<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div>Hi Cyril, <br><br></div>Works like a charm, thanks! I tried it on some other datasets and it seems to be working. I need to increase the resolution and play around with the parameters now.<br><br></div>I haven't had time to test it too much, but I do get an error when attempting to reconstruct with different dimensions. I'm using Cuda, and haven't tried it with just cpu reconstruction yet.<br><br></div>i.e.) <br></div>--dimension 160 --spacing 2 -> works<br></div>--dimension 512,64,512 --spacing 0.88,2.5,0.88 --> throws "In AverageOutOfROIImageFilter: information of ROI image does not match input image"<br><br></div>I'll be able to test some other things later and list more details.<br><br></div>Thanks, <br></div>Joel<br><div><div><div><br><br></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 28, 2015 at 4:48 AM, Cyril Mory <span dir="ltr"><<a href="mailto:cyril.mory@uclouvain.be" target="_blank">cyril.mory@uclouvain.be</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi Joel,<br>
    <br>
    I have fixed the wiki example (command line parameters AND data).
    Can you restart it from scratch and let me know if you still have
    problems ? <br>
    <br>
    Roughly, the problems were the following: <br>
    - the "mm_50.mha" motion mask file was not aligned with the CBCT
    coordinates<br>
    - the regularization parameters (gamma space and gamma time) were
    way too high. The regularization with a high gamma-time caused
    frames to be identical, while it should only discourage variations<br>
    <br>
    I hope it works, now. If it doesn't work for you, please keep asking<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
    Cyril</font></span><div><div class="h5"><br>
    <br>
    <div>On 09/28/2015 09:52 AM, Cyril Mory
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      
      Hi Joel,<br>
      <br>
      I have just tried to reproduce the wiki example, and indeed, there
      are several mistakes in it. I am working on correcting them. I'll
      keep you posted.<br>
      <br>
      Cyril<br>
      <br>
      <br>
      <div>On 09/26/2015 05:32 AM, Joel Beaudry
        wrote:<br>
      </div>
      <blockquote type="cite">
        
        <div dir="ltr">
          <div>
            <div>
              <div>Hi RTK-users, <br>
                <br>
              </div>
              I'm unable to reproduce the images from the
              4DROOSTERReconstruction example. The 5 frames should show
              some differences pertaining to patient motion but the ones
              that I'm producing are identical, so no motion is visible.
              <br>
              <br>
              Has anyone been able to follow the example and the
              provided dataset to create a 4D image?<br>
              <br>
            </div>
            Thanks, <br>
          </div>
          Joel<br>
        </div>
        <br>
        <fieldset></fieldset>
        <br>
        <pre>_______________________________________________
Rtk-users mailing list
<a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a>
<a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a>
</pre>
      </blockquote>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

</blockquote></div><br></div>