<div dir="ltr"><div><div><div>(Please use the mailing list)<br></div>Hi,<br></div>No, there is no post-processing option in RTK to rescale the reconstructed values but this is rather easy to do by adding an ITK filter such as <a href="http://www.itk.org/Doxygen/html/classitk_1_1RescaleIntensityImageFilter.html">RescaleIntensityImageFilter</a>. There is no plan to add such options because I think the post-processing can be kept out of the command line tools.<br></div>Simon<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Sep 6, 2015 at 9:16 PM, peter conneely <span dir="ltr"><<a href="mailto:pconneely020186@gmail.com" target="_blank">pconneely020186@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><br><div class="gmail_quote">---------- Forwarded message ----------<br>From: <b class="gmail_sendername">peter conneely</b> <span dir="ltr"><<a href="mailto:pconneely020186@gmail.com" target="_blank">pconneely020186@gmail.com</a>></span><br>Date: Sun, Sep 6, 2015 at 8:07 PM<br>Subject: Pixel value and mha dcm conversion<br>To: Rit Simon <<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>><br><br><br><div dir="ltr">Hi Simon,<div><br></div><div>I have used RTK to reconstruct elekta data on Rando man ( i am also gong to recon varian data in the future). When I compare to the reconstruction performed by the elekta software I found that there is a significant difference in HU e.g. .003 RTK ~500 Elekta. I found a thread discussing HU and it mentions a value of 65536-1024. This factor appears to be why my data is out.</div><div>Is there a way to reconstruct elekta data so that final image has HU values are closer to -1000 1000?</div><div><br></div><div>I tried to convert this mha file to dcm using slicer and plastimatch but found a 0 pixel value image, is the problem above described the reason for this incorrect conversion?</div><div><br></div><div>I apologies if this trival but I have tried to figure it out but i'm at my wits end.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Peter</div></div>
</div><br></div>
</blockquote></div><br></div>