<div dir="ltr"><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8000001907349px">Hi,</span><div><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">I have a question from you about the CT reconstruction,</span><span style="font-size:12.8000001907349px"> I would really appreciate if you can help me with this.</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">I have the geometry as described in following and I am trying to run the rtkfdk code from RTK.</span><div><br></div><div><br></div><div>% parameters % % % % % % %<br></div><div><div><br></div><div>param.nx = 500; % number of voxels</div><div>param.ny = 500;</div><div><a href="http://param.nz/" target="_blank">param.nz</a> = 500;</div><div><br></div><div><br></div><div>param.sx = 5000; % mm (real size)</div><div><a href="http://param.sy/" target="_blank">param.sy</a> = 5000; % mm</div><div><a href="http://param.sz/" target="_blank">param.sz</a> = 5000; % mm</div><div><br></div><div><br></div><div>%The real detector panel pixel density (number of pixels)</div><div><a href="http://param.nu/" target="_blank">param.nu</a> = 36; % number of pixels</div><div>param.nv = 100;</div><div><br></div><div>% Detector setting (real size)<br></div><div><a href="http://param.su/" target="_blank">param.su</a> = 7200; % mm (real size)</div><div><a href="http://param.sv/" target="_blank">param.sv</a> = 9200; % mm</div><div><br></div><div><br></div><div>% X-ray source and detector setting</div><div>param.DSD = 32900; % Distance source to detector </div><div>param.DSO = 27400; % X-ray source to object axis distance</div><div><br></div><div><br></div><div>% angle setting</div><div>param.dir = +1; % gantry rotating direction (clock wise/ counter clockwise)</div><div>param.dang = 5; % angular step size (deg)</div><div>param.deg = 0:param.dang:360-1; % you can change</div><div>param.deg = param.deg*param.dir;</div><div>param.nProj = length(param.deg);</div><div><br></div><div>param.parker = 0; % data with 360 deg -> param.parker = 0 , data less than </div><div>360 deg -> param.parker=1 <br></div><div><br></div><div>param.filter='ram-lak'; % high pass filter<br></div><div><br></div><div><br></div><div>param.dx = param.sx/param.nx; % single voxel size</div><div>param.dy = <a href="http://param.sy/param.ny" target="_blank">param.sy/param.ny</a>;<br></div><div><a href="http://param.dz/" target="_blank">param.dz</a> = <a href="http://param.sz/param.nz" target="_blank">param.sz/param.nz</a>;<br></div><div>param.du = <a href="http://param.su/param.nu" target="_blank">param.su/param.nu</a>;<br></div><div>param.dv = <a href="http://param.sv/param.nv" target="_blank">param.sv/param.nv</a>;<br></div><div>param.off_u = 0; param.off_v = 0; % detector rotation shift (real size)<br></div><div><br></div><div><br></div><div>% Geometry calculation % % %</div><div>param.xs = [-(param.nx-1)/2:1:(param.nx-1)/2]*param.dx;<br></div><div>param.ys = [-(param.ny-1)/2:1:(param.ny-1)/2]*param.dy;<br></div><div>param.zs = [-(param.nz-1)/2:1:(param.nz-1)/2]*<a href="http://param.dz/" target="_blank">param.dz</a>;<br></div><div><a href="http://param.us/" target="_blank">param.us</a> = (-(param.nu-1)/2:1:(param.nu-1)/2)*param.du + param.off_u;<br></div><div>param.vs = (-(param.nv-1)/2:1:(param.nv-1)/2)*param.dv + param.off_v;<br></div></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">So basically my final projection array has 36 * 100 * 72(=angles: 0 : 5 : 360).</span><br></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">But I got confused how to set the geometry parameters in RTK</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">I followed the rtkfdk tutorial but I can’t get any result using this method</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">I did the following:</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">                    </span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">1-       Create geometry.xml using these parameters:</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">  nproj = 72 ;</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">  first_angle = 0 ;</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">  arc = 360 ;</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">  sid = 27400 ;</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">  sdd = 32900 ;</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">  proj_iso_x = 0;</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">  proj_iso_y = 0;</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">  out_angle = 0 ;</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">  in_angle = 0 ;</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">  source_x = 0;</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">  source_y = 0 ;</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">2-       Create my own mha file (WriteMhaFile.m) from my projection array (36*100*72) using a matlab code with following properties:</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">Voxel size = [0.1 0.1 0.1]</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">Offset = [1 1 1]</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><br style="font-size:12.8000001907349px"><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">3-       Then run the:</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">rtkfdk -p . -r projections.mha -o fdk.mha -g geometry.xml --spacing 0.1 --dimension 500</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px"> </span><br style="font-size:12.8000001907349px"><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">Could you please tell me if I am setting the geometry correctly?</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">Also, is there any other way to create my own mha file?</span><br style="font-size:12.8000001907349px"><br style="font-size:12.8000001907349px"><span style="font-size:12.8000001907349px">Thank you in advance and looking forward to hear back from you.</span></div></div></div></div>