<div dir="ltr">Then it probably means the pixel size RECORDED IN TIF is 1 mm, or the pixel size is NOT SET and then by default of itk/rtk 1 mm...<div>By the way with the latest version of rtk you can overwrite the projection image metadata (including pixel size) with command line argument. You can try to put --neworigin 0.127 and see what happens.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Chao<br><div><div><br></div></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-06-16 19:42 GMT+02:00 Guangming Zang <span dir="ltr"><<a href="mailto:guangming.zang@kaust.edu.sa" target="_blank">guangming.zang@kaust.edu.sa</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif"><font color="#0000ff">Thanks Chao and Simon.</font></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif"><font color="#0000ff">Yes, my .tif images are 16 bit depth( uint16 ) , i think it is the same with <span style="font-size:14px;font-family:arial,sans-serif">unsigned short.</span></font></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif"><span style="font-size:14px;font-family:arial,sans-serif"><font color="#0000ff">Another question related to  geometry is that, several months ago, i asked the tif file geometey settings, and <a href="http://webcache.googleusercontent.com/search?q=cache:1KHuL-ayALwJ:public.kitware.com/pipermail/rtk-users/2014-November/000621.html+&cd=1&hl=en&ct=clnk&gl=sa" target="_blank">Chao replied and kindly pointed that</a> i should be careful about image's dpi </font></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif"><font color="#0000ff">But, i still can not understand why it is related to image's dpi.</font></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif"><font color="#0000ff"> For example, my tif images' information and some geometry information from scanner are like this:</font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif"><b> 1916*1536 dimensions </b></font></div><div class="gmail_default"><b><font color="#0000ff" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif">  p</font><font color="#0000ff" face="trebuchet ms, sans-serif">ixelsize 0.127</font></b></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif"><font color="#0000ff"><b>  SDD  983</b></font></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif"><font color="#0000ff"><b>  SID    413</b></font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif">The interesting part is that, when using  </font><font color="#0000ff" face="trebuchet ms, sans-serif">rtksimulatedgeometry  command , </font><span style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)"> i set all parameters identical to physical distance (mm). it does not show anything, not matter care about dpi or not(suppose   rtkfdk command after that  is correct). i.e.,</span></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" face="trebuchet ms, sans-serif">1. rtksimulatedgeometry -n 360 -o geometry.xml   --sdd="</font><span style="color:rgb(0,0,255);font-family:'trebuchet ms',sans-serif">983</span><font color="#0000ff" face="trebuchet ms, sans-serif">"     --sid="413"    --proj_iso_x="-121.666" --proj_iso_y="-97.536"</font><br></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff">or change the sid to 2/3 *sid because of  300 dpi instead of 200 dpi </font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" face="trebuchet ms, sans-serif">2. rtksimulatedgeometry -n 360 -o geometry.xml   --sdd="</font><span style="color:rgb(0,0,255);font-family:'trebuchet ms',sans-serif">655.3333</span><font color="#0000ff" face="trebuchet ms, sans-serif">"     --sid="413"    --proj_iso_x="-121.666" --proj_iso_y="-97.536"</font><br></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" face="trebuchet ms, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" face="trebuchet ms, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><span style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">But when i set the <b>sdd </b>divide by pixelsize(0.127),  and other parameters like this, it reconstructed a  volume seems correct(at least show the whole object) </span></div><div class="gmail_default"><span style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)"><br></span></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><span style="color:rgb(0,0,255);font-family:'trebuchet ms',sans-serif">3. rtksimulatedgeometry -n 360 -o geometry.xml   --sdd="7740.15748"     --sid="413.423889"    --proj_iso_x="-958" -proj_iso_y="-768"</span><br></div></div><div class="gmail_default"><span style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)"><br></span></div><div class="gmail_default"><span style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)">so would you please help me to find what happened??