<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=utf-8"><meta name=Generator content="Microsoft Word 15 (filtered medium)"><!--[if !mso]><style>v\:* {behavior:url(#default#VML);}
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<o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>But it seems that your capture image is different from my up-to-date one.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>If you are using some previous version of rtk ( such as 1.0.0, rc1.0_rc3), and really want to stick with it, <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>just try to replace the suspicious paragraph with following:<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>if(CUDA_VERSION_MAJOR LESS "6")<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>                message (STATUS "  >> Generation 1: [X]")<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>                set (CUDA_NVCC_FLAGS ${CUDA_NVCC_FLAGS}<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>            -gencode arch=compute_10,code=sm_10<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>            -gencode arch=compute_11,code=sm_11<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>            -gencode arch=compute_12,code=sm_12<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>            -gencode arch=compute_13,code=sm_13<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>                    )<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>    else()<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>                message (STATUS "  >> Generation 1: [ ]")<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>    endif()<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>    if(CUDA_VERSION_MAJOR GREATER "2")<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>                message (STATUS "  >> Generation 2: [X]")<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>                set (CUDA_NVCC_FLAGS ${CUDA_NVCC_FLAGS}<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>            -gencode arch=compute_20,code=sm_20<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>                    )<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>    else()<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>                message (STATUS "  >> Generation 2: [ ]")<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>    endif()<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>    if(CUDA_VERSION_MAJOR GREATER "4")<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>                message (STATUS "  >> Generation 3: [X]")<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>                set (CUDA_NVCC_FLAGS ${CUDA_NVCC_FLAGS}<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>            -gencode arch=compute_30,code=sm_30<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>                    )<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>    else()<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>                message (STATUS "  >> Generation 3: [ ]")<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>    endif()<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>    if(CUDA_VERSION_MAJOR GREATER "5")<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>                message (STATUS "  >> Generation 5: [X]")<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>                set (CUDA_NVCC_FLAGS ${CUDA_NVCC_FLAGS}<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>                    -gencode arch=compute_50,code=sm_50<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>                    -gencode arch=compute_50,code=compute_50<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>                    )<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>    else()<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>                message (STATUS "  >> Generation 5: [ ]")<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>    endif()<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Again, I think you would not face CUDA issue with up-to-date version of rtk (which is in “trunk” directory).<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Hope this helps.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Yang<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>__________________________________________<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'>From:</span></b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'> safdary mohsen [mailto:ieee.safdary@gmail.com] <br><b>Sent:</b> Saturday, June 27, 2015 12:48 AM<br><b>To:</b> Yang K Park<br><b>Subject:</b> Re: [Rtk-users] error on build rtk in visual studio 2012 when rtk use cuda<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><div><div><p class=MsoNormal>Hi Yang<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-family:"Arial",sans-serif'>So you are guess that remove -<span style='color:red'>-gencode arch=compute_10,code=sm_10</span> <span style='color:#222222'>from cmake file(findcuda_wrap) couses this problem!!!</span></span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>have you any suggestion?<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><img width=1024 height=768 id="Picture_x0020_1" src="cid:image001.png@01D0B078.1A1B1150" alt="Inline image 2"><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><div><p class=MsoNormal>On Fri, Jun 26, 2015 at 10:33 AM, safdary mohsen <<a href="mailto:ieee.safdary@gmail.com" target="_blank">ieee.safdary@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p><blockquote style='border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt'><div><div><p class=MsoNormal>Hi Yang<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>i am use this command and the result is ok but in cuda mode not.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>rtkfdk --geometry geometry.xml --regexp .*.hnd --path Scan0  --output slice30.mha  --verbose  --spacing 0.25,0.25,0.25 --dimension 1024,1,1024 --origin -127.875,30,-127.875  --hardware <span style='color:red'>cpu)</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='color:black'>and  screen shot of my cuda version is attached (v6.5)</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><div><p class=MsoNormal>On Fri, Jun 26, 2015 at 10:22 AM, safdary mohsen <<a href="mailto:ieee.safdary@gmail.com" target="_blank">ieee.safdary@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p><blockquote style='border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt'><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Hi </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#222222'>Cyril Mory</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>I am using example dataset for Varian from RTK website.</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>But i am using  86 projections insted of 686:</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Proj_00000.hnd  , Proj_00008.hnd , Proj_00012.hnd +(steps : 8) ..., Proj_00280.hnd,  Proj_00288.hnd, ....,Proj_00672.hnd, Proj_00680.hnd</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>and my geometry file is atached to mail</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><div><p class=MsoNormal>On Thu, Jun 25, 2015 at 8:25 PM, Yang K Park <<a href="mailto:theday79@gmail.com" target="_blank">theday79@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p><blockquote style='border:none;border-left:solid #CCCCCC 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt'><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Hi Safdary,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>I’m a bit confused because the attached source code is not original rtkfdk source code.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>So, my point about genuine rtkfdk means,</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>1.</span><span style='font-size:7.0pt;color:#1F497D'>       </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Update your rtk source</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>2.</span><span style='font-size:7.0pt;color:#1F497D'>       </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Don’t change any source code and just compile them.</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>3.</span><span style='font-size:7.0pt;color:#1F497D'>       </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Use the example dataset for Varian from RTK website.</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>4.