>
<br>
Cyril redirected me towards this document (<br>
<a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/~srit/geometry.pdf" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/~srit/geometry.pdf</a> ) which helped a<br>
lot, but unfortunately it has not been enough to make me reconstruct a<br>
tomogram.<br>
<br>
I have attached a drawing of my setup (setup.jpg). The<br>
source-to-detector distance is around 1600 mm. I just rotate the<br>
sample instead of the source, and the sample-detector distance is 15<br>
cm which makes the isocenter distance 1450. The field of view is<br>
around 2 cm.<br>
<br>
The aligned projections are located here:<br>
<a href="https://www.dropbox.com/s/ycg41qkeym61kec/cylinder-a.mha?dl=0" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/ycg41qkeym61kec/cylinder-a.mha?dl=0</a><br>
and the raw tiffs are here:<br>
<a href="https://www.dropbox.com/s/hb67pkueyb3zcc3/tiffs.zip?dl=0" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/hb67pkueyb3zcc3/tiffs.zip?dl=0</a><br>
<br>
I would say the input data looks as nice, but when reconstructing I'm<br>
still just getting noise:<br>
<br>
This is how I perform my "reconstruction"<br>
<br>
# 361 projections from 0 to 360 degrees. The source-detector distance<br>
is 1.6 m and the<br>
# sample-detector distance is 15 cm<br>
# I have tried with many variations of --ssd and --sid but I think<br>
they all look the same<br>
rtksimulatedgeometry.exe -f 0 -n 361 -a 360 --sdd 1600 --sid 1450 -o<br>
c:\Work\out_dir\geometry_real.xml<br>
<br>
# make a mha file out of the tiff files<br>
rtkprojections.exe --path c:\Work\tomography_data\tiffs\ --output<br>
c:\Work\out_dir\cylinder-a.mha --regexp .tif<br>
<br>
# "Reconstruct" the data.<br>
rtkfdk.exe -p c:\Work\out_dir\ -r cylinder-a.mha -o<br>
c:\Work\out_dir\cylinder_a_recon.mha -g<br>
c:\Work\out_dir\geometry_real.xml --spacing 2 --dimension 256<br>
<br>
The result can be viewed in the recon_result.PNG attachment.<br>
The reconstrcution can be found here:<br>
<a href="https://www.dropbox.com/s/cbwwnbbzvhqiyvy/cylinder_a_recon.mha?dl=0" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/cbwwnbbzvhqiyvy/cylinder_a_recon.mha?dl=0</a><br>
<br>
Can someone please help me what I am doing wrong?<br>
<br>
best<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Arvid<br>
</font></span><br>_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>