</span></div><div class="gmail_default"><span style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif;color:rgb(0,0,255)"><br></span></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" face="trebuchet ms, sans-serif">Sorry , again for this long letter. :(</font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" face="trebuchet ms, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" face="trebuchet ms, sans-serif">Thanks very much.</font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" face="trebuchet ms, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" face="trebuchet ms, sans-serif">With my Regards</font></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" face="trebuchet ms, sans-serif">Guangming</font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" face="trebuchet ms, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" face="trebuchet ms, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font color="#0000ff" face="trebuchet ms, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><br></div></font></span></div><div class="gmail_extra"><span class=""><br clear="all"><div><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font style="line-height:23.32400131225586px" face="arial, helvetica, sans-serif" color="#674ea7"><b><i>Guangming Zang (Alex)</i></b></font><div style="line-height:23.32400131225586px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><i><font color="#0b5394">King Abdullah University of Science and Technology</font><font color="#073763">(KAUST)</font></i></b></font></div><div style="line-height:23.32400131225586px"><span style="font-family:arial;font-size:13px;line-height:20.020000457763672px"><font color="#0b5394"><b><i>University of Chinese Academy of Sciences(UCAS)</i></b></font></span><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b><i><font color="#073763"><br></font></i></b></font></div><div style="line-height:23.32400131225586px"><span style="font-family:arial;font-size:13px;line-height:20.020000457763672px"><font color="#0b5394"><b><i><br></i></b></font></span></div><div style="line-height:23.32400131225586px"><span style="font-family:arial;font-size:13px;line-height:20.020000457763672px"><font color="#0b5394"><b><i><br></i></b></font></span></div><div style="line-height:23.32400131225586px"><br></div></div></div></div></div></div>
<br></span><div><div class="h5"><div class="gmail_quote">2015-06-16 17:43 GMT+03:00 Simon Rit <span dir="ltr"><<a href="mailto:simon.rit@creatis.insa-lyon.fr" target="_blank">simon.rit@creatis.insa-lyon.fr</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
This is correct if your tif is of type "unsigned short".<br>
<span><font color="#888888">Simon<br>
</font></span><div><div><br>
On Tue, Jun 16, 2015 at 4:41 PM, Chao Wu <<a href="mailto:wuchao04@gmail.com" target="_blank">wuchao04@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Look at <a href="http://www.openrtk.org/Doxygen/dot_inline_dotgraph_16.png" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.openrtk.org/Doxygen/dot_inline_dotgraph_16.png</a><br>
> For tif and bmp I think they go through the left most path (except for the<br>
> Elekta branch).<br>
><br>
><br>
> 2015-06-16 15:47 GMT+02:00 Guangming Zang <<a href="mailto:guangming.zang@kaust.edu.sa" target="_blank">guangming.zang@kaust.edu.sa</a>>:<br>
>><br>
>> Hi RTK community,<br>
>> Sorry to bother you again,  but i was wondering for the projections in the<br>
>> format of .bmp and .tif files. (e.g., say the bmp images  range from<br>
>> [0,255], tif images range from [1,521]) . what are the next steps and<br>
>> preprocessing pipelines in RTK for bmp and tif ?? I look into the<br>
>> rtkProjectionsReader.txx, however, for me, i think it does not explain<br>
>> clearly.<br>
>> So anyone can help me?<br>
>><br>
>> with my Regards<br>
>> Guangming<br>
>><br>
>> Guangming Zang (Alex)<br>
>> King Abdullah University of Science and Technology(KAUST)<br>
>> University of Chinese Academy of Sciences(UCAS)<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> ________________________________<br>
>> This message and its contents, including attachments are intended solely<br>
>> for the original recipient. If you are not the intended recipient or have<br>
>> received this message in error, please notify me immediately and delete this<br>
>> message from your computer system. Any unauthorized use or distribution is<br>
>> prohibited. Please consider the environment before printing this email.<br>
><br>
><br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">

<br>
<div><hr></div><font face="Arial" size="1">This message and its contents, including attachments are intended solely for the original recipient. If you are not the intended recipient or have received this message in error, please notify me immediately and delete this message from your computer system. Any unauthorized use or distribution is prohibited. Please consider the environment before printing this email.</font></div></div></blockquote></div><br></div>