</span><span style='font-size:7.0pt;color:#1F497D'>       </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>In the command prompt, run the command line (“rtkfdk …”)</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>I guess you already did the above things, and then you could see something with CPU option but nothing in your cuda-based reconstruction. </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>If that is the case, I’m suspecting your CUDA/Graphic driver and cuda implementation such as CUDA-compute_10 error you might have faced during RTK compiling.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>To be honest, I have no idea how to deal with such issues.(Sorry about that)</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Yang</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'>From:</span></b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'> safdary mohsen [mailto:</span><a href="mailto:ieee.safdary@gmail.com" target="_blank"><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'>ieee.safdary@gmail.com</span></a><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'>] <br><b>Sent:</b> Thursday, June 25, 2015 1:28 AM<br><b>To:</b> Yang-Kyun Park<br><b>Cc:</b> </span><a href="mailto:rtk-users@openrtk.org" target="_blank"><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'>rtk-users@openrtk.org</span></a><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'>; Cyril Mory</span><o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal><br><b>Subject:</b> Re: [Rtk-users] error on build rtk in visual studio 2012 when rtk use cuda<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Hi <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> what is genuine rtkfdk.exe ?<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>source code is attached to mail and command line is:<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>rtkfdk --geometry geometry.xml --regexp .*.hnd --path Scan0  --output slice30.mha  --verbose  --spacing 0.25,0.25,0.25 --dimension 1024,1,1024 --origin -127.875,30,-127.875  --hardware cuda<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p> <o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas'> </span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas'> </span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas'> </span><o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>On Wed, Jun 24, 2015 at 5:51 PM, Yang-Kyun Park <<a href="mailto:theday79@gmail.com" target="_blank">theday79@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p><blockquote style='border:none;border-left:solid windowtext 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt;border-color:currentColor currentColor currentColor rgb(204,204,204)'><p>Hi Safdary,<o:p></o:p></p><p>So you might have tried the genuine rtkfdk.exe for your recon. Would you give me your command line you used?<o:p></o:p></p><p><span style='color:#888888'>Yang</span><o:p></o:p></p><div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>On Jun 24, 2015 3:48 AM, "safdary mohsen" <<a href="mailto:ieee.safdary@gmail.com" target="_blank">ieee.safdary@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p><blockquote style='border:none;border-left:solid windowtext 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt;border-color:currentColor currentColor currentColor rgb(204,204,204)'><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Hi <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>I cheched projectionreader and i abtained that all projection are readed.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>( by using:<o:p></o:p></p></div><div><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>typedef</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas'> itk::<span style='color:#2B91AF'>ImageFileWriter</span><<span style='color:#2B91AF'>OutputImageType</span>> <span style='color:#2B91AF'>WriterType</span>;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>WriterType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas'>::<span style='color:#2B91AF'>Pointer</span> writer = <span style='color:#2B91AF'>WriterType</span>::New();</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas'>writer->SetFileName( <span style='color:#A31515'>"reader.mha"</span> );</span><o:p></o:p></p></div><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas'>writer->SetInput( reader->GetOutput() );</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas'>writer->Update();</span><o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>)<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>and<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>geometry is work for cpu mode means outputs are ok .<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>I am confused for solving this problem!!!!!!!!!!!!!!!!!<o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>On Tue, Jun 16, 2015 at 11:09 AM, Cyril Mory <<a href="mailto:cyril.mory@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">cyril.mory@creatis.insa-lyon.fr</a>> wrote:<o:p></o:p></p><blockquote style='border:none;border-left:solid windowtext 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt;border-color:currentColor currentColor currentColor rgb(204,204,204)'><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Hi Safdary,<br><br>Just to be sure: have you tried reconstructing in a larger volume (something really huge), just to make sure you are not trying to reconstruct some portion of space where, indeed, there is nothing ? <br>You can try that easily, just replace your spacing, dimension and origin with<br>--spacing 16,16,16 --dimension 256,256,256 --origin -2040,-2040,-2040<br>in your rtkfdk command line.<span style='color:#888888'><br><br>Cyril</span><o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'> <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>On 06/15/2015 05:19 PM, safdary mohsen wrote:<o:p></o:p></p></div></div></div><blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'><div><div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Hi Yang</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>I am use rtkfdk.exe but the results are same as  my code, </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>means all pixels are zero!!!</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='color:#222222'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>regards</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>safdari</span><o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>On Mon, Jun 15, 2015 at 7:10 PM, Yang K Park <<a href="mailto:theday79@gmail.com" target="_blank">theday79@gmail.com</a>> wrote:<o:p></o:p></p><blockquote style='border:none;border-left:solid windowtext 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-top:5.0pt;margin-right:0in;margin-bottom:5.0pt;border-color:currentColor currentColor currentColor rgb(204,204,204)'><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Hi Safdary, </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Again, please cc </span><a href="mailto:rtk-users@openrtk.org" target="_blank"><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'>rtk-users@openrtk.org</span></a><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> when you send your email, since other users (much better experts than me!) can give us any suggestions.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Thanks.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Yang</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><div><div style='border:none;border-top:solid windowtext 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in;border-color:currentColor'><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'>From:</span></b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'> Yang K Park [mailto:</span><a href="mailto:theday79@gmail.com" target="_blank"><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'>theday79@gmail.com</span></a><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'>] <br><b>Sent:</b> Monday, June 15, 2015 10:37 AM<br><b>To:</b> 'safdary mohsen'<br><b>Cc:</b> </span><a href="mailto:rtk-users@openrtk.org" target="_blank"><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'>rtk-users@openrtk.org</span></a><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'><br><b>Subject:</b> RE: [Rtk-users] error on build rtk in visual studio 2012 when rtk use cuda</span><o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Hi Safdary,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>I recommend you to try rtkfdk.exe first (with cuda option) to see if it works for you.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>The example of the command line would be:</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black'>rtkfdk --geometry geom.xml --path proj_dir --regexp .