<div dir="ltr"><div><font size="1"><font color="#1f497d"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">Hi <font color="#222222">Cyril Mory</font></span></font></font></div><div><font size="1"><font color="#1f497d"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">I am using example dataset for Varian from RTK website.</span></font></font></div><div><font size="1"><font color="#1f497d"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">But i am using  86 projections insted of 686:</span></font></font></div><div><font size="1"><font color="#1f497d"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">Proj_00000.hnd  , Proj_00008.hnd , Proj_00012.hnd +(steps : 8) ..., Proj_00280.hnd,  Proj_00288.hnd, ....,Proj_00672.hnd, Proj_00680.hnd</span></font></font></div><div><font size="1"><font color="#1f497d"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">and my geometry file is atached to mail</span></font></font></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 25, 2015 at 8:25 PM, Yang K Park <span dir="ltr"><<a href="mailto:theday79@gmail.com" target="_blank">theday79@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div lang="EN-US" vlink="purple" link="blue"><div><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">Hi Safdary,<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">I’m a bit confused because the attached source code is not original rtkfdk source code.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">So, my point about genuine rtkfdk means,<u></u><u></u></span></p><p><u></u><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"><span>1.<span style="font:7pt/normal "Times New Roman";font-size-adjust:none;font-stretch:normal">       </span></span></span><u></u><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">Update your rtk source<u></u><u></u></span></p><p><u></u><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"><span>2.<span style="font:7pt/normal "Times New Roman";font-size-adjust:none;font-stretch:normal">       </span></span></span><u></u><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">Don’t change any source code and just compile them.<u></u><u></u></span></p><p><u></u><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"><span>3.<span style="font:7pt/normal "Times New Roman";font-size-adjust:none;font-stretch:normal">       </span></span></span><u></u><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">Use the example dataset for Varian from RTK website.<u></u><u></u></span></p><p><u></u><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"><span>4.<span style="font:7pt/normal "Times New Roman";font-size-adjust:none;font-stretch:normal">       </span></span></span><u></u><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">In the command prompt, run the command line (“rtkfdk …”)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">I guess you already did the above things, and then you could see something with CPU option but nothing in your cuda-based reconstruction. <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">If that is the case, I’m suspecting your CUDA/Graphic driver and cuda implementation such as CUDA-compute_10 error you might have faced during RTK compiling.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">To be honest, I have no idea how to deal with such issues.(Sorry about that)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">Yang<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">From:</span></b><span style="font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> safdary mohsen [mailto:<a href="mailto:ieee.safdary@gmail.com" target="_blank">ieee.safdary@gmail.com</a>] <br><b>Sent:</b> Thursday, June 25, 2015 1:28 AM<br><b>To:</b> Yang-Kyun Park<br><b>Cc:</b> <a href="mailto:rtk-users@openrtk.org" target="_blank">rtk-users@openrtk.org</a>; Cyril Mory</span><div><div class="h5"><br><b>Subject:</b> Re: [Rtk-users] error on build rtk in visual studio 2012 when rtk use cuda<u></u><u></u></div></div><p></p><div><div class="h5"><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><div><p class="MsoNormal">Hi <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> what is genuine rtkfdk.exe ?<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">source code is attached to mail and command line is:<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">rtkfdk --geometry geometry.xml --regexp .*.hnd --path Scan0  --output slice30.mha  --verbose  --spacing 0.25,0.25,0.25 --dimension 1024,1,1024 --origin -127.875,30,-127.875  --hardware cuda<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p><u></u> <u></u></p><p><span style="font-family:Consolas;font-size:10pt"><u></u> <u></u></span></p><p><span style="font-family:Consolas;font-size:10pt"><u></u> <u></u></span></p><p><span style="font-family:Consolas;font-size:10pt"><u></u> <u></u></span></p></div></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">On Wed, Jun 24, 2015 at 5:51 PM, Yang-Kyun Park <<a href="mailto:theday79@gmail.com" target="_blank">theday79@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p><blockquote style="border-width:medium medium medium 1pt;border-style:none none none solid;border-color:currentColor currentColor currentColor rgb(204,204,204);padding:0in 0in 0in 6pt;margin-right:0in;margin-left:4.8pt"><p>Hi Safdary,<u></u><u></u></p><p>So you might have tried the genuine rtkfdk.exe for your recon. Would you give me your command line you used?<u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(136,136,136)">Yang<u></u><u></u></span></p><div><div><div><p class="MsoNormal">On Jun 24, 2015 3:48 AM, "safdary mohsen" <<a href="mailto:ieee.safdary@gmail.com" target="_blank">ieee.safdary@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p><blockquote style="border-width:medium medium medium 1pt;border-style:none none none solid;border-color:currentColor currentColor currentColor rgb(204,204,204);padding:0in 0in 0in 6pt;margin-right:0in;margin-left:4.8pt"><div><div><p class="MsoNormal">Hi <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">I cheched projectionreader and i abtained that all projection are readed.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">( by using:<u></u><u></u></p></div><div><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">typedef</span><span style="font-family:Consolas;font-size:10pt"> itk::<span style="color:rgb(43,145,175)">ImageFileWriter</span><<span style="color:rgb(43,145,175)">OutputImageType</span>> <span style="color:rgb(43,145,175)">WriterType</span>;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">WriterType</span><span style="font-family:Consolas;font-size:10pt">::<span style="color:rgb(43,145,175)">Pointer</span> writer = <span style="color:rgb(43,145,175)">WriterType</span>::New();</span><u></u><u></u></p><p><span style="font-family:Consolas;font-size:10pt">writer->SetFileName( <span style="color:rgb(163,21,21)">"reader.mha"</span> );</span><u></u><u></u></p></div><p><span style="font-family:Consolas;font-size:10pt">writer->SetInput( reader->GetOutput() );<u></u><u></u></span></p><p><span style="font-family:Consolas;font-size:10pt">writer->Update();<u></u><u></u></span></p><div><p class="MsoNormal">)<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">and<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">geometry is work for cpu mode means outputs are ok .<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal">I am confused for solving this problem!!!!!!!!!!!!!!!!!