<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Hi Thibault,<br></div>No, there is not really a log system that would allow you debugging at run time. You can compile a debug version that would enable a lot of messages related to the pipeline. For this, I think you need to use NDEBUG at compilation (it's an ITK mechanism that I never use).<br></div>No, it's not normal that you see an error message. There are two things:<br></div>- the FFT of itk (compiled by default, based on vnl) is really bad IMO: it only handles power of 2/3/5 dimensions and it's slow. I always advise people to use FFTW by turning on ITK_USE_FFTW options during ITK's compilation.<br></div>- I don't fully understand why vnl doesn't work either. I understand the first two dimensions, for vnl (which I strongly suggest to not use), I pad to the next power of 2 so<br></div>780 * 2 (for zero padding) -> 2048<br>780 -> 1024<br></div>but then, if you use 64 projections, why 11? Are you sure the second input image to FDKConeBeamReconstructionImageFilter has the dimension you want? I would try to connect input 2 to an itk::ImageFileWriter and check what are the dimensions of this image. If you're absolutely sure, then I'll try to reproduce and fix the issue.<br><div><div>Simon<br> </div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 14, 2015 at 11:38 AM, Notargiacomo Thibault <span dir="ltr"><<a href="mailto:gnthibault@gmail.com" target="_blank">gnthibault@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>Dear all,<br><br></div>I recently had troubles while trying to rewrite my code, linked with libRTK / libRTKcuda, from using rtk cuda version of SART, that worked quite well, to using fdk reconstruction method.<br><br></div><div>My first question: is there a general way to enable maximum debug log level at runtime in rtk ?<br><br></div><div>My second question, is more specific: is it normal that I see such error message coming from itk when using FDKConeBeamReconstructionFilter :<br><br>ExceptionObject caught with fdk->Update() in file [...]<br><br>itk::ExceptionObject (0x7f377c020cb0)<br>Location: "unknown" <br>File: [...]/itk-4.8.1/Modules/Core/Common/src/itkMultiThreader.cxx<br>Line: 416<br>Description: itk::ERROR: MultiThreader(0x1866340): Exception occurred during SingleMethodExecute<br>/usr/local/include/ITK-4.8/itkVnlRealToHalfHermitianForwardFFTImageFilter.hxx:60:<br>itk::ERROR: VnlRealToHalfHermitianForwardFFTImageFilter(0x7f377c0207d0): Cannot compute FFT of image with size [2048, 1024, 11]. VnlRealToHalfHermitianForwardFFTImageFilter operates only on images whose size in each dimension has a prime factorization consisting of only 2s, 3s, or 5s.<br><br></div><div>I suppose that this error arise while performing ramp filtering, but I see no relation between FFT configuration stated in the error log ( [2048, 1024, 11] ) and the size of my input image, which is 780 * 720, over 64 projections.<br><br></div><div>I also tried with 200 projection and I had the same problem, but with   [2048, 1024, 34]</div><div><br></div><div>Note that I set my FDKConeBeamReconstructionFilter ProjectionSubsetSize to the total number of projection in my dataset every time.<br></div><div><br></div><div>The revision I am currently using:<br>commit 4993ddfca5b3d59a2fcf71f94890036ede610a08<br>Merge: 578cf89 09d820c<br></div><div><br><br></div><div>Thank you in advance for your help.<br><br></div><div>Regards<span><font color="#888888"><br><br></font></span></div><span><font color="#888888"><div>Thibault Notargiacomo<br></div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>