<div dir="ltr"><div><div><div>Hey Cyril<br><br></div>I just wrote another e-mail about how I generated the geometry file (it's just simulated). But just in case I'll attach it here:<br><br></div>best<br><br></div>Arvid <br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Oct 12, 2015 at 11:59 AM, Cyril Mory <span dir="ltr"><<a href="mailto:cyril.mory@uclouvain.be" target="_blank">cyril.mory@uclouvain.be</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hi Arvid,<br>
    <br>
    Well, you're on the right track :-)<br>
    Your Shepp Logan reconstruction looks fine, I guess it is just a
    visualization problem: you can use vv <br>
    <a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv</a><br>
    to open it and you will be able to change the "window" and "level"
    settings in visualization.<br>
    <br>
    Regarding the cylinder, can you send your geometry file too ? <br>
    <br>
    Regards<br>
    Cyril <br>
    <br>
    <div>Le 12/10/2015 11:42, Arvid Piehl
      Lauritsen Böttiger a écrit :<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      <pre>Hi there

I hope someone can help me me get started with RTK.

First of all I should mention that I have compiled RTK on Windows 7
using Visual Studio 2013. Everything seems to compile and run just
fine.

Secondly: I tried to reproduce this example:
<a href="http://wiki.openrtk.org/index.php/RTK/Scripts/FDK" target="_blank">http://wiki.openrtk.org/index.php/RTK/Scripts/FDK</a>

This was somewhat successful - I think. I could generate some
projections, and reconstruct them. However, it just looks like an egg
and not like a Shepp Logan phantom. See attachment.

However, I'm unsure if this is expected or not. I took some homemade
projections (of a small cylinder) and converted them into a MHA file
(using rtkprojections.exe). The file looks correct in ImageJ. The
dimensions are 370 pixels * 195 pixels * 361 projections

You can get the file here:
<a href="https://www.dropbox.com/s/p8tsgsh5xxb468f/cylinder.mha?dl=0" target="_blank">https://www.dropbox.com/s/p8tsgsh5xxb468f/cylinder.mha?dl=0</a>

The problem is that the reconstruction is wrong (see cylinder_recon).
It looks like the dimensions are not read correctly, but I am unsure
how I fix that? The rtkfdk.exe has a single --dimension parameter, but
I am unsure which dimension that is suppose to be, but neither 195,
370 or any other value I could think of works for me.

I hope someone can help me in the right direction.

best

Arvid
</pre>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      <pre>_______________________________________________
Rtk-users mailing list
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  
<br><br>
<hr style="border:none;color:#909090;background-color:#b0b0b0;min-height:1px;width:99%">
<table style="border-collapse:collapse;border:none">
        <tbody><tr>
                <td style="border:none;padding:0px 15px 0px 8px">
                        <a href="https://www.avast.com/antivirus" target="_blank">
                                <img src="http://static.avast.com/emails/avast-mail-stamp.png" alt="Avast logo" border="0">
                        </a>
                </td>
                <td>
                        <p style="color:#3d4d5a;font-family:"Calibri","Verdana","Arial","Helvetica";font-size:12pt">
                                L'absence de virus dans ce courrier électronique a été vérifiée par le logiciel antivirus Avast.
                                <br><a href="https://www.avast.com/antivirus" target="_blank">www.avast.com</a>
                        </p>
                </td>
        </tr>
</tbody></table>
<br>
</div>

</blockquote></div><br></div>