<u></u><u></u></p></div></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">On Tue, Jun 16, 2015 at 11:09 AM, Cyril Mory <<a href="mailto:cyril.mory@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">cyril.mory@creatis.insa-lyon.fr</a>> wrote:<u></u><u></u></p><blockquote style="border-width:medium medium medium 1pt;border-style:none none none solid;border-color:currentColor currentColor currentColor rgb(204,204,204);padding:0in 0in 0in 6pt;margin-right:0in;margin-left:4.8pt"><div><p class="MsoNormal">Hi Safdary,<br><br>Just to be sure: have you tried reconstructing in a larger volume (something really huge), just to make sure you are not trying to reconstruct some portion of space where, indeed, there is nothing ? <br>You can try that easily, just replace your spacing, dimension and origin with<br>--spacing 16,16,16 --dimension 256,256,256 --origin -2040,-2040,-2040<br>in your rtkfdk command line.<span style="color:rgb(136,136,136)"><br><br>Cyril</span><u></u><u></u></p><div><div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">On 06/15/2015 05:19 PM, safdary mohsen wrote:<u></u><u></u></p></div></div></div><blockquote style="margin-top:5pt;margin-bottom:5pt"><div><div><div><div><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">Hi Yang</span><u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">I am use rtkfdk.exe but the results are same as  my code, </span><span style="color:rgb(34,34,34)"><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">means all pixels are zero!!!</span><span style="color:rgb(34,34,34)"><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(34,34,34)"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">regards</span><span style="color:rgb(34,34,34)"><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> </span><span style="color:rgb(34,34,34)"><u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">safdari</span><span style="color:rgb(34,34,34)"><u></u><u></u></span></p></div></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><div><p class="MsoNormal">On Mon, Jun 15, 2015 at 7:10 PM, Yang K Park <<a href="mailto:theday79@gmail.com" target="_blank">theday79@gmail.com</a>> wrote:<u></u><u></u></p><blockquote style="border-width:medium medium medium 1pt;border-style:none none none solid;border-color:currentColor currentColor currentColor rgb(204,204,204);padding:0in 0in 0in 6pt;margin-right:0in;margin-left:4.8pt"><div><div><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">Hi Safdary, </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">Again, please cc <a href="mailto:rtk-users@openrtk.org" target="_blank">rtk-users@openrtk.org</a> when you send your email, since other users (much better experts than me!) can give us any suggestions.</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">Thanks.</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">Yang</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> </span><u></u><u></u></p><div><div style="border-width:1pt medium medium;border-style:solid none none;border-color:currentColor;padding:3pt 0in 0in"><p class="MsoNormal"><b><span style="font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">From:</span></b><span style="font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> Yang K Park [mailto:<a href="mailto:theday79@gmail.com" target="_blank">theday79@gmail.com</a>] <br><b>Sent:</b> Monday, June 15, 2015 10:37 AM<br><b>To:</b> 'safdary mohsen'<br><b>Cc:</b> <a href="mailto:rtk-users@openrtk.org" target="_blank">rtk-users@openrtk.org</a><br><b>Subject:</b> RE: [Rtk-users] error on build rtk in visual studio 2012 when rtk use cuda</span><u></u><u></u></p></div></div><div><div><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">Hi Safdary,</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">I recommend you to try rtkfdk.exe first (with cuda option) to see if it works for you.</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">The example of the command line would be:</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:black;font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">rtkfdk --geometry geom.xml --path proj_dir --regexp .*.his --output  test_output.mha --verbos  --spacing 1,1,1 --dimension 512,10,512 --origin -127.875,29.5,-127.875 </span><span style="color:red;font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">--hardware cuda</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:red;font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">If it works for your image, then you can mimic the original rtkfdk code to make your own one.</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">Good luck!</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">Yang</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:black;font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:black;font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><b><span style="font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">From:</span></b><span style="font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> safdary mohsen [<a href="mailto:ieee.safdary@gmail.com" target="_blank">mailto:ieee.safdary@gmail.com</a>] <br><b>Sent:</b> Saturday, June 13, 2015 11:58 PM<br><b>To:</b> Yang K Park<br><b>Subject:</b> Re: [Rtk-users] error on build rtk in visual studio 2012 when rtk use cuda</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">Hi Yang</span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt"> </span><u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">I have tried to adjust the window/level to see something inside of the image but all pixels set to zero.</span><u></u><u></u></p><div><p class="MsoNormal"><u><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:"Calibri",sans-serif;font-size:11pt">My code is:</span></u><u></u><u></u></p></div><div><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">#define</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> </span><span style="color:rgb(111,0,138);font-family:Consolas;font-size:10pt">USE_CUDA</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">int</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> main(</span><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">int</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> , </span><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">char</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> **)</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">{</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:green;font-family:Consolas;font-size:10pt">//// variable</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">const</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> </span><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">unsigned</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> </span><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">int</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> Dimension = 3;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">typedef</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> </span><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">float</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> </span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">OutputPixelType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">#ifdef</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> </span><span style="color:rgb(111,0,138);font-family:Consolas;font-size:10pt">USE_CUDA</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">typedef</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> itk::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">CudaImage</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">< </span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">OutputPixelType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">, Dimension > </span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">OutputImageType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">#else</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">typedef</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> itk::Image< OutputPixelType, Dimension > OutputImageType;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">#endif</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:green;font-family:Consolas;font-size:10pt">////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:green;font-family:Consolas;font-size:10pt">// Generate file names of projections</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">itk::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">RegularExpressionSeriesFileNames</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">Pointer</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> names = itk::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">RegularExpressionSeriesFileNames</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">::New();</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">names->SetDirectory(std::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">string</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">(</span><span style="color:rgb(163,21,21);font-family:Consolas;font-size:10pt">"d://RTK/build/bin/Release/Scan1/"</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">));</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">names->SetRegularExpression(std::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">string</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">(</span><span style="color:rgb(163,21,21);font-family:Consolas;font-size:10pt">"Proj_.*.hnd"</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">));</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> </span><span style="color:green;font-family:Consolas;font-size:10pt">////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:green;font-family:Consolas;font-size:10pt">//// geometry</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:green;font-family:Consolas;font-size:10pt">// Defines the RTK geometry object</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">typedef</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> rtk::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">ThreeDCircularProjectionGeometry</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> </span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">GeometryType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">GeometryType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">Pointer</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> geometry = </span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">GeometryType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">::New();</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:green;font-family:Consolas;font-size:10pt">// Projection matrices</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">unsigned</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> </span><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">int</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> numberOfProjections = 86;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">unsigned</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> </span><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">int</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> firstAngle = 0;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">unsigned</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> </span><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">int</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> angularArc = 360;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">unsigned</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> </span><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">int</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> sid = 1000; </span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">unsigned</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> </span><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">int</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> sdd = 1200; </span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">int</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> isox = 0; </span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">int</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> isoy = 0 ;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">for</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">(</span><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">unsigned</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> </span><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">int</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> noProj=0; noProj<numberOfProjections; noProj++)</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">{</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">double</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> angle = (</span><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">float</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">)firstAngle + (</span><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">float</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">)noProj * angularArc / (</span><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">float</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">)numberOfProjections;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">geometry->AddProjection(sid,</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">sdd,</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">angle,</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">isox,</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">isoy);</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">}</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:green;font-family:Consolas;font-size:10pt">/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:green;font-family:Consolas;font-size:10pt">///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:green;font-family:Consolas;font-size:10pt">// Projections reader</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">typedef</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> rtk::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">ProjectionsReader</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">< </span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">OutputImageType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> > </span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">ReaderType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">ReaderType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">Pointer</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> reader = </span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">ReaderType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">::New();</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">reader->SetFileNames(names->GetFileNames());</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:green;font-family:Consolas;font-size:10pt">//////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// </span><u></u><u></u></p><p><span style="color:green;font-family:Consolas;font-size:10pt">// Create reconstructed image ////////////////////////////////////</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">typedef</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> rtk::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">ConstantImageSource</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">< </span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">OutputImageType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> > </span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">ConstantImageSourceType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">ConstantImageSourceType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">Pointer</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> ImageSource = </span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">ConstantImageSourceType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">::New();</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">ConstantImageSourceType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">PointType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> origin;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">ConstantImageSourceType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">SizeType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> sizeOutput;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">ConstantImageSourceType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">SpacingType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> spacing;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">origin[0] = -127.75;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">origin[1] = -127.75;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">origin[2] = -127.75;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">  </span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">sizeOutput[0] = 512;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">sizeOutput[1] = 512;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">sizeOutput[2] = 512;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">spacing[0] = .5;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">spacing[1] = .5;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">spacing[2] = .5;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">ImageSource->SetOrigin( origin );</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">ImageSource->SetSpacing( spacing );</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">ImageSource->SetSize( sizeOutput );</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">ImageSource->SetConstant( 0. ); </span><u></u><u></u></p><p><span style="color:green;font-family:Consolas;font-size:10pt">// getchar(); //////////////////////////////////////</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:green;font-family:Consolas;font-size:10pt">///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// </span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">std::cout << </span><span style="color:rgb(163,21,21);font-family:Consolas;font-size:10pt">"Performing reconstruction"</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> << std::endl;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:green;font-family:Consolas;font-size:10pt">// FDK reconstruction filtering</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:green;font-family:Consolas;font-size:10pt">// FDK reconstruction filtering</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">#ifdef</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> </span><span style="color:rgb(111,0,138);font-family:Consolas;font-size:10pt">USE_CUDA</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">typedef</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> rtk::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">CudaFDKConeBeamReconstructionFilter</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> </span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">FDKType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">#elif</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> USE_OPENCL</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">typedef</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> rtk::OpenCLFDKConeBeamReconstructionFilter FDKType;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">#else</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">typedef</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> rtk::FDKConeBeamReconstructionFilter< OutputImageType > FDKType;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">#endif</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">FDKType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">Pointer</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> feldkamp = </span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">FDKType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">::New();</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">feldkamp->SetInput( 0, ImageSource->GetOutput() );</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">feldkamp->SetInput( 1, reader->GetOutput());</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">feldkamp->SetGeometry( geometry);</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(111,0,138);font-family:Consolas;font-size:10pt">TRY_AND_EXIT_ON_ITK_EXCEPTION</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">( feldkamp->Update() );</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">std::cout << </span><span style="color:rgb(163,21,21);font-family:Consolas;font-size:10pt">"Writing output image"</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> << std::endl;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:green;font-family:Consolas;font-size:10pt">// Writer</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">typedef</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> itk::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">Image</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">< </span><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">float</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">, 3 > </span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">ImageType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">typedef</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> itk::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">ImageFileWriter</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"><</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">ImageType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">> </span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">WriterType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">;</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">WriterType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">::</span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">Pointer</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> writer = </span><span style="color:rgb(43,145,175);font-family:Consolas;font-size:10pt">WriterType</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">::New();</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">writer->SetFileName( </span><span style="color:rgb(163,21,21);font-family:Consolas;font-size:10pt">"output11.mha"</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> );</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">writer->SetInput( feldkamp->GetOutput() );</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">writer->Update();</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> </span><u></u><u></u></p><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">getchar();</span><u></u><u></u></p><p><span style="color:blue;font-family:Consolas;font-size:10pt">return</span><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt"> 0;</span><u></u><u></u></p></div></div><div><p><span style="color:rgb(31,73,125);font-family:Consolas;font-size:10pt">}</span><u></u><u></u></p></div></div></div></div></div></blockquote></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12pt"><u></u> <u></u></p></div></div><pre>_______________________________________________<u></u><u></u></pre><pre>Rtk-users mailing list<u></u><u></u></pre><pre><a href="mailto:Rtk-users@public.kitware.com" target="_blank">Rtk-users@public.kitware.com</a><u></u><u></u></pre><pre><a href="http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users" target="_blank">http://public.kitware.com/mailman/listinfo/rtk-users</a><u></u><u></u></pre></blockquote><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></blockquote></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></blockquote></div></div></div></blockquote></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div></div></div></p></div></div></blockquote></div><br></div>