<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Joel,<br></div>Can you explain how you created your mask? Looking at the code, it seems to me that if you create a 4D image with RTK, create a mask from this image with exactly the same meta info and pass it to ROOSTER, that should work in all cases. If I were you, I would compare the two mhd files (of the mask and the 4D image you used to create it) and verify that the meta info is exactly the same.<br></div>For ROOSTER, I suggest to add an interpolation when the information is not inconsistent, e.g., in the main() function. I can do it if you agree Cyril.<br></div>Simon<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 1, 2015 at 11:40 PM, Joel Beaudry <span dir="ltr"><<a href="mailto:joelbeaudry@gmail.com" target="_blank">joelbeaudry@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Hi Cyril, <br><br></div>After trying out a few attempts, it seems like some values play nicer than others. Could it be an issue with floating point comparisons with the spacing and/or origins? It might explain why certain values seem to work (1.5) and others do not (0.88). I'll look at what values are being compared and get back to you.<br><br></div>Thanks, <br></div>Joel <br></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 30, 2015 at 12:51 PM, Joel Beaudry <span dir="ltr"><<a href="mailto:joelbeaudry@gmail.com" target="_blank">joelbeaudry@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi Cyril, <br><br></div>The thing is I'm reconstructing a FDK image with dimensions 512 (0.88 spacing) and re-creating a mask off of that. So the motion mask should have the same dimensions, spacing, and origin as the intended 4D image since I'm using 4D rooster with --dimension 512 --spacing 0.88. Perhaps I'm creating my mask incorrectly?<br><br></div>I'll try and fiddle with it a bit later and see why the mask I created for 160 (2), worked but not the case of 512 (0.88), and let you know what I find.<br><br></div>Thanks again, <br></div>Joel<br></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 30, 2015 at 12:33 AM, Cyril Mory <span dir="ltr"><<a href="mailto:cyril.mory@uclouvain.be" target="_blank">cyril.mory@uclouvain.be</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Joel,<br>
    <br>
    Good to hear it's working now.<br>
    The error you get is explained on the wiki in the small paragraph
    after the cuda command line :<br>
    <br>
    Note that the reconstructed volume in this example does not fully
    contain the attenuating object, causing hyper-attenuation artifacts
    on the borders of the result. To avoid these artifacts, reconstruct
    a larger volume (--dimension 256) should be fine. <b>Note that you
      will have to resize your motion mask as well, as 3D the motion
      mask is expected to have the same size, spacing and origin as the
      first 3 dimensions of the 4D output.
    </b><br>
    <br>
    I guess I should take some time to fix that, and allow any motion
    mask, but until I do, you can resize your motion mask using the
    CLITK tools (<a href="http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv" target="_blank">http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv</a>) or any method
    that suits you.<span><font color="#888888"><br>
    <br>
    Cyril</font></span><div><div><br>
    <br>
    <br>
    <div>On 09/29/2015 09:36 PM, Joel Beaudry
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      
      <div dir="ltr">
        <div>
          <div>
            <div>
              <div>
                <div>
                  <div>
                    <div>
                      <div>Hi Cyril, <br>
                        <br>
                      </div>
                      Works like a charm, thanks! I tried it on some
                      other datasets and it seems to be working. I need
                      to increase the resolution and play around with
                      the parameters now.<br>
                      <br>
                    </div>
                    I haven't had time to test it too much, but I do get
                    an error when attempting to reconstruct with
                    different dimensions. I'm using Cuda, and haven't
                    tried it with just cpu reconstruction yet.<br>
                    <br>
                  </div>
                  i.e.) <br>
                </div>
                --dimension 160 --spacing 2 -> works<br>
              </div>
              --dimension 512,64,512 --spacing 0.88,2.5,0.88 -->
              throws "In AverageOutOfROIImageFilter: information of ROI
              image does not match input image"<br>
              <br>
            </div>
            I'll be able to test some other things later and list more
            details.<br>
            <br>
          </div>
          Thanks, <br>
        </div>
        Joel<br>
        <div>
          <div>
            <div><br>
              <br>
            </div>
          </div>
        </div>
      </div>
      <div class="gmail_extra"><br>
        <div class="gmail_quote">On Mon, Sep 28, 2015 at 4:48 AM, Cyril
          Mory <span dir="ltr"><<a href="mailto:cyril.mory@uclouvain.be" target="_blank">cyril.mory@uclouvain.be</a>></span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
            <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"> Hi Joel,<br>
              <br>
              I have fixed the wiki example (command line parameters AND
              data). Can you restart it from scratch and let me know if
              you still have problems ? <br>
              <br>
              Roughly, the problems were the following: <br>
              - the "mm_50.mha" motion mask file was not aligned with
              the CBCT coordinates<br>
              - the regularization parameters (gamma space and gamma
              time) were way too high. The regularization with a high
              gamma-time caused frames to be identical, while it should
              only discourage variations<br>
              <br>
              I hope it works, now. If it doesn't work for you, please
              keep asking<span><font color="#888888"><br>
                  Cyril</font></span>
              <div>
                <div><br>
                  <br>
                  <div>On 09/28/2015 09:52 AM, Cyril Mory wrote:<br>
                  </div>
                  <blockquote type="cite"> Hi Joel,<br>
                    <br>
                    I have just tried to reproduce the wiki example, and
                    indeed, there are several mistakes in it. I am
                    working on correcting them. I'll keep you posted.<br>
                    <br>
                    Cyril<br>
                    <br>
                    <br>
                    <div>On 09/26/2015 05:32 AM, Joel Beaudry wrote:<br>
                    </div>
                    <blockquote type="cite">
                      <div dir="ltr">
                        <div>
                          <div>
                            <div>Hi RTK-users, <br>
                              <br>
                            </div>
                            I'm unable to reproduce the images from the
                            4DROOSTERReconstruction example. The 5
                            frames should show some differences
                            pertaining to patient motion but the ones
                            that I'm producing are identical, so no
                            motion is visible. <br>
                            <br>
                            Has anyone been able to follow the example
                            and the provided dataset to create a 4D
                            image?<br>
                            <br>
                          </div>
                          Thanks, <br>
                        </div>
                        Joel<br>
                      </div>
                      <br>
                      <fieldset></fieldset>
                      <br>
                      <pre>_______________________________________________
Rtk-users mailing list
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a>
</pre>
                    </blockquote>
                    <br>
                  </blockquote>
                  <br>
                </div>
              </div>
            </div>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

</blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
Rtk-users mailing list<br>
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com">Rtk-users@public.kitware.com</a><br>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>