*.his --output  test_output.mha --verbos  --spacing 1,1,1 --dimension 512,10,512 --origin -127.875,29.5,-127.875 </span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:red'>--hardware cuda</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:red'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>If it works for your image, then you can mimic the original rtkfdk code to make your own one.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Good luck!</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Yang</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'>From:</span></b><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'> safdary mohsen [</span><a href="mailto:ieee.safdary@gmail.com" target="_blank"><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'>mailto:ieee.safdary@gmail.com</span></a><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif'>] <br><b>Sent:</b> Saturday, June 13, 2015 11:58 PM<br><b>To:</b> Yang K Park<br><b>Subject:</b> Re: [Rtk-users] error on build rtk in visual studio 2012 when rtk use cuda</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>Hi Yang</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>I have tried to adjust the window/level to see something inside of the image but all pixels set to zero.</span><o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><u><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:#1F497D'>My code is:</span></u><o:p></o:p></p></div><div><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>#define</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#6F008A'>USE_CUDA</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>int</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> main(</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>int</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> , </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>char</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> **)</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>{</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:green'>//// variable</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>const</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>unsigned</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>int</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> Dimension = 3;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>typedef</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>float</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>OutputPixelType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>#ifdef</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#6F008A'>USE_CUDA</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>typedef</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> itk::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>CudaImage</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>< </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>OutputPixelType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>, Dimension > </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>OutputImageType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>#else</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>typedef</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> itk::Image< OutputPixelType, Dimension > OutputImageType;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>#endif</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:green'>////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:green'>// Generate file names of projections</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>itk::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>RegularExpressionSeriesFileNames</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>Pointer</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> names = itk::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>RegularExpressionSeriesFileNames</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>::New();</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>names->SetDirectory(std::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>string</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>(</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#A31515'>"d://RTK/build/bin/Release/Scan1/"</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>));</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>names->SetRegularExpression(std::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>string</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>(</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#A31515'>"Proj_.*.hnd"</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>));</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:green'>////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:green'>//// geometry</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:green'>// Defines the RTK geometry object</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>typedef</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> rtk::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>ThreeDCircularProjectionGeometry</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>GeometryType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>GeometryType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>Pointer</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> geometry = </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>GeometryType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>::New();</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:green'>// Projection matrices</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>unsigned</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>int</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> numberOfProjections = 86;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>unsigned</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>int</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> firstAngle = 0;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>unsigned</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>int</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> angularArc = 360;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>unsigned</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>int</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> sid = 1000; </span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>unsigned</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>int</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> sdd = 1200; </span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>int</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> isox = 0; </span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>int</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> isoy = 0 ;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>for</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>(</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>unsigned</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>int</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> noProj=0; noProj<numberOfProjections; noProj++)</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>{</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>double</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> angle = (</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>float</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>)firstAngle + (</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>float</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>)noProj * angularArc / (</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>float</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>)numberOfProjections;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>geometry->AddProjection(sid,</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>sdd,</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>angle,</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>isox,</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>isoy);</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>}</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:green'>/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:green'>///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:green'>// Projections reader</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>typedef</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> rtk::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>ProjectionsReader</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>< </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>OutputImageType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> > </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>ReaderType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>ReaderType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>Pointer</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> reader = </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>ReaderType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>::New();</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>reader->SetFileNames(names->GetFileNames());</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:green'>//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// </span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:green'>// Create reconstructed image ////////////////////////////////////</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>typedef</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> rtk::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>ConstantImageSource</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>< </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>OutputImageType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> > </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>ConstantImageSourceType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>ConstantImageSourceType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>Pointer</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> ImageSource = </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>ConstantImageSourceType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>::New();</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>ConstantImageSourceType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>PointType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> origin;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>ConstantImageSourceType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>SizeType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> sizeOutput;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>ConstantImageSourceType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>SpacingType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> spacing;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>origin[0] = -127.75;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>origin[1] = -127.75;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>origin[2] = -127.75;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>  </span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>sizeOutput[0] = 512;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>sizeOutput[1] = 512;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>sizeOutput[2] = 512;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>spacing[0] = .5;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>spacing[1] = .5;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>spacing[2] = .5;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>ImageSource->SetOrigin( origin );</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>ImageSource->SetSpacing( spacing );</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>ImageSource->SetSize( sizeOutput );</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>ImageSource->SetConstant( 0. ); </span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:green'>// getchar(); //////////////////////////////////////</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:green'>///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// </span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>std::cout << </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#A31515'>"Performing reconstruction"</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> << std::endl;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:green'>// FDK reconstruction filtering</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:green'>// FDK reconstruction filtering</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>#ifdef</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#6F008A'>USE_CUDA</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>typedef</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> rtk::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>CudaFDKConeBeamReconstructionFilter</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>FDKType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>#elif</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> USE_OPENCL</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>typedef</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> rtk::OpenCLFDKConeBeamReconstructionFilter FDKType;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>#else</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>typedef</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> rtk::FDKConeBeamReconstructionFilter< OutputImageType > FDKType;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>#endif</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>FDKType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>Pointer</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> feldkamp = </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>FDKType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>::New();</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>feldkamp->SetInput( 0, ImageSource->GetOutput() );</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>feldkamp->SetInput( 1, reader->GetOutput());</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>feldkamp->SetGeometry( geometry);</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#6F008A'>TRY_AND_EXIT_ON_ITK_EXCEPTION</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>( feldkamp->Update() );</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>std::cout << </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#A31515'>"Writing output image"</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> << std::endl;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:green'>// Writer</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>typedef</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> itk::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>Image</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>< </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>float</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>, 3 > </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>ImageType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>typedef</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> itk::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>ImageFileWriter</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'><</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>ImageType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>> </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>WriterType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>;</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>WriterType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>::</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>Pointer</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> writer = </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#2B91AF'>WriterType</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>::New();</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>writer->SetFileName( </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#A31515'>"output11.mha"</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> );</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>writer->SetInput( feldkamp->GetOutput() );</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>writer->Update();</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>getchar();</span><o:p></o:p></p><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:blue'>return</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'> 0;</span><o:p></o:p></p></div></div><div><p><span style='font-size:10.0pt;font-family:Consolas;color:#1F497D'>}</span><o:p></o:p></p></div></div></div></div></div></blockquote></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'> <o:p></o:p></p></div></div><pre>_______________________________________________<o:p></o:p></pre><pre>Rtk-users mailing list<o:p></o:p></pre><pre><a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><o:p></o:p></pre><pre><a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><o:p></o:p></pre></blockquote><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div></blockquote></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div></blockquote></div></div></div></blockquote></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div></div></div></div></div></blockquote></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></div></div></blockquote></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></div></div></blockquote></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></div></body></html>